В течение продолжительного времени в фаворе у государыни находилась Анастасия Николаевна Мальцева, урождённая княжна Урусова, жена крупного владельца заводов. С этой умной и сердечной женщиной императрица могла делиться своими чувствами и помыслами, как с близкой подругой.
Наступил 1860 год. В сентябре Мария Александровна родила своего последнего ребёнка и опять мальчика. Новорождённого постарались поскорее окрестить, чтобы стареющая бабушка могла ещё стать его заочной восприемницей. Вдовствующая императрица Александра Фёдоровна доживала свои последние дни.
Вскоре вновь в царской семье наступил траур: прусская принцесса — мать императора Александра II — скончалась. Начались панихиды. Мария Александровна настолько ослабела после родов, что даже не могла принимать участия во всех церемониях, связанных с кончиной её свекрови. На некоторое время при дворе установилось затишье: никаких приёмов и развлечений, визиты крайне ограниченны, лишь к Рождеству светская жизнь постепенно начала входить в свои обычные рамки. Однако Мария Гессенская стала часто уединяться в своих комнатах и всё реже выезжать с государем из дворца. 15 января в Зимнем дворце состоялся раздел бриллиантов скончавшейся супруги Николая I между членами семьи Романовых. Императрица не проявила к этому особого интереса, в тот день тоже сказалась больной.
Потребовалось немало времени, чтобы силы несколько восстановились. Однако по рекомендации врачей императрица была отныне ограничена в выполнении своего супружеского долга. Вскоре она начала вести крайне замкнутый образ жизни, в свете и среди родственников появлялась всё реже и реже. Она больше мать, чем жена, и всецело отдаёт себя воспитанию детей.
Старшему сыну, Николаю, недавно исполнилось восемнадцать лет. Как наследник престола он при помощи назначенных к нему учителей уже завершил курс домашнего обучения, проявив при этом незаурядные способности. Преподаватели были довольны своим учеником. В числе его наставников находился человек, заслуживший особое уважение в царской семье. Это был англиканский пастор Куриар, уроженец Женевы. Будучи в Лондоне, он преподавал королеве Виктории французский язык и по окончании её обучения возвратился на родину. Императрице рекомендовала этого человека её бывшая воспитательница госпожа де Граней. Высокообразованный, обладающий благородным характером, приятный в обхождении и неизменно твёрдый в своих требованиях, Куриар оказался особенно полезным цесаревичу в его духовном просвещении. Императрица лично приняла участие в обсуждении системы дальнейшего образования сына и составлении плана прохождения им университетского курса. Мария Александровна старательно подыскивала учителей и для всех остальных своих детей, следила за их воспитанием и успехами в учёбе. С большой лаской и вниманием относилась она к малышам, Сергею и Павлу; последнего сына назвали этим именем в честь императора-прадеда.
Забота о детях стала главным делом в жизни матери-императрицы. Что же касается её личных развлечений, то о них она почти не думала. Только читать очень любила, предпочтение при этом отдавая русским писателям — Толстому, Гончарову, а также авторам исторических романов. История Российского государства и церковная археология были Марии Александровне особенно интересны. Россию она любила искренне, ей стали близки православие и традиции народа. В 1862 году императрица посетила Новгород и присутствовала на открытии памятника тысячелетию Руси. А несколькими годами раньше вместе с супругом и старшими детьми она совершила путешествие на речном пароходе в старинные русские города Ярославль и Кострому, предварительно ознакомившись с их историей. Говорила Мария Александровна по-русски неплохо, хотя и с немецким акцентом.
По традиции императорская семья и двор летом переезжали в одну из загородных резиденций: Петергоф, Царское Село или Гатчину. Александр II должен был находиться вблизи Петербурга, поскольку на это время приходились летние учения, лагеря и манёвры войск Петербургского гарнизона, в которых царь принимал участие. В 1860 году у семьи Потоцких была куплена крымская Ливадия, и с тех пор осень император вместе с супругой и детьми обычно проводил в Крыму. Там было более спокойно, чем в загородных дворцах под Петербургом, где императору приходилось вести почти такой же образ жизни, как и в самой столице, непрерывно принимая министров для доклада, созывая совещания и просматривая текущие документы.