Но не только вся эта обстановка угнетала душу молодой женщины. Из-за служебных дел и военных занятий наследника престола — в таком качестве пребывал отныне её муж — Елизавета часто оставалась одна. Той нежности и внимания, которые Александр оказывал ей два-три года назад, когда они целые дни проводили неразлучно, уже не было. Великий князь стал холоднее к своей юной супруге, первый пыл страсти заметно угас. Елизавета стала постепенно замыкаться в себе. Очевидцы отмечали, что великую княгиню словно подменили: «Её убивает скука. Она любит своего мужа, но он слишком молод, чтобы она могла занимать его всецело...» Кругом было столько соблазнов и искушений, и сыну императора Павла успели внушить, что при его обаянии перед ним не устоит ни одна женщина. Стоит только захотеть, и найдётся немало красавиц, которые не прочь будут оказать ему внимание.
Сообщая о грустном настроении великой княгини, близкая к семье наследника престола придворная дама писала графине Головиной: «Иногда Александр дурно истолковывает себе и её речи, и её скуку, и я весьма опасаюсь, чтобы холодность не заменила нежности и взаимного доверия».
В это время Елизавета сблизилась с супругой Константина, брата Александра, которой жилось особенно трудно. Ей приходилось терпеть ужасный характер великого князя, которого вообще никто не мог обуздать. Его грубые выходки, вызывающий тон в обращении, отсутствие всякого такта превращали супружескую жизнь саксен-кобургской принцессы в настоящую каторгу. И скромная Анна так она звалась после принятия православия находила поддержку у Елизаветы, которой нередко удавалось сглаживать нелады супругов и которая старалась приласкать её, когда огорчения были особенно большими и Анна находилась в полном отчаянии.
Молодые женщины стали почти неразлучны, совершали ежедневно совместные прогулки, часто вместе обедали. Когда подруга Елизаветы занемогла и должна была выехать за границу на лечение, они трогательно распрощались.
Осенью 1798 года стало известно, что супруга наследника престола ждёт ребёнка. Императрица Мария Фёдоровна не скрывала своей радости, ей очень хотелось стать бабушкой. К своей невестке она относилась уже более снисходительно и добрее. Беременность баденской принцессы протекала нормально, и 18 мая 1799 года она разрешилась девочкой. Радости Елизаветы не было предела. Отныне она целиком была поглощена заботой о ребёнке. В добром сердце Александра проявились чувства отца, как бы обновившие и его любовь к своей супруге. Елизавета вновь ожила.
Лето прошло вполне благополучно. Но с наступлением холодов малышка стала часто болеть. Это продолжалось всю зиму, а в один из первых весенних дней у девочки вдруг начались сильные судороги: она посинела, стала задыхаться. Но к счастью, на этот раз всё обошлось. Однако летом приступ повторился, и врачи уже не смогли ничем помочь. 27 июля 1800 года дочь наследника престола скончалась.
Горе Елизаветы было слишком велико. Она как бы сжалась в комок и даже не могла плакать, покорно подчинившись воле Божьей. Но почему именно на неё обрушилось это страшное несчастье? Понять это бедная женщина была не в силах... Сильно переживал потерю своего первого ребёнка и Александр. Беспокоило его и состояние жены, для которой невозможно было найти слова утешения.
В эти тяжёлые дни великий князь не оставлял свою супругу без внимания, чтобы отвлечь её от грустных мыслей, он старался чаще бывать с ней, приглашал и своего друга, князя Адама Чарторыжского. Раньше князь был его адъютантом, а с недавних пор состоял гофмейстером двора великой княгини Елены, сестры Александра. При дворе стали распространяться слухи о якобы благосклонном отношении супруги наследника престола к князю, дошли они, по всей вероятности, и до императора Павла. Однажды утром совершенно неожиданно Чарторыжскому сообщили, что он назначен генеральным послом от русского двора при короле Сардинии и должен через неделю выехать в Италию. Это была явная опала под видом милости.
Весть эта неприятно поразила великокняжескую чету. У великого князя Александра вообще появилось настроение отказаться от всех прав на наследие престола и жить где-либо уединённо в Европе вдали от России. Елизавета поддерживала своего супруга в его мыслях. Придворные интриги, дрязги, зависть, пустые забавы ей надоели, она была хорошо образованна, неплохо разбиралась в истории и географии, много читала, интересовалась философией. Невежество большинства окружающих придворных для неё было просто невыносимым. Отрадой молодой женщины были лишь воспоминания о годах детского беззаботного супружества.