Шумная придворная жизнь в столице и светская суета за осень и зиму надоедали Александру III, и семья с первыми весенними днями вновь перебиралась в Гатчину. Петербурга супруг датской принцессы не любил, а может, и боялся. Забыть расправы над своим отцом он не мог и предпочитал затворнический образ жизни. Жить в кругу семьи, подальше от света — таково было его желание. Светские обязанности брала на себя Минни, как её продолжали звать в семье. Она обожала торжественные церемонии. Миниатюрная по сравнению с великаном-царём, она расточала всем присутствовавшим свою ласковую улыбку, зная, что выглядит великолепно в своих неотразимых украшениях. Особую слабость Мария Фёдоровна питала к жемчугам. Иногда на ней сразу можно было видеть десять жемчужных ниток. Некоторые из них спускались до самого пояса.
За пределы России императорская чета нечасто выезжала. Официальных визитов в другие страны Александр III совершать не любил. Правда, осенью частенько на радость своей супруге выезжали в Данию, чтобы провести там три недели вместе с королевской семьёй. Царь велел построить для себя во Фредесборге отдельный дворец и вёл там жизнь мирного буржуа со всем своим семейством. Для Марии Фёдоровны это было большим счастьем.
Иногда ездили в Крым. Во время одной из таких поездок произошло крушение поезда, в котором ехала царская семья, возвращавшаяся из Ялты в Петербург. Поезд сошёл с рельсов, и почти все вагоны разбились. Это случилось в октябре 1888 года на станции Борки около Харькова. Царь и его семья в это время обедали в столовом вагоне. Крыша вагона обвалилась, но Александр III благодаря своей гигантской силе сумел удержать её на своих плечах и держал до тех пор, пока жена и дети не выбрались из вагона. Серьёзную травму получила старшая дочь Ксения, у Марии Фёдоровны руки и ноги были изрезаны осколками битого стекла и всё тело было в синяках. Несмотря на это, она упорно твердила, что с нею всё в порядке и, как настоящая сестра милосердия, помогала доктору перевязывать раненых. Приказав принести свой личный багаж, императрица принялась резать свои сорочки на бинты. Число пострадавших во время аварии составило двести восемьдесят один человек, из них двадцать один погиб.
В официальных сообщениях об этом событии говорилось как о крушении поезда по неизвестной причине. Полиции так и не удалось найти виновных. Что же касается спасения царской семьи, то об этом говорили как о чуде.
В 1894 году внезапно скончался её любимый супруг. В январе он заболел, как тогда называли, «инфлюэнцей», которая дала осложнение на лёгкие. Несколько дней положение императора оставалось крайне тяжёлым. Мария Фёдоровна, которая всегда очень тревожилась за здоровье своего Саши, была в страшном беспокойстве. По её настоянию были вызваны лучшие врачи, которым он позволил под напором жены обстоятельно себя обследовать. Они нашли положение серьёзным, но не опасным. Спустя некоторое время всё вроде бы нормализовалось. Императорская чета стала появляться на официальных приёмах, посещала смотры и парады. Внешне Александр III мало изменился, но Мария Фёдоровна видела, что её мужу плохо. Каждый день она спрашивала, как он себя чувствует, но он почти никогда не жаловался.
В августе царская семья некоторое время провела в Беловежской пуще, которая состояла к тому времени в распоряжении удельного ведомства, там только что был достроен дворец для императора. Мария Фёдоровна надеялась, что чистый воздух хвойных деревьев, размеренный режим и уход дадут благоприятный результат. «Какой живительный воздух! Какая величественная картина!» — радовалась Мария Фёдоровна, когда прибыли на место. Вместе с родителями приехали трое детей: наследник престола Николай, великий князь Михаил и великая княжна Ольга. Сын Георгий находился в то время на Кавказе. Два года назад у него обнаружили туберкулёз лёгких, и по рекомендации врачей он проходил курс лечения в высокогорном местечке Аббас-Туман неподалёку от границы с Турцией. Отсутствовала и дочь Ксения, ставшая недавно женой великого князя Александра Михайловича, своего двоюродного дяди.
Царская семья разместилась во дворце, и началась тихая, спокойная жизнь. Супруги вставали около восьми часов утра, пили утренний чай или кофе, совершали небольшую прогулку, иногда ехали прокатиться в пуще, разыскивая охотников, чтобы посмотреть на их трофеи или принять участие в их трапезе. Сам Александр вместо охоты предпочитал работу в своём кабинете. Вечером устраивалась выставка убитой дичи. На крыльцо выходили император и императрица, любовались красивыми животными, спрашивали об особенно удачных выстрелах. По уходе императорской четы старший повар выбирал, что считал нужным, для царской кухни, остальная дичь раздавалась слугам.