Среди прочего, регентша завещала свой бокал для вина, инкрустированный серебром, серебряную ложку и серебряную медаль, позолоченную и иллюстрированную копию Евангелия от Святого Иоанна и свои агатовые чётки Аннонциадам (Ордену Благовещения Пресвятой Девы Марии) в Брюгге. К этим подаркам прилагался портрет Маргариты, выполненный на доске Бернардом ван Орли, и два трогательных письма, адресованных матери Ансиль.
Итак, уладив все свои земные дела, Маргарита нежно попрощалась со своими слугами и друзьями и отдала себя в руки врачей. Желая избавить её от боли, те дали ей настолько сильную дозу опиума, что она заснула навеки. Таким образом, Маргарита скончалась в ночь на 30 ноября 1530 года, между полуночью и часом, на пятидесятом году жизни и на двадцать третьем году своего регентства.
Архиепископ Палермо Жан де Каронделе и Антуан де Лален, граф Хогстратен, немедленно отправились в Кёльн, чтобы сообщить императору печальную весть. В своём письме они сообщили, что воспаление (гангрена) распространилось с ноги принцессы на её тело (вероятно, из-за длительной задержки), и поэтому операция была бы бесполезной. Однако, похоже, врачей ни в чём не обвиняли, и Филиппу Савойену, её хирургу, выплатили тридцать «филиппов за то, что он лечил мадам так хорошо, как только мог, и за то, что забальзамировал её тело».
– Мадам до самого конца оставалась такой же добродетельной, какой была всегда, ибо она умерла такой хорошей христианкой, какой, как нам кажется, только можно быть. Это большая потеря… для Вашего Величества и для всех Ваших стран, – заключили в конце письма архиепископ и граф.
Карл был очень огорчён, когда узнал, что его любимая тётя скончалась, и заказал великолепные службы по ней в Кёльнском соборе, на которых присутствовал со всем своим двором.
Архиепископ Палермо же провёл службу в Мехелене, на которой присутствовали Большой совет и магистраты, а также все городские гильдии. Корнелий Агриппа произнёс надгробную речь, подробно остановившись на многочисленных добродетелях и талантах Маргариты:
– Мы потеряли якорь, на котором покоились наши надежды. Мы подавлены этим великим несчастьем, ибо никакая большая потеря не могла бы постигнуть нас и нашу страну. Какое утешение мы можем найти в смерти самой святой принцессы Маргариты? Мы все плачем, мы все оплакиваем её! Все провинции, все города, веси, все деревушки, все хутора погружены в скорбь.
22 января 1531 года похоронная процессия, возглавляемая молодым наследным принцем Дании в качестве главного плакальщика, сопровождала тело и сердце Маргариты в Брюгге. В ожидании перевода к месту своего последнего упокоения в Бру, её тело было положено в склеп под главным алтарём монастыря Аннонциад; а её сердце, заключённое в урну, было помещено в гробницу её матери, Марии Бургундской, в церкви Девы Марии, но 6 февраля следующего года его отдали матери Ансиль, по приказу императора, вместо тела, которое 21 апреля 1532 года было отправлено в Бру. Такая длительная задержка с отправкой Маргариты к месту её последнего упокоения была вызвана тем фактом, что на момент её смерти церковь в Бру ещё не была достроена, и прошло два года, прежде чем были полностью завершены все работы. Наконец, в июне 1532 года Маргарита упокоилась рядом с Филибертом и его матерью в прекрасной церкви, которую создали её любовь и благочестие, но до окончания строительства которой она так и не дожила. Похоронные церемонии длились три дня – 10, 11 и 12 июня.
В сопровождении старейшин синдик города Бурга вышел навстречу похоронному кортежу, который сопровождали маршал Бургундии, граф Хогстратен, архидиакон Фаверни и Клод де Буассе, впоследствии ставший епископом Арраса. На богослужении проповедь произнёс брат Антоний из Сейша, настоятель аббатства Святого Антония Бургского, как на французском языке, так и на латыни, чтобы все могли понять его. Интересно, что среди многочисленных талантов Маргариты он упомянул «её тонкое мастерство в живописи», которому, по его утверждению, она часто предавалась. Свинцовую урну с её внутренностями поместили в склеп перед главным алтарём в церкви Святых Петра и Павла в Мехелене. В этом же городе в 1531 году император приказал воздвигнуть в память своей тётки её статую из алебастра, украшенную позолотой, в церкви у Анских ворот. Но своего главного памятника от благодарных жителей Мехелена Маргарита Австрийская удостоилась уже в XIX веке, т.е. почти три века спустя, который до сих пор стоит на главной городской площади по соседству с собором Святого Румбольда.