Не получавший в течение двух недель согласия властей на оглашение своего послания в храмах на территории СССР митрополит Сергий (Страгородский) решился 26 июня 1941 г. в Богоявленском соборе на не имевшее ранее прецедентов служение молебна о победе Красной армии. Во время молебна в проповеди он попытался придать войне СССР с нацистской Германией образ войны православного русского народа с язычниками-германцами. В вышедших в годы войны еще 26 посланиях тенденция придания войне между СССР и нацистской Германией образа священной войны между православной и богоборческой странами, участие в которой является исполнением религиозного долга для каждого православного христианина, будет проводиться митрополитом Сергием (Страгородским) весьма последовательно и настойчиво.
Находясь с осени 1941 г. в эвакуации в Ульяновске, митрополит Сергий (Страгородский) в своем послании от 24 ноября 1941 г. писал: «Гитлеровский молох продолжает вещать миру, будто бы он поднял меч «на защиту религии» и «спасение» якобы поруганной веры. Но всему миру ведомо, что это исчадие ада лживой личиной благочестия только прикрывает свои злодеяния. Во всех порабощенных им странах он творит гнусные надругательства над свободой совести, издевается над святынями, бомбами разрушает храмы Божии, бросает в тюрьмы и казнит христианских пастырей, гноит в тюрьмах верующих, восставших против его безумной гордыни, против его замыслов утвердить свою сатанинскую власть над всей землей. Православные, бежавшие из фашистского плена, поведали нам о глумлении фашистов над храмами». Даже большую часть своего Пасхального послания от 2 апреля 1942 г., также написанного в Ульяновске, митрополит Сергий (Страгородский) посвятил своему религиозно-политическому истолкованию советско-нацистской войны. «Не победить фашистам, возымевшим дерзость вместо Креста Христова признать своим знаком языческую свастику. Не забудем слов: «Сим победиши». Не свастика, крест призван возглавить христианскую нашу культуру, наше христианское «жительство». В фашистской Германии утверждают, что христианство не удалось и для будущего мирового прогресса не годится. Значит, Германия, предназначенная владеть миром будущего, должна забыть Христа и идти своим новым путем. За эти безумные слова да поразит праведный Судия и Гитлера, и всех соумышленников его… Что-нибудь одно — или свободное и мирное существование народов с их верой во Христа, с их стремлениями к истине, ко всему светлому, что есть в этом мире, или Гитлер с его фашизмом, мраком, насилием над всем лучшим, существующем в человечестве… Да довершит же Устроитель мира свое дело у нас и да сохранит нас от соблазна изменить Христу и оказаться вне его «светлого чертога». «Воскресе Христос — и падоша демони. Воскресе Христос — и радуются ангели». Да возрадуемся и мы с ними, празднуя победу Христову над адом и смертию во веки и во временной жизни здесь на земле — победу креста Христова над свастикой».
Поддержка митрополитом Сергием (Страгородским) коммунистического государства, сохранение и защиту которого он постоянно отождествлял в своих посланиях с сохранением и защитой православного отечества и православного русского народа, не ограничивалась пропагандистской риторикой его выступлений. В немногочисленных действующих храмах на территории СССР с первых месяцев войны начался сбор пожертвований для Красной армии, в том числе почти не имевший аналогов в русской церковной истории сбор денежных средств на приобретение вооружений. Однако в первые два года войны, как и в предшествующее десятилетие, политика безоговорочной лояльности митрополита Сергия (Страгородского) коммунистическому государству не принесла церкви существенных благоприятных перемен.
Для митрополита Сергия (Воскресенского) первые два года войны стали временем, когда последовательно, хотя и безуспешно, проводившаяся им вместе с митрополитом Сергием (Страгородским) в СССР политика, основывавшаяся на идее возможности союза церковной иерархии с любым государством и на любых условиях, стала приносить громадные плоды на территории, оккупированной войсками нацистской Германии. Оставшись, вероятно, вопреки желанию советских военных властей и с согласия митрополита Сергия (Страгородского) в захваченной немецкими войсками Риге, митрополит Сергий (Воскресенский) после четырехдневного ареста не только вернулся к своей архипастырской деятельности, но и в ноябре 1941 г. был признан немецкими властями главой Русской Православной Церкви в Прибалтике и на Северо-Западе, сохранив при этом формальное каноническое подчинение митрополиту Сергию (Страгородскому). Причиной столь благожелательного отношения немецких военных властей к митрополиту Сергию (Воскресенскому), еще недавно воспринимавшемуся даже многими представителями прибалтийского духовенства в качестве агента НКВД, стали как его заявления о безоговорочной лояльности немецкому оккупационному режиму, так и составленная им записка «церковь В СССР перед войной». Эта записка, представившая исчерпывающую картину состояния церковной жизни в СССР к началу 1940-х гг., стала уникальным свидетельством о положении церкви в условиях коммунистических гонений, сравнимым по глубине анализа и обоснованности своих выводов лишь с «Посланием соловецких епископов» 1926 г. Однако, если «Послание соловецких епископов» предлагало программу развития церковной жизни в рамках тех экклезиологических и церковно-политических принципов, которых придерживались церковные иерарх и в дальнейшем находившиеся в оппозиции политике митрополита Сергия (Страгородского), то записка митрополита Сергия (Воскресенского) подводила объективные и далеко неутешительные итоги результатов именно той политики, которая проводилась обоими митрополитами Сергиями на протяжении предшествующих лет.