С приездом епископа Павлина церковная жизнь в Перми активизировалась. Уставные богослужения с пением, вдохновенные проповеди владыки и его помощников привлекали прихожан, храмы наполнялись богомольцами. В Вознесенско-Феодосьевском соборе образовался настоящий монастырь: здесь объединились около сорока монахов и монахинь. В разговорах с прихожанами помощники владыки позволяли себе достаточно резкие высказывания. Отец Таврион говорил, что скоро придет конец долготерпению Божию, и призывал коммунистов одуматься.
Такая деятельность не могла не привлечь пристального внимания властей. Именно в это время происходит существенное изменение всей государственной политики по отношению к Церкви. В 1928–1929 годах руководящая группа ЦК ВКП (б) во главе со Сталиным принимает общий курс на свертывание нэпа, насильственную коллективизацию, ликвидацию кулачества. По отношению к Церкви как «охранительнице старого порядка» начинается последовательная и целенаправленная политика на уничтожение. Объявляется первая «безбожная» пятилетка. Уничтожаются оставшиеся монашеские коммуны, ускоряется и упрощается процедура закрытия церквей. Пермский Вознесенско-Феодосьевский собор опутала целая сеть осведомителей. В январе 1930 года были арестованы настоятель, диакон, староста, новый председатель церковного совета гамовской церкви, сама она перестроена под хлебозавод.
2 декабря владыку Павлина переводят на новую кафедру — его назначают епископом Боровским, управляющим Калужской епархией, впоследствии — епископом Калужским. 8 января владыка Павлин и отец Андроник приезжают в Калугу. Здешние священнослужители встретили владыку более прохладно из-за его крестьянского происхождения, простоты, непринужденного общения с народом, скромного монашеского вида. Тем не менее он продолжал деятельность, подобную прежней: ввел особо торжественные воскресные богослужения со всенародным пением, много читал, помогал прихожанам продуктами и деньгами, хотя сам очень нуждался. Его деятельность укрепляла дух верующих в условиях тяжких гонений. За время управления епархией епископу Павлину выпало немало: были взорваны четыре собора, расстреляны сто шестьдесят шесть священно и церковнослужителей.
Отец Андроник проживал на Барановой горе, в доме двенадцать, служил в Казанской церкви и, как и прежде, будучи верным послушником владыки, активно участвовал в его деятельности, явно не угодной властям. В 1930 году на квартире епископа был произведен обыск, у отца Андроника нашли немного мелочи, разменной монеты, о которой он, вероятно, не успел известить налоговые органы. Карательные органы повсюду искали хищения, сокрытия. Отца Андроника обвинили в сокрытии разменной монеты и осудили на шесть месяцев принудительных работ. Вероятно, эта мера должна была припугнуть священника, однако его деятельность продолжалась. 1 июня 1931 года его арестовали, обвинив в ведении антисоветской агитации. В течение месяца его держали в тюрьме, допрашивали.
В это время ОГПУ раскручивало дело о монархической организации города Калуги. После закрытия в 1922 году калужского женского монастыря монахини продолжали окормляться у бывшего монастырского духовника священника Иоанна Протопопова. Вместе с бывшим монастырским диаконом он служил теперь в Богоявленской церкви. Монахи также регулярно посещали квартиру своей бывшей игумении — по сути пытались сохранить монастырскую жизнь в создавшихся условиях. Священника, диакона и игумению арестовали и обвинили в создании монархической организации и ведении антисоветской агитации среди церковников и крестьян. «Доказательствами» были поминание ими на богослужениях и в записках осужденных священников и монахов с эпитетами «страждущих», «в тюрьмах и ссылках заключенных», а также «распространение провокационных слухов среди населения антисоветского характера». Их осудили по статьям 58–10 и 58–11 УК РСФСР (контрреволюционная деятельность).
К этому делу привязали и отца Андроника. Как отмечалось в деле, «кроме указанной организации, в городе Калуге имелось еще несколько лиц из монахов, которые самостоятельно вели обработку паствы в антисоветском направлении». Среди этих «нескольких» был и отец Андроник. Некий свидетель Шевелов показывал против него: «Он сейчас ведет усиленную работу по привлечению на свою сторону монашествующих группы Протопопова, а также из мирян, чего он отчасти и добился, имея вокруг себя из них группу, которые смотрят на него как на своего благодетеля, а Андроник использует это в антисоветских целях». Шевелов приводит слова отца Андроника, сказанные на паперти церкви трем верующим: «Вот видите, какие аресты производят большевики, вера для них большой враг, мы должны как можно теснее сплотиться вокруг имени Христова, чтобы быть непобедимыми». Также осведомитель сообщил: «Часто приходится слышать, когда у Андроника спрашивают: «Услышим ли мы когда колокольный звон?” — а он отвечает: «Подождите, скоро везде зазвонят"». Видимо, эту фразу отцу Андронику припомнили на допросе — именно ее он считал причиной своего первого заключения. Однако в его воспоминаниях она звучит так: «Бог даст, и зазвонят». В первой версии звучит какое-то триумфаторское торжество, во второй — христианская надежда. Вероятно, осведомитель исказил слова отца Андроника, ориентируясь на настроения следователей.