Так закончился великолепный приём, оказанный городом Бургом молодым герцогу и герцогине. Филиберт и его жена продолжили своё путешествие по герцогству и вернулись в Бург в апреле 1503 года, поселившись в замке Пон-д'Айн, где прошли самые счастливые годы короткой супружеской жизни Маргариты. Из этого любимого замка герцогов Савойских на реке Айн открывается великолепный вид на далёкие холмы и леса, в которых во времена Филиберта было много дичи. Было бы трудно найти более красивое место, и неудивительно, что Маргарита любила его и проводила там большую часть своего времени. Когда Филиберт унаследовал герцогство после смерти своего отца, он первым делом даровал удел своему единокровному брату Рене: графство Виллар, замок Апремон и сеньорию Гурданс. Этот брат, известный как Бастард Савойский, был человеком честолюбивым и алчным по натуре. Так как Филиберт не любил заниматься делами и предпочитал проводить время на охоте и в военных походах, Рене практически взял управление герцогством в свои руки. Он убедил Филиберта признать его законнорожденным, а также присвоить ему звание генерал-лейтенанта Савойи. Людовик XII, задумав поход на Милан, связался с Рене и тот добился от брата, чтобы тот разрешил проход французских войск через Турин. В обмен на это король назначил бастарду ежегодную пенсию в размере 20 000 золотых дукатов.
Однако влияние Рене уменьшилось, когда Маргарита стала женой Филиберта. Искренне полюбив своего супруга, принцесса не могла смириться с возвышением его сводного брата. Она сделала всё, что было в её силах, дабы избавиться от Рене, которого на дух не переносила. Так, Маргарита добилась от своего отца, сюзерена герцога Савойского, аннулирования акта легитимации (признания законнорожденным) своего деверя. Кроме того, по её наущению монах Мале, придворный капеллан, обрисовал в своей проповеди картину нищеты и страданий народа в Савойе. Обращаясь к Филиберту, монах призвал его:
– Изгоните воров из своего дома, пиявок, сосущих кровь Ваших несчастных подданных!
Поняв, что проиграл, Рене пришёл к герцогу и попросил:
– Разрешите мне удалиться в свои владения!
– Я желаю, – ответил Филиберт, – чтобы Вы не только покинули мой двор, но и моё государство в течение двух дней под страхом смерти.
Бастард нашёл убежище при французском дворе, но даже там неприязнь Маргариты преследовала его: всё его имущество было конфисковано по суду. После отъезда деверя Маргарита взяла бразды правления в свои руки, получив множество привилегий от своего отца, среди прочего, временную юрисдикцию над всеми епископствами Савойи, Пьемонта, Бугея и провинций Женева и Во. Эта уступка укрепила права Савойи на все земли к востоку от реки Соны, которые местные жители до сих пор называют «частью империи». Благодаря Маргарите Савойский двор вышел из-под влияния Франции.
В апреле 1503 года Филипп Красивый нанёс визит своей сестре в Бурге по возвращении из Испании, где он вступил во владение короной Кастилии, которая после смерти королевы Изабеллы перешла к его жене. В честь брата Маргариты на площади Лис был проведён грандиозный турнир. Затем герцог и герцогиня сопроводили его в замок Пон-д'Айн, где готовились новые празднества. Знать Бресса и Бюже стекалась туда, чтобы приветствовать царственного гостя. Специально для Филиппа туда также привезли «Святую Плащаницу», принадлежавшую Савойскому дому, которая обычно хранилась в Турине.