Не обошлось и без аварий и дефектов. В башне «А» в результате перегорания предохранителей вышел из строя привод подачи, но стрельба продолжалась "без ущерба для скорострельности" при ручной подаче. В башне «В» лоток для заряжания не опускался в нижнее положение, и снаряды приходилось подавать с помощью талей, однако неисправность быстро устранили, также "без ущерба для скорострельности". В башне «С» сломался гидравлический прибойник, и досылка осуществлялась вручную. Орудия соединили так, чтобы они наводились вместе, как в единой люльке, и несколько «запланированных» выстрелов пришлось пропустить.
Несколько аварий, в основном в линии подачи, связанных с перегрузкой электромоторов и выгоранием предохранителей, имело место и в установках 105-мм зениток. В результате установка 1 по правому борту вышла из строя примерно на 10 минут, а установка 2 того же борта — до конца атаки. Механизмы установки 1 левого борта выходили из строя при каждом залпе башни «В», направленном в корму на углах, близких к предельным. От действия орудийных газов вообще заметно страдали все 105-миллиметровки левого борта. Установки № 3 обоих бортов так же на короткое время прекращали стрельбу из-за короткого замыкания в цепи электромоторов подачи. В результате всех аварий правая спарка № 3 смогла выпустить всего 10 снарядов, а левая — 78, при том, что среднее значение на установку приближалось к 170 выстрелам.
После своего главного за всю карьеру успеха «Хиппер» взял курс на Брест, куда благополучно прибыл 14 февраля, избегнув на свое счастье обнаружения и возможных атак, поскольку к моменту входа в порт у него оставалось всего около 250 т топлива. Майзель получил за успех Рыцарский крест, награждены были и многие офицеры и моряки. Удачный поход омрачался печальными выводами относительно недостаточной дальности крейсера. Он дозаправлялся 7 раз и затратил на 1300-мильном отрезке 40 % всего запаса топлива при среднем ходе (от 15 до 27 узлов). Хотя вооружение действовало относительно исправно, расход боезапаса оказался большим (247 восьмидюймовых и 760 105-мм снарядов плюс 12 торпед на семь потопленных судов). Крейсер оказался бы в тяжелом положении в случае боя с эсминцами противника, оставшись без фугасных снарядов с головным взрывателем. Приняв во внимание все эти факторы, командование Кригсмарине решило сделать паузу в его применении в качестве рейдера.
Крейсеру предстояло перейти в Германию, поскольку верфи Бреста не могли осуществить его модернизацию. Большие доки сохранялись для «Шарнхорста» и «Гнейзенау», на долю же «Хиппера» остался малый сухой док в торговой гавани, при заходе в который крейсер повредил правый винт об одно из французских грузовых судов, щедро затопленных на акватории порта. Теперь приходилось ждать замены из Германии, отправленной по железной дороге. Между тем, французский порт находился в зоне действия британской авиации. В атаке 24 февраля только чудо позволило «Хипперу» избежать бомбовых попаданий. Поэтому 15 марта он покинул негостеприимную базу в сопровождении эсминца "Рихард Байтцен" и вышел в Германию практически тем же путем, которым он в свое время пришел в Брест. После приема 2130 кубометров топлива с танкера «Торн» в точке к югу от Гренландии и тяжелого перехода через Датский пролив, германский корабль прибыл в Берген и, пополнив там запас топлива еще раз, без дополнительных проблем 28 марта вернулся в Киль.
Вновь на Севере
Первым делом крейсер отправился на верфь "Дойче Верке", где работы по модернизации продолжались до конца октября (в частности, была увеличена емкость топливных отсеков за счет переконструирования двойного дна). После ремонта осадка корабля увеличилась на 0,3 м. Затем начались обычные послеремонтные испытания, затянувшиеся еще на два месяца. Во время них определили скорость на мерной миле: она равнялась 32 узлам в идеальных условиях (на большой глубине и в тихую погоду) при половинном запасе топлива. Уже в новом, 1942 году, корабль вновь отправили на завод, на сей раз фирмы "Блом унд Фосс, где за 3 недели на нем установили новое размагничивающее устройство и перекрасили корпус и надстройки по камуфляжной схеме. На этом ремонтная чехарда не закончилась: практически не выходя из Киля, крейсер повредил во льдах винты и помял корпус, после чего очередной визит в док оказался неизбежным. В промежутке (в конце января) крейсер провел учения по проведению и отражению торпедных атак. 2 марта все работы окончательно завершились, и он стал у бочки в Брунс-бюттеле. А в середине марта судьба его окончательно решилась — вновь в Норвегию, для действий против союзных конвоев.