Когда же началась война, гитлеровцам пришлось отказаться от планов дальнейших походов в Антарктику. Однако немецкое командование все же использовало антарктические воды в военных целях. В южном полушарии фашистские пираты ставили минные поля при входе в гавани австралийских портов Сиднея, Аделаиды, Мельбурна, топили военные корабли, захватывали грузовые суда.
Было очевидно, что подобные операции возможны при наличии немецких баз в южном полушарии. В отделах стратегической разведки Англии, США и других государств-союзников пришли к выводу, что такими базами могли быть пустынные антарктические острова с их многочисленными заливами и спокойными бухтами.
Позднее выяснилось, что немецкие военные корабли снабжались грузовым судном, а в качестве якорных стоянок для перегрузки военного снаряжения использовались гавани острова Кергелен.
В начале 1941 года немецкий рейдер «Пингвин» захватил в антарктических водах норвежский китобойный флот, потопил много кораблей союзников. Для борьбы против рейдера англичанам пришлось послать в Антарктику крупные военно-морские силы, в том числе крейсер «Корнуол». В мае 1941 года этот крейсер подстерег фашистский рейдер и потопил его. Одновременно в районе Земли Грейама англичане уничтожили цистерны с жидким топливом и запасы угля.
Воспользовавшись удобным случаем, Аргентина и Чили решили закрепить за собой близлежащие антарктические территории. На военно-морском транспорте «Примеро де Майо» аргентинцы высадились на острове Десепшен и произвели гидрографическую опись. В январе 1943 года английские моряки уничтожили на острове бронзовую доску, установленную год назад аргентинцами, на которой было указано, что Аргентина вступает во владения землями к югу от 60-го градуса южной широты. Англичане водрузили государственный флаг и оставили документ о том, что эта территория принадлежит Великобритании.
Но аргентинцы, следуя примеру англичан, удалили английские эмблемы и вновь подняли аргентинский флаг. Тогда в Лондоне был разработан секретный план под названием «Операция Табаран». Согласно этому плану в антарктические воды было послано два корабля с задачей построить в ряде пунктов постоянные метеорологические станции. Были построены станции на острове Десепшен, на месте китобойной станции в заливе Китобоев и на острове Виенски у Земли Грейама. Эти станции и закрепили за англичанами право на владения обширными антарктическими территориями.
Соединенные Штаты формально в разделе Антарктики не участвовали. В то время, когда Франция объявила свое право на Землю Адели, американцы посчитали этот акт незаконным, мотивируя тем, что этот берег Антарктиды был открыт экспедицией Уилкса почти 100 лет назад. В правительственном заявлении было сказано, что «открытие неизвестных человечеству земель и формальное объявление о владении ими не дает права на суверенитет, если за открытием не последовало их фактического заселения».
Однако активность немцев в Антарктике, объявление норвежцами суверенитета над территорией, в десять раз превышающей размеры самой Норвегии, многочисленные заявления Англии, Франции, Австралии, Новой Зеландии о правах на антарктические земли заставили американцев пересмотреть свои позиции. Правительством США была создана специальная Антарктическая служба во главе со старым полярником Ричардом Бердом. В задачу этой службы входило создание постоянных баз и обследование тех районов Антарктиды, где, по мнению американцев, США имеют больше всего прав.
После окончания войны американцы предприняли крупнейшую операцию под кодовым названием «Хайджамп» («Высокий прыжок»), в которой участвовало 4000 человек на 13 кораблях, включая авианосец и подводную лодку. Свой отчет об этой экспедиции Ричард Берд начинал такими красочными словами:
«На самом юге нашей планеты лежит очаровательная страна. Как бледная принцесса, зловещая и прекрасная, спит она волшебным холодным сном. На ее волнистых снежно-белых одеждах таинственно мерцают ледяные аметисты и изумруды. Ее грезы — это радужные сияния вокруг солнца и луны и переливающиеся на небесах нежные краски — розовая, золотистая, зеленая, голубая.
Такова Антарктида, влекущая и таинственная страна. Площадь этого скованного льдом материка составляет почти 15 миллионов квадратных километров, то есть почти равна площади Южной Америки. Большая часть ее внутренних районов фактически менее исследована, чем обращенная к нам сторона лунной поверхности.
За все столетие, прошедшее со времени ее открытия, на ее берегах обитали менее 600 человек. Подобно сирене, она завлекает послевоенный мир, жадно ищущий приключений, и бросает ему вызов».