Вновь ему пришлось посетить восточную Балтику в сентябре. На сей раз предусматривалась комбинированная операция в духе действий немцев против своих бывших союзников. Пользуясь расстроенным состоянием дел капитулировавших итальянцев, германские силы захватили в 1943 году ряд островов в Эгейском море, создав на них сильный укрепрайон и значительно осложнив жизнь союзникам. Теперь настала очередь финнов. После их выхода из войны в начале сентября 1944 года Гитлер отдал приказ занять остров Гогланд — ключевую позицию в Финском заливе, «сменив» финский гарнизон. «Ойген» огнем своих 203-мм орудий должен был в случае необходимости поддержать высадку.
Вечером 12 сентября 2-я боевая группа в составе «Ойгена» (под флагом вице-адмирала Тиле), «Лютцова» и 6-й флотилии эсминцев вышла в море в сопровождении 4 миноносцев. Осторожный адмирал приказал не пересекать 22-й меридиан, оставаясь к западу от него. Это означало, что отряд останется в 200 милях от места действия и не сможет быстро среагировать в случае необходимости. Обеспечение действий осуществлял танкер "Лиза Эссбергер", обосновавшийся между островами Эзель и Даго. Вторжение намечалось на раннее утро 15 сентября, и 14-го отряд Тиле начал выдвижение в Финский залив. Однако с суши поступали неутешительные сообщения: финны оказали серьезное сопротивление, а десант попал под непрерывные атаки советской авиации. Она обнаружила также и отряд «Ойгена», и в ожидании нападения крейсер взял курс на Моонзунд, отправив миноносцы к северу от островов. Весь день 16 сентября «Принц» простоял на якоре в заливе Тагалахт, тогда как искавшие его самолеты обрушили удары на бывший эскорт. На следующий день он отправился обратно в Готенхафен, как обычно избежав неприятностей и еще раз подтвердив репутацию счастливого корабля, но и сам не нанес противнику никакого ущерба.
Но уже 21 сентября ему снова пришлось выйти к финским берегам. Ставки в этот раз повысились: необходимо было прикрыть вывод немецких войск из Финляндии, отошедших к Кеми и погруженных там на транспорты. Задача тяжелых кораблей 2-й боевой группы состояла в борьбе с береговыми батареями на Аландских островах — в том случае, если они начнут стрельбу по отходящим судам. Силы Тиле включали «Ойген», "Лютцов", 4 эсминца и 3 миноносца. Утром 23-го они уже вышли в заданную точку, однако вмешательство не понадобилось: все суда и военные корабли из Кеми благополучно миновали финские батареи уже к 10 утра. Боевая группа вернулась в Готенхафен 25 сентября, вновь не сделав ни единого выстрела из тяжелых орудий.
Зато в следующем походе артиллеристам «Ойгена» пришлось потрудиться. Наступающие советские войска достигли Мемеля (Клайпеды), и 2-я боевая группа в полном составе подошла 11 октября к побережью, открыв огонь по наземным целям. С берега ответили полевые батареи, не добившиеся успеха, а с воздуха атаковала авиация. В результате обстрела из бортового оружия крейсер получил легкие повреждения, а персонал зениток понес небольшие потери. За этот и следующий день «Принц» выпустил 633 тяжелых снаряда, получил благодарность от командования дивизии "Великая Германия", но реальный эффект его огня остался неизвестным.
Заправившись и пополнив боезапас, «Ойген» через день вновь стрелял по берегу, выпустив еще 246 203-мм снарядов. Снова он испытывал затруднения с корректировкой, но тем не менее, на следующее утро крейсер вновь находился у берега (на ночь он отходил в открытое море). К нему присоединился «Лютцов». Расход 8-дюймовых снарядов достиг 368 штук; всего было обстреляно 18 целей. Долго не выпускавший ни одного снаряда корабль менее чем за неделю лишился свыше половины всех отпущенных для него снарядов, израсходовав 1196 штук. Пришлось срочно организовать доставку боезапаса из баз западной Германии и даже из Норвегии.
