Реально британские потери были втрое меньше: на базу не вернулись только 3 «Бофорта», да один «Бофайтер» вынужден был сесть на воду. Но главное — крейсер в очередной раз избежал смертельной опасности. Последовавшая вскоре атака бомбардировщиков «Хадсон» представляла гораздо меньшую угрозу. Бомбы легли далеко от цели, а англичане потеряли еще один самолет. В общем, атака полностью сорвалась, несмотря на то, что для ее проведения выделялись значительные силы. Координированный удар горизонтальных бомбардировщиков и торпедоносцев не получился, и все потери авиации Великобритании оказались бесполезными.
Дальнейший переход «Ойгена» в Германию прошел без помех. Вечером 18 мая крейсер прибыл в Киль, а на следующий день формально был включен в состав учебной эскадры. На деле на корабле начался основательный ремонт: с него сгрузили на берег боезапас и при помощи мощного плавучего крана сняли 105-мм зенитные установки, после чего перевели в сухой док компании "Дойче Верке". За трехмесячный ремонт «Принц» сменил командира: место повышенного в чине Бринкманна занял капитан цур зее Ганс-Эрих Фосс. В августе крейсер вывели из дока, но только для того, чтобы сменить завод — его отправили для дальнейшего переоборудования на верфь «Германия». Спустя еще 2 месяца он вернулся на завод "Дойче Верке" для завершения работ. Для восстановления корабля была использована значительная часть оборудования, снятого с однотипного «Зейдлица», находящегося на вялотекущем переоборудовании в авианосец. Недостаток рабочих и постоянные авианалеты значительно замедляли процесс вступления в строй. Хотя в «Ойген» не попала ни одна бомба, его экипаж понес значительные потери, когда один из катеров крейсера был протаранен патрульным кораблем в гавани Киля. Холодная октябрьская вода унесла жизни 33 моряков. Только 20 октября вновь началась погрузка боезапаса, а неделю спустя полугодичный ремонт завершился. Предполагалось, что он немедленно проследует в Норвегию вместе с линкором «Шарнхорст», также отремонтированным и готовым к службе. Монотонность ремонта и портовой службы нарушила лишь проведенная 21 ноября церемония, в ходе которой с большой помпой на борт был водружен корабельный колокол, стоявший в годы 1-й мировой войны на австро-венгерском дредноуте «Тегетгофф», однотипном с давшим имя крейсеру "Принцем Ойгеном". Его доставил из Италии контр-адмирал де Анджелис; также в церемонии участвовал контр-адмирал в отставке граф Фирмиан — последний командир австро-венгерского дредноута "Принц Ойген".
9 января 1943 года началась операция «Фронтхитер»: оба тяжелых корабля с эскортом из 3 эсминцев и большого числа мелких боевых судов двинулись в путь из Готенхафена; командующий отрядом, контр-адмирал Шнивинд, находился на борту «Ойгена». Однако в это время спокойствия немцам не было даже в своих водах. Уже при проходе датскими проливами воздушная разведка англичан обнаружила отряд, несмотря на наличие воздушного прикрытия. Служба радиоперехвата расшифровала сообщение разведчика, и контр-адмирал Шнивинд приказал «Ойгену» вернуться в Готенхафен. Командир крейсера счел распоряжение неверным, но подчинился приказу, и 12 января его корабль вернулся в порт. Спустя несколько дней командование группы «Север» вновь попыталось усилить свой корабельный состав в ходе операции «Домино»: 23 января линкор и крейсер опять вышли в море в сопровождении 2 эсминцев, но только для того, чтобы вернуться из почти той же точки, что двумя неделями раньше. 27 января тяжелый крейсер вернулся в Готенхафен.