За свою жизнь она сыграла множество ролей, которые не всегда сама выбирала: сначала «маленькая королева», затем принцесса Астурийская и герцогиня Савойская, вдова, воспитательница детей брата, и, наконец, регентша. Её правление считается «золотым веком» в истории Нидерландов. Все соседние правители уважали её и искали с ней союза. В Нидерландах, по их центральному положению между Германией, Францией и Англией, сходились тогда многие нити общеевропейской политики. У Маргариты было врождённое призвание к дипломатии. Не делая большого шума, она умела очень многое. В её ловких руках дипломатия стала одним из самых сильных рычагов европейской политики. Несмотря на множество препятствий, с которыми она постоянно сталкивалась, Маргарита проявила стойкость и, стала одной из самых выдающихся женщин эпохи Возрождения.
В «Генеалогии», заказанной Жану Франко её племянником, она изображена как один из самых главных членов дома Гасбсургов. Единственная женщина, портрет и биографию которой можно найти среди других правителей: Максимилиана Австрийского, Филиппа Красивого, Карла V и т. д. Обладая умом и сердцем, она всегда стремилась к миру, несмотря на всю свою ненависть к Франции. Немецкий историк Клаус Ошема утверждает, что возвышение Габсбургов изначально было далеко не гарантировано. Именно деятельность Филиппа и его сестры Маргариты сделало возможной стратегию экспансии их отца на Западе и проложило путь к гегемонии Габсбургов в Европе. Карл V, племянник Маргариты, объединил под своим скипетром самую огромную империю со времён Древнего Рима. Сам он титуловал себя так: «Избранный император христианского мира и римский, присно Август, а также католический король Германии, Испаний и всех королевств, относящихся к нашим Кастильской и Арагонской коронам, а также Балеарских островов, Канарских островов и Индий, Антиподов Нового Света, суши в Море-Океане, Проливов Антарктического Полюса и многих других островов как крайнего Востока, так и Запада, и прочая; эрцгерцог Австрии, герцог Бургундии, Брабанта, Лимбурга, Люксембурга, Гельдерна и прочая; граф Фландрии, Артуа и Бургундии, пфальцграф Геннегау, Голландии, Зеландии, Намюра, Руссильона, Серданьи, Зютфена, маркграф Ористании и Готциании, государь Каталонии и многих других королевств в Европе, а также в Азии и Африке господин и прочая».
Если бы потребовалось сочинить эпитафию принцессе, воспитавшей его, то я написала бы так: «Здесь лежит Маргарита, дочь императора, которая, будучи верной женой и не слишком добродетельной вдовой, оставила по себе память как мудрая правительница».