Являясь послушником активного, деятельного епископа, отец Андроник был вовлечен в сложную церковную политику того времени. На Благовещенье 1925 года умер патриарх Тихон. По его завещанию местоблюстителем стал митрополит Крутицкий Петр (Полянский). Два других преемника — митрополиты Кирилл (Смирнов) и Агафангел (Преображенский) — находились в ссылке.
Митрополит Петр активно боролся со сторонниками соглашательских реформ — обновленцами и 10 декабря был арестован. По его распоряжению заместителем местоблюстителя стал митрополит Сергий (Страгородский). В результате возникла путаница в отношении того, кто будет возглавлять Церковь до законных выборов патриарха. Появились кандидаты и органы, альтернативные митрополиту Сергию, в частности — Временный высший церковный совет во главе с архиепископом Григорием (Яцковским), митрополит Агафангел, «своевременно» возвращенный властью из ссылки. Эти нестроения активно подпитывались советской властью, заинтересованной в расколе Церкви.
Осенью 1926 года среди епископата появилась идея провести тайные выборы патриарха. Их инициаторами были архиепископ Корнилий (Соболев) и епископ Павлин, назначенный 14 октября 1926 года на Полоцкую и Витебскую кафедру. Митрополит Сергий, хотя и с сомнением, согласился на проведение этой акции. Епископ Павлин взял на себя ее практическое осуществление. Для этого посланники епископа Павлина объезжали православных архипастырей и собирали сведения о том, за кого из кандидатов на патриарший престол они отдали бы свой голос. Среди этих посланников — иеромонах Таврион (Батозский), отец и сын Кувшинниковы (миряне из купцов). Предполагают, что был также четвертый помощник, имя которого осталось неизвестным. Судя по всему, это был именно отец Андроник. Подавляющее большинство опрошенных епископов высказалось в пользу митрополита Казанского Кирилла (Смирнова). Об этих выборах быстро стало известно ГПУ, их единодушие вызвало раздражение органов. В декабре были арестованы епископ Павлин, отец и сын Кувшинниковы, иеромонах Таврион. По стране прокатилась волна арестов архиереев, участвовавших в выборах; был арестован и заместитель местоблюстителя патриаршего престола митрополит Сергий. Вскоре он составил Декларацию 1927 года — послание «Об отношении Православной Российской Церкви к существующей гражданской власти».
Епископ Павлин находился в тюрьме до апреля 1927 года, после чего был освобожден (скорее всего, по ходатайству митрополита Сергия). Об участии в выборах отца Андроника властям, по-видимому, осталось неизвестно, и на этот раз его не тронули.
Почти сразу же по освобождении, 1 мая 1927 года, в неделю Антипасхи, епископ Павлин в московском храме Воскресения Христова в Сокольниках рукополагает иеродиакона Андроника в иеромонаха.
1 декабря 1927 года епископа Павлина назначают на Пермскую и Соликамскую кафедру. Отец Андроник едет с ним. Владыка часто наезжает в приходы, в том числе в Чердыни, самой отдаленной части своей епархии, редко посещаемой архиереями. Однажды владыка послал отца Андроника на какой-то праздник послужить в приходском храме. Батюшка отказывался, ссылаясь на то, что не сможет служить сам. Владыка дал ему в помощь протодиакона. Отец Андроник сказал протодиакону: «Ты во всем мне подсказывай, ибо я могу ошибаться». Это была первая и последняя самостоятельная служба отца Андроника на приходе за всю его жизнь.
Периодически епископ Павлин ездил по служебным делам в Москву, отец Андроник сопровождал его. В Москве они останавливались неподалеку от Новоспасского монастыря, в особенно близком владыке семействе Иосифа Калинкина, его духовного сына. На ночь владыке стелили на кровати, а отец Андроник, не привыкший спать на мягком, ложился на полу.
В Перми отец Андроник приобрел немало друзей среди священнослужителей. По-видимому, это повлияло на то, что после первого заключения в 1935 году он вернулся именно в Пермь (впоследствии пермские друзья будут посещать его в Глинской пустыни и в Тбилиси). В частности, он близко познакомился с председателем церковного совета церкви села Гамово Димитрием Пьяных, впоследствии иеромонахом, подвижником и исповедником. В 1940-х годах их вместе арестуют по одному делу.