Сначала Маргарита Австрийская поселилась в этом дворце, который позже стал известен как «Двор императора», со своим племянником Карлом и его тремя сёстрами, Элеонорой, Изабеллой и Марией. Что же касается её младшего племянника Фердинанда, то он остался в Испании со своим дедом, королём Арагона, который дал ему образование и чьим любимцем он стал. Младшая же дочь Филиппа, Екатерина, родившаяся после его смерти, делила с матерью заточение в старом дворце Тордесильяс, пока не вышла замуж семнадцать лет спустя. Решив, что дворец в Мехелене недостаточно велик для неё самой и детей Филиппа, Маргарита убедила отца купить другой дом напротив, принадлежащий Жерому Лауврину. После ремонта и переделки в соответствии с её требованиями император подарил его дочери. Вдобавок, Маргарита приказала разбить во дворе сад в итальянском стиле, служивший образцом для садов нидерландской знати. 6 июля 1507 года она торжественно въехала в город и поселилась в своём прекрасном готическом дворце с элементами ренессанса на фасаде со своим племянником и племянницами. Как оказалось впоследствии, дни, проведённые там детьми, оказались самыми счастливыми в их жизни.
В «Хронике» Жана ле Мэра приводится интересный рассказ о поминальной службе в память о Филиппе Красивом, состоявшейся в Мехелене несколько дней спустя в воскресенье, 18 июля 1507 года, в церкви Святого Румбольда (Ромбо). В своём описании великолепной процессии, возглавляемой офицерами и слугами покойного короля, которая медленно продвигалась по улицам Мехелена к соборной церкви Сен-Ромбо, хронист Мэр упомянул священников и капелланов, нищенствующих монахов, юристов и депутатов от провинций, церквей и всех гильдий Мехелена в парадных облачениях, с бесчисленными крестами и знамёнами, за которыми следовала толпа простых горожан с горящими факелами. В процессии также участвовали послы, епископы и вооружённая знать во главе с герольдами на богато украшенных конях, несущих гербы и знамёна Габсбургов и Бургундии, со знамёнами предков короля Филиппа, императора Фридриха III (отца Максимилиана), Карла Смелого, его второй жены Изабеллы Бурбонской и дочери Марии Бургундской. В середине своей «Хроники» Мэр внезапно обращается к Маргарите:
– Вы, милостивая госпожа и принцесса, также присутствовали, тайно молясь… за душу Вашего единственного брата, да простит его Бог, очень просто одетая в траур и покрытая вуалью, вместе со своими благородными дамами.
В соборе молодой эрцгерцог Карл сидел лицом к кафедре, в то время как духовник покойного короля Иоанн, епископ Салюбри, произнёс надгробную речь, подробно остановившись на добродетелях и великих дарованиях короля Филиппа. Мэр рассказывает, что присутствующие были так тронуты его красноречием, что многие расплакались, и он добавляет:
– Я полагаю, любезнейшая госпожа…, что Вы тоже тайно плакали… в конце торжественной мессы, когда епископ Аррасский произнёс слова: «Et verbum caro factum est» («И слово стало плотью») и герольды бросили свои знамёна на мраморный пол перед главным алтарём, а магистр Золотого руна – свой служебный посох, и воскликнул три раза: «Король мёртв». После паузы он поднял его и, вознеся над головой, провозгласил: «Да здравствует дон Карлос, Божьей милостью эрцгерцог Австрийский и принц Испанский». …Затем первый герольд поднял своё знамя и, высоко размахивая им, прокричал: «Герцог Бургундии, Лострика и Брабанта!» И второй герольд подхватил клич, когда он поднял своё знамя, провозгласив Карла «графом Фландрии, Артуа, Бургундии, палатином Эно, Голландии, Зеландии, Намюра и Зутфена». Затем третий и четвёртый герольды подняли свои знамёна и продолжили торжественную перекличку, закончив её словами: «Маркиз Священной Империи, господин Фрисландии, Салина и Малина!»
Траурная шляпа, которую носил молодой принц, затем была снята с его головы королевским оруженосцем, который взял с алтаря большой меч, благословлённый епископом, и держал его перед эрцгерцогом Карлом, обращаясь к нему так:
– Принц имперский и королевский, этот меч правосудия дан вам от Бога… и от Ваших благородных предков… чтобы Вы могли защитить Святейшую Веру и все Ваши королевства....
После чего королевский военачальник поцеловал меч и передал его в руки молодого эрцгерцога, который взял его за рукоять и, подняв острие в воздух, приблизился к высокому алтарю и преклонил колени перед ним.
Генрих VII, всё ещё лелеявший надежду жениться на Маргарите, в письме от 18 октября 1506 года, соболезнуя Максимилиану в связи со смертью его сына, обещал оставаться его хорошим другом и другом принца Кастилии и помогать им во всём.