Условия содержания царской семьи постепенно ухудшались. По просьбе Александры Фёдоровны Гиббс, учитель английского языка, написал за неё письмо её старой гувернантке мисс Маргарет Джексон в Англию. Это была тонко завуалированная мольба о помощи. Аликс надеялась, что это письмо будет передано королевской семье Великобритании. И хотя за несколько месяцев до этого Англия предлагала царской семье убежище, на этот раз родственники не протянули руку помощи. 10 апреля представитель Министерства иностранных дел Великобритании заявил: «Правительство Его Величества не настаивает на своём прежнем предложении об оказании гостеприимства Императорской семье». Об этом официальном заявлении внучка почившей английской королевы Виктории не знала.
Вскоре события приняли критический оборот. Из Москвы поступил приказ вывезти царскую семью из Тобольска. Романовых перевезли в Екатеринбург и передали местным властям. Их поместили в доме, принадлежавшем инженеру Ипатьеву, неподалёку от центра города. Положение заключённых стало гораздо хуже, чем в Тобольске. Охрана была подобрана из солдат, крайне враждебно относившихся к семье бывшего царя. Двери между комнатами были сняты с петель, чтобы охранники могли просматривать все помещения. Нередко в адрес бывшей императрицы и её дочерей отпускались непристойные замечания. Перед единственным открытым окном установили железную решётку. Один раз в день приносили плохо приготовленную пищу.
Александра Фёдоровна стойко переносила все невзгоды этого ужасного времени, мужественно преодолевала лишения и нападки со стороны своих мучителей. С чем-то она смирилась, но чего-то и не могла принять. Неделями она отказывалась от приносимых из столовой обедов, ела одни макароны, которые верный лакей великих княжон, матрос Сиднеев, готовил ей на спиртовке. Редко пользовалась она и возможностью кратких прогулок, которые им разрешалось делать. Но даже в эти дни заточения принцесса-императрица не теряла своего царственного облика. Прямая, высокая, с неподвижным лицом, она казалась человеком, который не гнётся. «О Боже, спаси Россию!» — вот её ежедневная молитва.
В ночь на 17 июля 1918 года была совершена страшная жестокость — расстреляли всех членов царской семьи, доктора, слугу, горничную и повара. Как рассказывают свидетели, их разбудили в полночь и потребовали, чтобы все оделись и спустились вниз в подвальное помещение Ипатьевского дома, в котором они содержались.
Юровский, которому было поручено свершить это злодеяние, зачитал какую-то бумагу. Аликс успела лишь перекреститься, как была убита — почти одновременно с царём. Бог послал ей счастье не слышать криков сына, который ползал по полу, укрываясь от пуль. Трупы выносили на носилках, сделанных из простыней, натянутых на оглобли от стоявших во дворе саней.
«В лесу трупы сложили в яму и облили лица и все тела серной кислотой, как для неузнаваемости, так и для того, чтобы предотвратить смрад от разложения... Забросав тела землёй и хворостом, сверху наложили шпалы и несколько раз проехали — следов ямы не осталось» — так докладывал Юровский после выполнения задания. По официальным данным большевистского правительства расстрелян был лишь царь. О его супруге и детях — ни слова.
На следующий день после расстрела царской семьи была учинена жестокая расправа и над сестрой императрицы Александры Фёдоровны, великой княгиней Елизаветой Фёдоровной. Вместе с пятью другими членами семьи Романовых её вывезли в лесистую местность в шестидесяти километрах от Екатеринбурга, где они содержались под стражей, и живой сбросили на дно старого рудника. «Господи, прости им, не ведают, что творят» — таковы, по свидетельству очевидца, были последние слова Елизаветы Фёдоровны. Тело было обнаружено несколько месяцев спустя. Его останки были перевезены в Иерусалим и там захоронены.
В 1981 году Зарубежная православная церковь канонизировала царскую семью и отнесла их к лику святых, именуемых «страстотерпцы». Так называют тех, кто разделил с Христом страдания неправедно убиенного и претерпел на себе злобную ненависть убийцы.
17 июля 1998 года в Санкт-Петербурге в Петропавловском соборе состоялась церемония захоронения останков Николая II, его супруги-принцессы и их троих детей. Останки дочери Марии и сына Алексея среди убиенных найдены не были.