Второе заключение батюшки пришлось на годы Великой Отечественной войны. Говорят, что из семи лагерных эпох самая страшная — война. «Кто в войну не сидел, тот и лагеря не отведал»: до предела урезали и без того скудный паек, ухудшались продукты, увеличивались работы, устрожались порядки.
Однако, по воспоминаниям батюшки, в лагере было легче, чем в тюрьме: не допрашивали, только сильно беспокоила шпана, если к ней попадешь. Много работали. Отец Андроник был дневальным. Трудолюбивый, внутренне благородный священнослужитель вызывал уважение не только у осужденных, но и у охранников.
Его очень уважал и дорожил им и сам начальник лагеря. В камере батюшка поселился возле отхожего места: там было освещение. Каждую ночь он читал акафист Страстям Христовым, который ему каким-то образом удалось раздобыть или пронести с собой в заключение.
Христиан, подвижников, страдающих за Христа, Господь утешает порой чудесным образом. Однажды в ночной тиши, когда отец Андроник, как обычно, читал акафист, загремели ключами в дверях. Он подумал: «Пусть меня посадят в карцер за нарушение режима, но будет большой утратой, если заберут акафист». Тут открывается дверь и в камеру входит его покойная мама. «Мамочка!» — вскричал отец Андроник. Она подошла к нему и проговорила: «Сынок, не скорби, тебя Божия Матерь не оставит». И видение исчезло. Когда отец Андроник рассказывал об этом, он добавил, что его мать «была полтавская деревенская хохлушка и не знала русского языка, а тут говорила на чистейшем русском». «Батюшка, так это была Сама Матерь Божия!» — воскликнул тогда его келейник, на что батюшка промолчал.
Среди заключенных лагеря было много священников и епископов, которым иногда удавалось тайно отслужить литургию и освятить Дары. Потом священники хранили Святые Дары под видом сухариков, многие причащались каждый день. Так поступал и отец Андроник. Однажды тюремщик, напившись допьяна, в каком-то сатанинском озлоблении хотел его убить. Когда отец Андроник понял это, первой мыслью его было — как поступить с Дарами, которые он тайно носил на груди. Он быстро развязал узелок и проглотил Дары. Тюремщик удивился, что арестант решил что-то съесть перед смертью. Он вынул револьвер, направил на старца, выругался и нажал на спусковой крючок. Осечка. «Тебе повезло», — сказал он и со злости бросил револьвер на пол.
Срок заключения отца Андроника истекал 17 июля 1944 года. Однако в это время шла война и освободившихся заключенных с Колымы не отпускали: либо оставляли в лагере, либо определяли на положение ссыльных при тех же лагерях. С отцом Андроником случилось последнее. После освобождения из лагеря его взял к себе в дом начальник лагеря. Там отец Андроник вел хозяйство: готовил обед, стирал, присматривал за детьми, ухаживал за огородом и домашними животными. В семье начальника лагеря его очень полюбили — он им был как родной. Жена начальника расспрашивала его о духовной жизни. Ему даже предоставляли отдельную комнату в доме, но он отказался, несмотря на уговоры, избрал себе местом жительства сарайчик. Там он отгородил от скота небольшое местечко, где и отдыхал, молился. По-видимому, он сильно болел в то время, так как просил начальника в случае его смерти сообщить о ней в Патриархию.
У него было большое усердие, но не человекоугодие. Однажды он повесил иконку Воскресения. Когда начальник стал его за это упрекать, он ответил: «Не нравится — уйду в лагерь», и начальник отступился. В другой раз хозяйка набрала ему стирать ворох белья. Он, монах, все перебрал, отложил в сторону ее нижнее белье: «Это вы постираете сами», остальное унес. Больше она никогда в общую кучу свое белье не складывала.
Тем временем положение Церкви серьезно изменилось. Еще в 1939 году в политике Сталина наметился новый курс: поворот от массированного наступления на Церковь в сторону прагматически-утилитарного подхода к ней. С 1943 года новый курс укрепился. Война повлекла за собой религиозное возрождение в стране. Патриотическая деятельность Церкви, обращение властей в ходе войны от интернационализма к русским национальным патриотическим традициям, стремление нейтрализовать действие фашистской пропаганды, отношения с союзниками, внешнеполитические планы — все это привело к серьезным послаблениям антицерковной политики государства. Правительство разрешило избрать патриарха, возобновить издательскую деятельность, духовное образование, открыть сотни храмов. Церковь сумела выстоять в условиях жесточайших гонений — это стало ясно.