При возвращении домой ночью 15 октября шедший большим ходом в густом тумане «Принц» нашел неожиданную жертву. Легкий крейсер «Лейпциг», только что выпущенный из дока и шедший в Скагеррак для постановки мин против ожидавшегося немцами вторжения союзников через датские проливы, оказался прямо перед носом «Ойгена». Причем в совершенно беспомощном состоянии, поскольку как раз в это время на нем осуществлялась непростая процедура подсоединения главных турбин через редуктор. Как обычно в таких случаях, приказ: "Полный назад!" оказался запоздалым, и «Лейпциг» получил удар форштевнем тяжелого крейсера почти под прямым углом в самую середину корпуса, между мостиком и трубой. Повреждения "Принца Ойгена" оказались на удивление легкими. Правда, не нулевыми: форштевень на всем протяжении от 3 м ниже верхней палубы до киля был смят, форпик до броневой палубы залила вода. Плюс к тому, прибывшие буксиры долго не могли расцепить оба корабля. В конце концов пришлось удерживать «Лейпциг» всеми имеющимися буксирами, тогда как «Ойген» дал полный задний ход и освободил-таки свой нос. «Операция» заняла полдня, но тяжелый крейсер смог без всяких затруднений достичь Готенхафена — в отличие от «Лейпцига», которому понадобилась серьезная помощь.
Необходимый ремонт оценивался сроком в месяц. На борту «Принца» 17 октября собралось много берегового начальства, соображавшего, как поскорее ввести в строй нужный на Востоке корабль. Профессор Буркхардт, автор проекта крейсеров типа «Хиппер», возглавил работы и добился, чтобы срок ремонта был сокращен почти вдвое. 7 ноября крейсер покинул док "Дойче Верке" в Готенхафене, а 19-го уже вышел в море в сопровождении миноносцев Т-13, Т-15, Т-19 и Т-21 для обстрела мыса Сворбе. На следующее утро на Балтике разыгрался настоящий шторм; видимость не превышала 20 кбт при сильном волнении. Только во второй половине суток начался обстрел, в ходе которого «Ойген» сделал 255 выстрелов из орудий главного калибра. На следующий день огонь возобновился. Всего за 20–21 октября было израсходовано 514 203-мм и около 200 105-мм снарядов. Боезапас подходил к концу, и «Принц» отправился в Готенхафен, а его сменил "Адмирал Шеер".
В результате столь интенсивных "артиллерийских упражнений" стволы 203-мм орудий оказались сильно расстреляными, и в начале декабря тяжелый крейсер вновь отправился на завод для замены лейнеров. Казалось, представился удобный случай и для усиления его зенитного вооружения, однако работы велись медленно, как из-за постоянных авианалетов, так и вследствие недостатка рабочей силы. Только в конце января 1945 года «Принц» вновь приобрел достаточную для выхода в море боеспособность. Теперь его задачи, как и задачи всего 2-го боевого соединения, оказались совсем простыми: прикрыть линии массового отхода всевозможных судов из отрезанной советскими войсками Восточной Пруссии и по возможности — поддержать свои сухопутные войска.
В полночь на 29 января 1945 года отряд вице-адмирала Тиле, «усохший» до «Ойгена», одного эсминца — Z-25 и одного миноносца — Т-33, покинул Готенхафен. О дальних походах уже не было никакой речи; уже спустя 8,5 часов он находился на исходной позиции. 203-мм орудия тяжелого крейсера открыли огонь — впервые по территории Германии в районе Данцига. В течение последующих 10 часов он и другие корабли 2-й боевой группы вели стрельбу по различным целям в соответствии с заявками войск.
На ночь они отошли к полуострову Хела, а с 8.00 30 января вновь продолжили обстрел, прервать который пришлось около полудня в связи с плохой видимостью. За два дня «Ойген» выпустил 850 снарядов главного калибра. На третий день огонь корректировал корабельный «Арадо». Последний день января стал последним днем операции для «Принца». Он израсходовал большую часть своего боезапаса, пополнять который становилось все труднее и труднее, поскольку производство восьмидюймовых снарядов прекратилось еще в 1942 году. Только в марте он снова открыл огонь по своей территории. Советская Армия подошла уже близко к Готенхафену, и крейсеру пришлось обстреливать предместья своей базы, а также окрестности Данцига. Германский укрепрайон был обречен: 30 марта «Ойген» прикрывал отход последних судов с эвакуирующимися из Оксхёфта. Условия становились все более неблагоприятными: советская авиация практически каждый день, а иногда и по несколько раз на дню атаковала немецкие корабли. Хотя прямых попаданий бомб в тяжелые корабли не было, прислуга легких зениток несла потери от пушечно-пулеметного обстрела. 1 апреля «Ойген» получил несколько самолетных НУРСов, потеряв 9 человек убитыми. К вечеру 4 апреля количество израсходованных снарядов главного калибра всего за месяц достигло 4871, и оставалось их не более 40. 105-мм зенитки также выпустили по берегу свыше 2,5 тысяч снарядов. Карьера самой большой «канонерки» Балтики подошла к концу. Двигаясь небольшими переходами, «Принц» достиг 20 апреля Копенгагена вместе с «Нюрнбергом». Они оставались теперь самыми крупными из боеспособных германских кораблей.