Софья была нежно любима и государыней, с которой она иногда встречалась то в церкви, то во время прогулки в Летнем саду. Взгляд девочки всегда притягивало её усталое, но прекрасное лицо. В душе она считала императрицу своей маменькой и, называя её так, часто обращала к ней свои детские мысли. На своей груди Софья носила маленький портрет Елизаветы Алексеевны в золотом медальоне. Отца своего она просто обожала, скучала, когда долго его не видела. Он ей не раз обещал, что, когда выйдет в отставку, уедет с ней куда-нибудь далеко и они будут всегда, всегда вместе...
Весной 1824 года Софья с матерью находилась на даче в семи верстах от Петербурга. Уже несколько недель у неё держалась высокая температура, мучил сильный кашель. Брак с Шуваловым, назначенный на пасхальные дни, был отложен до её выздоровления. Каждое утро и вечер фельдъегерь привозил бюллетени о состоянии Софьи императору. И вот милое, нежно им любимое существо ушло из жизни. Узнав о смерти дочери, государь побледнел и тихо сказал: «Вот наказание за все мои заблуждения!»
Софья умерла от чахотки, не помогли и опытные врачи, лечившие её. Великолепное платье, заказанное в Париже, прибыло в Петербург в день её смерти. Но украшения траурной колесницы и миртовый венок заменили блестящий свадебный наряд.
Вся петербургская аристократия провожала гроб. Многие не скрывали своих слёз, плакала и государыня. «Она была мне как родная дочь», — писала она своей матери. Смерть девушки повергла императорскую чету в глубокую скорбь. Елизавета Алексеевна старалась смягчить боль императора — как обычно, в трудные минуты она была рядом. Вот только на могилу Софьи он ездил всегда один.
Но не успели высохнуть слёзы от этого горя, как случилась новая большая беда. Осенью 1824 года в российской столице разразилась страшная буря. Порывистый юго-западный ветер, свирепствуя с необычной силой, погнал на Петербург мутные воды Балтийского моря, которые, затопив побережье, хлынули в Неву. Река выступила из берегов. Залиты были улицы, дома, погасли фонари. Несколько сот человек оказались под водой, где и нашли свой вечный покой. Ущерб был огромный: казна, владельцы домов и торговцы понесли убытки в миллионы рублей.
Во время наводнения Елизавета Алексеевна сильно простудилась: врачи опасались чахотки. Государь проводил с женой целые дни, доктора запретили ей говорить: от этого у неё начинались сильные приступы кашля. Государь что-то спрашивал — Елизавета писала ответы. Долго она не могла поправиться, вынуждена была целые дни проводить в постели. Александр обычно приказывал вносить в её комнату свой письменный стол и просиживал там часов по пять в день. Иногда супруги вместе обедали. Прислуга в это время являлась только по звонку, чтобы не мешать беседе. Двор был совершенно безлюдным. Министры съезжались один раз в неделю и, покончив с делами, сразу уезжали.
Как только императрице стало немного лучше, она смогла присутствовать на приёмах во дворце. Только вуаль она опускала, чтобы не чувствовать на себе сострадательных взглядов: больше всего ей не хотелось, чтобы её жалели.
В своём дневнике Елизавета писала: «Когда я вхожу по лестнице Зимнего дворца — 73 ступени, — у меня такое чувство, что я когда-нибудь тут же упаду бездыханной».
Несмотря на временное улучшение самочувствия, императрица была всё же серьёзно больна. Доктора стали открыто говорить, что её состояние внушает большие опасения. Ей предписали провести зиму в тёплом климате, лучше всего в Италии или на Мальте. «Я не больна, — возражала она на слова доктора, — да если бы я и ещё сильнее была больна, то тем более мне было бы необходимо остаться здесь, потому что супруга русского императора должна умереть в России... да и не стоит для меня сеять деньгами за границей».
В начале августа при дворе разнёсся слух, что здоровье императрицы резко ухудшается и что требуется длительное пребывание в благоприятном климате. Неясно было, отправится ли государыня за границу или на юг России. Александр выбрал последнее, но только не Крым, как сначала полагали, а Таганрог, город на берегу Азовского моря, основанный Петром I более двухсот лет назад.
Уединённое положение Таганрога, удалённое от сообщения со столицей, небольшая численность населения, состоящего преимущественно из греков, отсутствие должного помещения для императорской четы — всё это вызвало удивление многих, в том числе и матери императора, которая конечно же предпочитала Крым: великолепные дома со всеми удобствами для жизни, мягкая зима и роскошная растительность. Но Елизавета Алексеевна объявила, что хочет поехать в Таганрог.