В 1920 году умер Андрей, отец Алексия. Анилина осталась с сыном Иоанном. Однако он, как и отец, был подвержен пьянству и доставлял матери много скорбей, жить в его беспокойной семье было очень сложно, так что она обратилась к Алексию с просьбой позаботиться о ней и по возможности поселить недалеко от себя. Одна из путивльских семей очень уважала послушника Алексия и поселила Анилину в свободной комнате своего дома.
11 июня 1920 года Алексий был пострижен в рясофор. Великим постом 1921 года на заседании старческого совета обители определено было постричь инока Алексия в монашество. Алексий был приглашен в монастырь и настоятелем архимандритом Нектарием пострижен в монашество с именем Андроник в честь апостола от семидесяти, после чего продолжил свое послушание на мельницах. День пострига навсегда остался в его памяти. Впоследствии он внушал монахам твердо помнить свои обеты и для этого периодически перечитывать последование монашеского пострижения. «Помните великий день вашего пострига, помните обеты при постриге, данные нами… быть истинными монахами, вовеки не согрешите», — писал он своим чадам.
В том же 1921 году на Курскую кафедру был назначен епископ Павлин (Крошечкин). Он с особой любовью и благоговением относился к монастырям. Объезжая епархию, он первым из монастырей посетил Глинскую пустынь, где пробыл несколько дней, служил литургию, произнес наставление братии. Он всегда с большой любовью отзывался о Глинской пустыни.
Между тем времена менялись. 1917-й — год двух революций: Февральской и Октябрьской. Новый строй основывался на мировоззрении атеистическом. К религии новая власть изначально относилась враждебно. Вскоре последовали беспрецедентные по своим масштабам гонения на христианскую веру. Сбывалось то, о чем пророчески предвещали многие святые, в том числе и Глинские старцы.
В условиях Гражданской войны Церковь, несмотря на свою укорененность в дореволюционной традиции, не принимала участия в политической борьбе, не перешла открыто на сторону какой-либо из противоборствующих сторон, но призывала остановить кровопролитие, отпевала погибших и т. п. Однако власть сразу стала активно действовать против Церкви. В конце декабря 1917 — январе 1918 года по стране прокатилась череда антирелигиозных акций: были закрыты некоторые дворцовые и домовые храмы, разграблена Синодальная типография. 20 января 1918-го принят и 23 января опубликован декрет Совета Народных Комиссаров, вошедший в историю под названием «Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви», заложивший основы будущего бесправного положения Церкви. После этого Церковь начали уничтожать. Она (в лице Поместного Собора 1917–1918 годов, затем в лице Святейшего Патриарха Тихона] пыталась сопротивляться: выпускала воззвания к народу, проводила крестные ходы и была поддержана немалым количеством людей — как простых мирян, так и интеллигенции. Постепенно осознавая, что большевики пришли надолго, церковное руководство переориентировалось на тактику признания новой власти при борьбе за интересы Церкви. Поддержка народа, действия церковного руководства затрудняли и замедляли антицерковные действия властей, заставляли их иногда отступать, искать обходные пути, однако общий курс на уничтожение Церкви оставался неизменным.
В 1917–1921 годах преследование Церкви было жестоким, но поначалу довольно бессистемным. В 1918 году были ликвидированы братства приходских советов, большинство церковных органов печати, начались репрессии против духовенства, в том числе монашества. В 1919 году вводились все новые ограничения религиозной деятельности, было запрещено преподавание всех вероисповеданий до восемнадцати лет, уничтожались святые мощи, началось наступление на монастыри.
По окончании Гражданской войны ввиду неудачи «кавалерийской атаки» на Церковь и введения нэпа антирелигиозная политика несколько смягчилась, хотя в 1922 году власти провели громкую и разрушительную кампанию по изъятию церковных ценностей, воспользовавшись голодом в Поволжье, а также инициировали обновленческий раскол, сильно ударивший по Церкви.
Душой Церкви были монастыри. С ними советская власть боролась особенно ожесточенно. Монастыри стали закрывать с конца 1918 года. Первоначально допускалось их существование при условии преобразования в трудовые артели и коммуны. До 1921 года было национализировано более половины всех имеющихся в России монастырей — семьсот двадцать два. Храмы закрытых монастырей часто передавались близлежащим приходам. Монахов изгоняли из обителей, многих арестовывали, казнили.