Для великой княгини Марии Фёдоровны всё это время было тяжёлым, она порой чувствовала себя слабой. Три года спустя после Александры родилась дочь Елена, а в 1786 году ещё одна дочь, получившая имя Мария в честь матери. Роды этих дочерей были тяжёлыми, а появление на свет маленькой Марии повлекло за собой такое ухудшение здоровья, что великая княгиня дала обет в случае выздоровления сделать пожертвование в пользу бедных. Незадолго до рождения третьей дочки она перенесла страшное горе: скончалась её сестра Фредерика, бывшая замужем за герцогом Ольденбургским, оставив двух малолетних детей сиротами. Да ещё беспокойства, связанные со старшими братьями, о которых рассказывалось выше.
Во всех своих семейных горестях немецкая принцесса находила поддержку лишь в чистой и глубокой любви мужа. Великий князь Павел Петрович с большой нежностью относился к своей добродетельной супруге, матери его детей. Отправляясь в поход против шведов в 1788 году, он написал ей следующие строки: «Я доложен отворить тебе сердце своё: тебе самой известно, сколько я любил и привязан был к тебе... Ты мне была первою отрадою и подавала лучшие советы... благодарю тебя и за терпение твоё, с которым сносила состояние своё ради меня... а за случающиеся в жизни нашей скуки и прискорбия прошу у тебя прощения...» И тут же в письме, как бы прощаясь со своей наречённой — ведь на войне всякое бывает, — Павел даёт ей совет: «Будь тверда в Законе, который ты восприяла, и старайся и соблюдения непорочности его в государстве: не беспокой совести ничьей. Государство почитает тебя своею, ты сие заслуживаешь, и ты почитай его отечеством, люби его и споспешествуй благу его. ...Старайся о благе прямом всех и каждого... будь милостива и снисходительна и следуй всем своей душе благотворительной... Бог да благословит всю жизнь твою. Прости, друг мой; помни меня, но не плачь обо мне; повинуйся воле того, который к лучшему всё направляет, прими мою благодарность.
Твой всегда верный муж и друг Павел.
4 января 1788 года».
Когда Мария спустя несколько недель получила от камергера своего супруга весточку, она выразила слуге в своём письме особую признательность: «Да наградит Вас Бог, любезный Вадковский, за то, что Вы дали мне столь хорошие вести о дорогом моём муже. Они мне очень нужны: его внимание, его память, его нежность составляют моё счастье, мою поддержку».
Далее она высказывает просьбу оберегать великого князя от всего опасного, следить за его здоровьем. «Помните, что Ваши попечения о самом обожаемом из супругов дают Вам право на вечную признательность».
Присутствие великого князя Павла Петровича в армии было, к радости его жены, непродолжительным, и супруги вновь оказались вместе. Но в скором времени судьба лишила принцессу Вюртембергскую полного супружеского счастья. В характере сына императрицы наступил перелом, и терпение Марии Фёдоровны стало подвергаться тяжёлым испытаниям.
К тридцати пяти годам наследник стал резко меняться: его любезность, живость и общительность стали исчезать. Постепенно он начал превращаться в угрюмого и неуравновешенного человека, вспыльчивого и непредсказуемого. Он сформировал в Гатчине небольшую армию, одел её в прусскую форму и занялся муштрой. Ни театральные представления, ни литературные чтения не вызывали более его интереса. Воинские упражнения да религия — вот что для него стало главным.
В мае 1788 года великая княгиня Мария Фёдоровна разрешилась ещё одной дочкой. Роды были настолько тяжёлыми, что жизнь матери висела буквально на волоске. Государыня семь часов подряд не отходила от постели невестки. Твёрдостью духа, решительностью и полезными распоряжениями она помогала растерявшимся врачам делать всё необходимое, чтобы спасти и роженицу, и ребёнка. Малышке было дано имя Екатерина — в честь бабушки.
В общем и целом отношения между императрицей Екатериной II и её невесткой сложились очень хорошие. Кроткая и терпеливая немецкая принцесса проявляла послушание, относилась к царственной свекрови с искренним почитанием, а та, в свою очередь, дарила ей нежность и даже порой уступала, если это не затрагивало её коренных интересов. Поскольку семья большую часть времени проводила в Павловске, между Екатериной II и Марией Фёдоровной велась постоянная переписка, которая в основном касалась воспитания и развития детей, что очень интересовало стареющую государыню: «Александра начала рисовать и, кажется, имеет большую склонность к этому таланту»; «Елена выучила три буквы, и это она сделала по собственному желанию; никто её не приглашал учиться»; «Мария уже делает несколько шагов...»