18 октября Изабелла въехала в Рим, где её сердечно принял Лев Х со всей своей Священной коллегией. В течение следующих шести недель она осматривала древние римские руины и сокровища Ватикана, своими собственными глазами увидев античные статуи, о которых так много слышала от Кристофоро Романо, Бембо и своего собственного сына Федерико. Затем Изабелла посетила Капитолий и любовалась с лоджии Бельведера пурпурными равнинами Кампаньи и Альбанскими горами. Также она преклонила колени перед храмом Святого Петра и прогуливалась по знаменитым садам на склонах Пинчо и Квиринала, посещая ведущих учёных того времени. Бембо и Биббиена, Садолето и Кастильоне оставили воспоминания о её ежедневных прогулках и поездках по Вечному городу. Учёный библиотекарь Ватикана Томмазо Ингирами тоже стал одним из величайших поклонников маркизы, в то время как Колоччи обсуждал с ней провансальскую поэзию и попросил её принять в подарок экземпляр своей книги о поэтах Лимузена. Банкир Киджи устраивал в её честь великолепные пиры на своей новой вилле, где самые дорогие вина и изысканные яства подавались только на золотых и серебряных блюдах в залах, украшенных первыми художниками того времени. Там Изабелла увидела прекрасное творение Рафаэля: фреску с изображением Галатеи, несущейся на своей колеснице по волнам, которая была предметом удивления и восхищения всех гуманистов Рима. Сам же Рафаэль, по всей вероятности, был проводником маркизы среди раскопок и показал ей удивительные фрески и лепнину, которые незадолго до того были обнаружены в банях Тита и Золотом доме Нерона. После того, как он рассказал ей о своём детстве в Урбино и о своём отце, который когда-то написал портрет Изабеллы, а также о своих первых покровителях, добрых герцоге и герцогине Урбино, маркиза с очаровательной улыбкой попросила:
– Маэстро, нарисуйте для меня маленькую Мадонну, когда у Вас будет несколько свободных минут.
Конечно, Рафаэль ей это с радостью пообещал, а затем вернулся к своим фрескам, зданиям и планам Древнего Рима. Кардиналы и принцы соперничали друг с другом, оказывая честь своей знаменитой гостье, и развлекали её на роскошных банкетах или изысканных ужинах, где Аретино читал свои последние стихи, а любимый папский шут, фра Марино, предавался своим безумным забавам, которые заставляли маркизу смеяться до слёз. Но самым запоминающимся из всех развлечений была пьеса «Каландрия», которую Биббиена поставил в Ватикане. В ней рассказывалось о нелепых приключениях близнецов: брата и сестры. По случаю чего сиенский мастер Перуцци написал прекрасные декорации. В интерлюдии (перерыве) же показывали балет, живые картины и аллегорические представления под музыку флейт и виолы и сладкие голоса певцов сливались с изысканными мелодиями нового органа папы работы мастера Лоренцо да Павии.
Не ограничившись Римом, в конце ноября Изабелла нанесла визит в Неаполь и увидела величественные дворцы и роскошные сады этого древнего города, где по очереди правили её дед, дяди и двоюродный брат, и который теперь был домом испанского вице-короля. Однако единственными родственниками, которых она нашла там, оказались её старая подруга и кузина Изабелла Арагонская, вдовствующая герцогиня Миланская, и её дочь Бонна Сфорца. Вероятно, благодаря вмешательству Изабеллы д'Эсте, в это же время юная принцесса была обручена со своим двоюродным братом Массимилиано, молодым герцогом Миланским. Но этот предполагаемый союз, который доставил её матери неподдельную радость, так и не состоялся. Через три года после изгнания Массимилиано Бона вышла замуж за короля Польши и уехала жить в Краков. Тем не менее, она всегда с нежностью вспоминала о маркизе и в 1522 году написала ей письмо с благодарностью за то, что та прислала ей образцы последних миланских нарядов и сообщила последние мантуанские новости, с восхищением заметив:
– Ваше Высочество является единственным источником всей прекрасной итальянской моды!
Несмотря ни на что, Изабелла наслаждалась неделями, проведёнными в Неаполе, где её одинаково чествовали как неаполитанские принцы, так и испанские гранды. В следующем коротком письме своему любимому сыну Федерико она кратко упоминает о некоторых развлечениях, которыми были наполнены ее дни: