27 октября гроб с телом усопшего императора отправили из Ливадии. В тот же вечер на корабле прибыли в Севастополь. Мария Фёдоровна, простившись с сыном Георгием, который должен был возвращаться в Аббас-Туман, села в поезд, в который внесли и гроб её мужа. Она ехала в том самом вагоне, где пять недель назад с ней вместе сидел её дорогой супруг. В письме к Георгию она написала: «Видеть его место на диване всегда пустым! Повсюду, повсюду мне кажется, что в любой момент он может войти. Мне чудится, что я вижу, как сейчас появится его дорогая фигура. И я всё не могу осознать и заставить войти в мою голову эту страшную мысль, что всё кончено и что мы должны продолжать жить на этой грустной земле уже без него!»
В Петербурге, куда прибыли спустя пять дней, Мария Фёдоровна не пропускала ни одной панихиды, которые служились ежедневно. «С того момента, как началась для меня эта чернота, мы пережили тяжёлые и душераздирающие моменты, — писала она сыну, — и главным образом это был приезд сюда, в наш любимый Аничков, где мы были так счастливы в течение 28 лет. А теперь всё кажется мне таким пустым и страшным. Любимые комнаты, когда-то такие родные и симпатичные, а теперь пустые и грустные. Я чувствую себя в них абсолютно потерянной. Я ощущаю, что душа их покинула».
Погребение Александра III состоялось 7 ноября в Петропавловской крепости. Мария Фёдоровна не уронила ни одной слезы. Когда подходила к гробу для прощального поцелуя, закрыла глаза. «О как это было страшно и ужасно — последнее прощание. Это было повторением незабываемого 20 октября, когда добрый Бог отобрал у меня того, которого я лелеяла и любила больше всего на свете и который всем вам был лучшим из отцов», — писала она сыну Георгию.
Многие годы впоследствии ей казалось, что её супруг вернётся к ней. Для неё он навсегда остался живым. Ни разу она не взглянула на него в гробу, сердце не велело, да и сил не было увидеть его безжизненным. Часто он приходил к ней в её сновидениях. Проснувшись после «свидания с ним», она не скрывала своей радости: он не забывает о ней.
«Я так и не могу привыкнуть к этой страшной реальности, что дорогого и любимого больше нет на этой земле. Это просто кошмар. Повсюду без него — убивающая пустота. Куда бы я ни отправилась, везде мне его ужасно не хватает. Я даже не могу подумать о моей жизни без него. Это больше не жизнь, а постоянное испытание, которое надо стараться выносить, не причитая, отдаваясь милости Бога и прося Его помочь нам нести этот тяжёлый крест!»
Мария Фёдоровна в столь трудные для неё дни держалась самоотверженно: присутствовала на церемониях, принимала соболезнования множества именитых гостей, прибывших в Петербург почти из всех владетельных европейских домов, чтобы отдать последний долг русскому царю.
На престол вступил великий князь Николай Александрович. Через неделю после похорон состоялось его бракосочетание с принцессой Гессенской, ставшей в православии Александрой Фёдоровной. Отныне она первая дама в государстве, а Мария Фёдоровна получила официальный титул «вдовствующая императрица». Но казалось, что переход в новое качество датскую принцессу-вдову мало беспокоил. Её сердце переполняло одиночество.
Великий князь Константин Константинович после обряда венчания Николая II записал в своём дневнике: «Больно было глядеть на бедную Императрицу. В простом, крытом белым крепом, вырезном платье, с жемчугами на шее, она казалась ещё бледнее и тоньше обыкновенного, точно жертва, ведомая на закланье; ей невыразимо тяжело было явиться перед тысячами глаз в это трудное и неуютное для неё время». Но Мария Фёдоровна достойно выполняла свой долг. Из Зимнего дворца, где свершилось бракосочетание сына, она первой уехала в свой Аничков дворец, чтобы приготовиться к приёму новобрачных. За праздничным столом она осталась лишь короткое время, извинилась и ушла. В этот вечер сдержать слёз она уже не могла.
В письме сыну Георгию Мария Фёдоровна «вылила» свою душу: «У нас два дня назад наш дорогой Ники женился. И это большая радость видеть их счастливыми. Слава Богу, этот день прошёл. Для меня это был настоящий кошмар и такое страдание. Эта церемония с помпой при такой массе народа! Когда думаешь, что это должно проходить публично, сердце обливается кровью и совершенно разбито, это более, чем грех. Я всё ещё не понимаю, как я смогла это перенести. Это было жутко, но добрый Бог дал сверхчеловеческие силы, чтобы перенести всё это. Без Него это было бы невозможно. Ты представляешь, как же должно быть страшно, несмотря на эмоции и резкую боль, присутствовать на свадьбе Ники без любимого Ангела Папы. Однако я чувствовала его присутствие рядом с нами, и что он молился за счастье нашего дорогого Ники, и что его благословение всё время снисходит на нас свысока».