Через две недели состоялось крещение ребёнка. Секретарь вдовствующей императрицы сделал такую запись в своём дневнике: «18 ноября. Воскресенье. Сегодня день крестить великую княжну Елизавету Александровну. Высочайшее семейство собралось у императрицы Марии, и оттуда состоялся выход в церковь. Новорождённую несла принцесса Амалия. Подушку поддерживали фельдмаршал Салтыков и граф Строганов... Как только началось молебствие, был произведён 301 выстрел из крепости».
По случаю семейной радости некоторым приближённым дамам были пожалованы крест Святой Екатерины или портрет императора Александра I, обрамленный драгоценными камнями. Среди награждённых была и княгиня Наталья Голицына (до замужества княжна Шаховская, любимая фрейлина царствующей императрицы), к которой вдовствующая императрица Мария Фёдоровна была не расположена. Она заранее высказала сыну своё мнение, попросив его, чтобы он вычеркнул фамилию княгини из списка. Государь ответил, что уже поздно, так как он уже обещал... Обещание было дано Елизавете, которая иногда испрашивала милости у своего августейшего супруга. Она старалась всегда находиться в тени событий и в дела мужа никогда не вмешивалась, считая, что не следует стеснять действий супруга и его побуждений. По отзывам современников, баденская принцесса никогда не была императрицей в полном смысле этого слова: всю реальную власть держала в своих руках вдова Павла I, её свекровь.
Весь следующий год прошёл для Елизаветы Алексеевны в заботах о ребёнке, который был для неё большим утешением. Императрицу уже не волновали сплетни и пересуды двора, даже весть о том, что у княгини Нарышкиной от государя вновь родилась дочь, не вызвала особой ревности принцессы; материнские чувства вознаграждали её за утрату любви супруга. Но разве могла она тогда знать, что судьба не даст ей долго наслаждаться своим счастьем?
Наступил 1808 год — год самых страшных испытаний для баденской принцессы. Вначале из-за границы пришло известие, что от скоротечной чахотки скончалась княгиня Голицына, её лучшая подруга, добрый и весёлый характер которой всегда распространял вокруг жизнелюбие и оптимизм и был для императрицы как бы отдушиной в однообразной житейской обстановке. После смерти княгини Елизавета Алексеевна взяла на попечение её маленькую дочь, мечтая сделать её подругой своей Лизоньки.
Но судьба распорядилась иначе. «Дочь императрицы, — как писала в своих воспоминаниях графиня Головина, — стала предметом её страсти и постоянных её забот. Уединённая жизнь стала для неё счастьем; как только она вставала, она отправлялась к своему ребёнку и не оставляла его почти весь день... Но это счастье продолжалось только 18 месяцев. У маленькой великой княгини очень трудно прорезались зубы. Франк, врач Её Величества, не сумел её лечить: ей дали укрепляющие средства, которые увеличили воспаление. В апреле 1808 года с великой княжной сделались конвульсии; все врачи были созваны, но никакое лекарство не могло её спасти. Несчастная мать не отходила от постели своего ребёнка... Стоя на коленях возле кровати, императрица, увидевши свою дочь более спокойной, взяла её на руки; глубокое молчание царило в комнате, там собралась вся императорская фамилия. Императрица приблизила своё лицо к лицу ребёнка и почувствовала холод смерти. Она попросила императора оставить её одну у тела её дочери, и император, зная её мужество, не колебался согласиться на желание опечаленной матери... Императрица оставляла при себе тело своего ребёнка в течение четырёх дней. Затем оно было перенесено в Невскую лавру и положено на катафалк, по обычаю все получили разрешение войти в церковь и поцеловать ручку маленькой великой княжны...»
А на следующее утро после кончины дочери Елизавете Алексеевне пришло известие о смерти её младшей сестры Марии, герцогини Брауншвейгской. Александр I решил сообщить об этом своей супруге. Новое несчастье, как бы сильно оно ни было, не будет столь заметно для матери, сердце которой буквально разрывалось на части от горя. Отчаяние, разочарование и желание полного забвения — вот что наполняло её душу.
Отношение Александра I к супруге оставалось по-прежнему бесстрастным, их сближал теперь лишь придворный этикет. На официальных собраниях при дворе они бывали вместе, иногда вместе обедали, дружелюбно беседовали, но в беседах этих не было ни сердечной теплоты, ни прежней искренности. Елизавета похудела, лицо её поблекло, красота померкла, только глаза всё ещё сохраняли кроткое очаровательное выражение. Никогда она не чувствовала так своего одиночества. Любимым её занятием стало отныне посещение могил своих малюток в Невской лавре. Там она могла горькими слезами безутешной матери несколько облегчить своё исстрадавшееся сердце.