По проекту полный боезапас всех 12 орудий по штатам состоял из 6420 снарядов (в т. ч. 240 трассирующих), по 535 на ствол. Однако реально на борт грузилось разное число, в зависимости от конкретных задач: например, в конце карьеры „Хиппер“ принимал 7360 штук, свыше 600 на ствол. В их число входило 3500 фугасов с головным взрывателем (против морских целей), столько же с дистанционной трубкой (для ПВО) и 160 трассирующих. В ранних походах он ограничивался 4800 (по 400 на ствол), что можно считать нормальным боезапасом.
Система наведения зенитной артиллерии, как и в случае главного калибра, являлась весьма развитой и сложной. Она включала 4 дальномерных поста и 2 главных поста управления огнем с 4 компьютерами, разделенных на две полностью дублирующих друг друга группы — носовую и кормовую. Все четыре КДП оборудовались своей индивидуальной системой стабилизации в трех плоскостях. В них помещались 4-метровые стереоскопические дальномеры и приборы для передачи данных к орудиям. В результате посты представляли собой внушительные сооружения, сравнимые по размерами с КДП главного калибра, прикрытые характерными круглыми куполами. Главные посты целеуказания помещались на топе фок-мачты, рядом с директором ГК и также полностью стабилизировались. Поскольку все „хозяйство“ предназначалось для наведения всего шести установок (по 3 с каждого борта), применялась сложная система переключателей, позволявшая включать и исключать отдельные компоненты практически в любом порядке. Так, например, из каждого КДП можно было дистанционно управлять всеми установками „своего“ борта плюс двумя ближайшими с другого. Конечно, это обеспечивало исключительную гибкость в использовании ресурсов, не достигнутую ни в одном флоте мира даже на современных линкорах, но могло привести к нежелательным сбоям при внезапном выходе из строя тех или иных элементов. Непросто было и синхронизировать переключение управления при „передаче“ воздушных целей от одной группы ПУАЗО к другой. Поэтому на практике обычно использовались далеко не все компоненты столь уникальной системы.
Управление стрельбой тяжелых зениток вел 2-й артиллерийский офицер.
Малокалиберная зенитная артиллерия состояла из 37-мм и 20-мм автоматов, оказавшихся не самыми удачными. 37-мм полуавтоматические пушки модели SKC/30 размешались в спаренных стабилизированных установках. Наличие гиростабилизации и ручное управление являлись существенными преимуществами этого изделия фирмы „Рейнметалл“. По огневой мощи установка уступала счетверенным британским „пом-помам“ и общим для союзников „бофорсам“, хотя значительно превышала первый из них по точности огня из-за более высоких баллистических данных. (Начальная скорость снаряда составляла почти 1000 м/с, но снаряд весил только 742 г против 955 г у 40-миллиметровок). Однако попытки опередить свое время, полностью стабилизировав легкую зенитную установку, не вполне удались:
с одной стороны, маломощные гироскопы не позволяли скомпенсировать быстрые „рывки“ корабля при резком изменении курса, а с другой — подвергались сильному воздействию холода и конденсирующегося водяного пара, что приводило к замыканию цепей и отказу автоматики. (Более или менее удачно решить задачу удалось только после войны, создав полностью закрытые установки зенитных автоматов.) Однако вся эта механика „кушала“ немало места и нагрузки — каждая установка весила свыше 2 т (87 кг приходилось на прицельные устройства). При ручном управлении скорости наведения спаренной зенитки являлись явно недостаточнными: 3 градуса в секунду в горизонтальной плоскости и 4 в вертикальной.
Но если 37-мм установка, несмотря на описанные недостатки, представляла собой вполне соответствующее своему времени и достаточно грозное оружие, то с 20-мм автоматом немцы вначале просчитались. В то время как союзники приняли на вооружение исключительно легкое, простое и надежное орудие швейцарской фирмы „Эрликон“, в Германии предпочли родной концерн „Рейнметалл“, 20-мм автомат которого давал вдвое меньше выстрелов в минуту (теоретически — около 280, практически, с учетом смены магазинов на 20 патронов — 120) и требовал расчета в 5 человек вместо двух. Впоследствии на модифицированном орудии образца 1938 года С/38 техническую скорострельность довели до примерно такого же значения, как у „Эрликона“ (480 выстр./мин), в основном за счет использования элементов конструкции знаменитого швейцарского орудия.