Положением дел в стране после смерти своего мужа Мария Фёдоровна была недовольна. Она считала, что при Александре III бразды правления были в сильных руках, в годы царствования её сына как в государстве, так и в императорской семье Романовых стали возникать шатания и разброд. Одному близкому человеку она как-то сказала, что «как будто царствования её мужа никогда и не было — так велика разница между тем, что было тогда, и тем, что происходит теперь». Потрясением для вдовствующей императрицы явился подписанный Николаем II 17 октября 1905 года Манифест о введении демократических прав и о выборах в Думу. В то время она находилась в Дании у родителей и о событиях в России узнавала из газет. Прошло одиннадцать лет со дня смерти Александра III, и сын, клявшийся перед Богом сохранить в неприкосновенности оставленную ему в наследство власть, пошёл на её ограничение. А ведь отец оставил ему надёжную империю.
У самой Марии Фёдоровны открылось как бы второе дыхание. Если раньше её занимали лишь женское образование и больничное дело, то отныне, видя неопытность сына-правителя, она активно стала интересоваться вопросами политики и дипломатии, внимательно изучала международную обстановку, черпая немало полезных сведений из бесед с иностранными послами и царскими министрами, и нередко была способной дать полезный совет. Жажда деятельности обуревала её.
Как пишет великая княгиня Ольга: «От её внимания не ускользала ни одна из сторон образовательного дела в Российской империи. Она немилосердно эксплуатировала своих секретарей, но не щадила и себя. Даже скучая на заседании какого-нибудь комитета, она не выглядела скучающей. Всех покоряла ей манера общения и тактичность. Мама совершенно откровенно наслаждалась своим положением первой дамы в империи».
Главную роль вдовствующая императрица играла и в своей семье, уже не только как мать, но и как бабушка. Великая княгиня Ксения Александровна за первые семь лет супружеской жизни после дочери Ирины родила ещё пятерых сыновей. В 1907 году у неё родился ещё один мальчик. Он был последним ребёнком в семье старшей дочери. У старшего сына после четырёх дочерей наконец-то родился сын. Это было большой радостью царской семьи. О страшной болезни долгожданного наследника престола узнали не сразу.
Свою младшую дочь Ольгу Мария Фёдоровна выдала замуж, когда той исполнилось девятнадцать лет. Выбор матери пал на принца Петра Ольденбургского, который был значительно старше девушки. Бракосочетание состоялось в конце июля 1901 года. На торжество были приглашены лишь самые близкие родственники, но свадьба была не слишком весёлой, да и счастья этот брак не принёс великой княгине Ольге Александровне. Её супруг, известный в Петербурге кутила и страстный игрок, не проявлял к ней внимания, поговаривали, что он вообще не интересовался женщинами. «Мы прожили с ним под одной крышей почти пятнадцать лет, — откровенно выскажется позже Ольга Александровна, — но так и не стали мужем и женой». В 1916 году она разведётся с Петром Ольденбургским и выйдет замуж за капитана гвардейских кирасиров Николая Куликовского. С ним она создаст счастливую семью и станет матерью двоих сыновей.
При императрице Марии Фёдоровне довольно длительное время оставался её младший сын Михаил. После кончины отца, которого великий князь буквально боготворил, началось его приобщение к военному делу. А когда умер брат Георгий, считавшийся официально наследником Николая II, он выполнял роль престолонаследника, пока в 1904 году императрица Александра Фёдоровна не родила мальчика. Для великого князя Михаила это было страшной обузой, так как государственные дела его совершенно не интересовали, а династически-представительские обязанности были в тягость. Он был безумно рад, когда в царской семье родился сын. В дневнике его кузена, великого князя Константина Константиновича, есть такая запись от 2 августа 1904 года: «В пять часов мы с женой поехали навестить вдовствующую императрицу и пили у неё чай. Был и отставной наследник Миша; он сияет от счастья, что больше не наследник».