Сын-император из любви и уважения к своей дорогой «Мама» поселился с молодой женой в Аничковом дворце. Он не хотел оставлять мать одну. Почти два месяца у них гостила сестра Марии Фёдоровны Александра, герцогиня Уэльская. Когда она уезжала, вдова русского царя горько плакала.
В жизни датской принцессы наступил новый период. Отныне она как вдовствующая императрица лишь присутствовала, правила же германская принцесса. И это несмотря на то, что сын, император Николай II, оставил за матерью все привилегии. Сохранил он за ней и некоторые обязанности. Как и прежде, Мария Фёдоровна должна была руководить главной благотворительной организацией России, так называемым Ведомством учреждений императрицы Марии, основанным ещё супругой Павла I принцессой Вюртембергской, а также Обществом Красного Креста.
В Аничковом дворце Николай II с супругой прожили до весны. Затем молодые переехали в Царское Село, которое стало их любимым местом пребывания. Мать имела возможность наблюдать, что Ники действительно влюблён в свою принцессу. Конечно, она была рада за сына, но и обеспокоена: ей казалось, он становится слишком зависимым от этой женщины, несколько замкнутой и скованной в поведении и, что называется, нелюдимой. Свекрови, прожившей в России уже почти тридцать лет, было трудно понять, что невестка не стремится приобретать популярность, не старается обязательно нравиться. Аликс достаточно было, что муж её безгранично любит.
Напряжённость, возникшая в отношениях между Марией Фёдоровной и её невесткой, никогда не приводила к открытому конфликту, но нередко достигала опасной грани. Обе женщины разительно отличались своими характерами, привычками и взглядами на жизнь. Так что соблюдалась лишь формальная сторона общения. Всё это тоже накладывало определённую тяжесть на душу вдовы.
В июле 1895 года Мария Фёдоровна стала бабушкой: великая княгиня Ксения Александровна родила свою единственную дочь Ирину, а в ноябре того же года родилась дочь и в семье сына-императора. Имя первой дочери Николай II согласовал со своей «дорогой Мама». Мария Фёдоровна писала сыну Георгию на Кавказ: «Ники буквально купается в счастье от своей новой роли отца».
Прошёл год со дня смерти императора Александра HI. Годичный траур истёк, но Мария Фёдоровна оставалась в трауре. Она посещала официальные церемонии, бывала на балах и даже по традиции сама давала бал в Аничковом дворце, считая, что не следует лишать других права веселиться. Но печаль не проходила, постоянно рядом была тень её незабвенного Саши.
В мае 1896 года в Москве состоялась коронация Николая II. Для Марии Фёдоровны радость за сына сочеталась с тоской по ушедшему. Ей всё напоминало то время, когда тринадцать лет назад супруг-император венчал её короной. Но слёз души она не показывала никому, держалась стойко, улыбалась, принимала знаки внимания, поздравления.
Сыну Георгию она написала: «Наконец-то я счастлива оттого, что всё это уже позади. Я благодарна Богу за то, что Он помог мне справиться с моими собственными чувствами, и за то, что Он помог мне выполнить этот страшный, но священный долг — присутствовать на короновании моего дорогого Ники и помолиться за него и рядом с ним в этот самый большой и важный момент, самый серьёзный в его жизни».
А через несколько дней, уже вернувшись в свою Гатчину, она написала сыну о страшной катастрофе, случившейся в Москве на Ходынском поле. Там собрались тысячи людей для получения царских подарков по случаю коронации, внезапно началась давка, и очень многие погибли.
«Я была очень расстроена, увидев всех этих несчастных раненых, наполовину раздавленных, в госпитале, и почти каждый из них потерял кого-нибудь из своих близких. Это было душераздирающе. Но в то же время они были такие значимые и возвышенные в своей простоте, что просто вызывали желание встать перед ними на колени».
Постепенно вдовствующая императрица стала изредка участвовать в светской жизни. Но новое большое горе опять выбило её из колеи. 28 июня 1899 года в Аббас-Тумане скончался её любимый сын Георгий. Двух лет не дожил он до своего тридцатилетия, болезнь одолела его, медицина оказалась бессильной.
Великая княгиня Ольга Александровна вспоминала: «После того как острота потери притупилась, мама снова окунулась в светскую жизнь, став при этом ещё более самоуверенной, чем прежде. Она любила веселиться; обожала красивые наряды, драгоценности, блеск огней, которые окружали её. Одним словом, она была создана для придворной жизни. Всё то, что раздражало и утомляло папу, для неё составляло смысл существования. Поскольку отца не было больше с нами, мама чувствовала себя полноправной хозяйкой. Она имела огромное влияние на Ники́ и принялась давать ему советы в делах управления государством. А между тем прежде они нисколько её не интересовали. Теперь же она считала своим долгом во всё вмешиваться».