Примаков обратил внимание на роль в Афганистане исламского духовенства. В апреле 1983 года ЦК КПСС примет постановление «О мерах по идеологической изоляции реакционной части мусульманского духовенства». Но это уже не поможет. Те, кто ввел войска в Афганистан, поссорились с мусульманским миром, способствовали возрождению религиозных чувств мусульманского населения Советского Союза и стремлению исповедующих ислам народов к государственной самостоятельности.
Исламская революция поначалу обрадовала советских руководителей. Международный отдел ЦК ее приветствовал, считая, что Тегеран теперь станет надежным союзником в борьбе против Запада. Особенно приятно было, что Соединенные Штаты лишились в Иране своих наблюдательных пунктов, которые располагались на границе с Советским Союзом. Эти станции с гигантскими антеннами находились близко к полигону, откуда запускались советские ракеты, — Тюратам (около Аральского моря), и к полигону, где испытывались противоракеты, — Сары-Шаган (около озера Балхаш).
Американские разведывательные посты в Иране фиксировали момент старта и записывали телеметрические данные, поступавшие на наземный командный пункт. Это позволяло фиксировать длину и диаметр советской ракеты, а также вес забрасываемого груза, то есть определять тип ракеты…
Так что изгнание американцев из Ирана было воспринято как подарок. В Москве предприняли попытку заигрывания с аятоллой Хомейни, но она быстро провалилась. Хомейни, придя к власти, уничтожил просоветскую партию Туде. Москва смолчала, чтобы не раздражать Хомейни. Но вскоре Хомейни дал понять, что ненавидит Советский Союз так же, как и Америку.
— Америка хуже Англии, — говорил Хомейни, — Англия хуже Америки, а Россия хуже их обеих.
Слова аятоллы являлись руководством к действию. Советский Союз именовали «восточным империалистом». На здании напротив советского посольства в Тегеране красовалась надпись «Смерть советским шпионам». Советская колония в иранской столице быстро сокращалась. Новые власти старались выдавить советских представителей из страны.
Примаков создал в Институте востоковедения группу, в которую вошли ученые из разных отделов, и они все вместе изучали ислам. Выпускали аналитические сборники, которые и по сей день представляют научную ценность.
— Когда обсуждалась ситуация в мусульманском мире, всё было предельно откровенно, — рассказывал Алексей Малашенко. — Я не помню, чтобы кто-то чего-то боялся — во всяком случае, когда речь касалась ислама. Другое дело, что через все выступления рефреном проходила сакраментальная фраза — написать мы этого не можем. Публиковать открыто наши труды действительно было нельзя, но кое-что всё-таки выходило в свет. У нас в институте был один сотрудник — феноменальный редактор. Они вдвоем с Примаковым должны были редактировать книжку. В таких случаях редактирует, разумеется, рядовой сотрудник, а директор в лучшем случае бегло просматривает текст и ставит свою подпись. Так принято во всех академических институтах. Вот приходит ко мне этот человек утром и говорит, что он просто потрясен. Он вечером дал Примакову рукопись книги — для порядка, а тот утром вернул рукопись со множеством пометок и замечаний…
В Институте востоковедения у Примакова защитил докторскую диссертацию на тему о «тайных связях сионистов с нацистской Германией» Махмуд Аббас (Абу Мазен). Он был одним из соратников председателя Организации освобождения Палестины Ясира Арафата и в январе 2005 года стал его преемником на посту президента Палестинской автономии.
Никто не думал, что Примаков проработает в институте до пенсии. Говорили, что он пойдет в гору. Видя его энергию и жажду деятельности, в этом предположении не было ничего удивительного. В 1979 году Примаков стал по совместительству профессором Дипломатической академии, затем профессором Московского университета. 15 марта 1979 года его избрали действительным членом Академии наук. Это пожизненное звание — вершина научной карьеры, свидетельство высокого социального статуса и некая гарантия материальных благ. Недаром советские партийные и государственные чиновники всеми правдами и неправдами пробивались в академию. Понимали, что рано или поздно лишатся хлебного места в аппарате, но из академии их не исключат и будут они получать высокую зарплату, смогут пользоваться машиной и академической поликлиникой. И вообще — одно дело пенсионер, тоскующий на лавочке у подъезда, другое — академик…
Примакова избрали академиком, когда ему еще не было и пятидесяти. Некоторые из коллег отнеслись к его избранию весьма скептически, не считая его научный вклад столь уж значительным. Другие отвечали на это, что Примаков, как и Николай Иноземцев, и Георгий Арбатов, и многие другие, стал академиком по праву директорства в крупном академическом институте.