По трагической иронии судьбы, землетрясение произошло в католический День Всех Святых. По свидетельству очевидцев, длилось оно максимум 6 мин. Но за это время в центре Лиссабона успели прорезаться трещины шириной 5 м. Люди побежали к морю и увидели, что вода отхлынула, обнажив дно с обломками кораблей и грузов. Вода собралась в цунами высотой до 20 м и, как будто пытаясь прихлопнуть горожан огромной ладонью, опустилась на гавань, хлынув в центр города. В новой городской набережной образовался провал, куда угодил сбежавшийся народ. В тех районах, которые пощадила вода, вспыхнули пожары, бушевавшие 5 дней.
Склады с хлебом, находившиеся в столице Португалии и предназначенные для населения обширной территории радиусом 80 км, были уничтожены огнем. Развалины города захлестнула еще одна волна, теперь уже грабежей. Пришлось премьер-министру прибегнуть к чрезвычайным мерам и вздернуть на виселицах, расставленных по городу, не менее 200 мародеров. Пыл остальных несколько поубавился.
От подземных толчков пострадал не только Лиссабон. Разрушения отмечались на всем южном побережье страны. Волны распространились по воде до берегов Северной Африки, Финляндии, островов близ Центральной Америки. Много жертв и разрушений насчитывалось в странах Средиземноморья — Марокко, Испании.
С этим землетрясением связаны первые задокументированные описания странного поведения животных перед катастрофой. Они предчувствовали опасность и пытались забраться повыше, не дожидаясь потопа.
К счастью для португальской монархии, трагедия не затронула королевскую семью, поскольку она отсутствовала в городе — король Жузе I вместе с семьей и двором отправился в праздничный день на утреннюю мессу за город. Поэтому руководство страны не пострадало и она не оказалась обезглавленной перед лицом бедствия. Король и премьер-министр Себаштиау ди Мелу развернули бурную деятельность. Восстановительные работы начались без промедления с приказа направить в пострадавший город отряды пожарных для борьбы с огнем и санитаров, которые должны были позаботиться о тысячах трупов, устилавших улицы. Благодаря своевременно принятым мерам удалось предотвратить эпидемии.
Ф.-М.-А. Вольтер в поэме «На разрушение Лиссабона» от 1756 г. восклицал: «Несчастливый народ! Плачевная страна, где всех ужасных язв жестокость собрана!…Здесь гибнет Лиссабон…»
Не прошло и года, как Лиссабон очистился от руин и был реконструирован. По приглашению короля и премьер-министра в город со всей Европы прибывали архитекторы и инженеры, Жузе I хотел видеть обновленную столицу прекрасно обустроенной, с большими площадями и широкими прямолинейными улицами. Любопытно, но когда премьеру задали вопрос, зачем нужны такие широкие улицы, он ответил, что когда-нибудь они станут слишком узкими. Как в воду глядел… Ныне движение в этой части города только одностороннее.
В центре Лиссабона решили соорудить сейсмоустойчивые здания, ставшие первыми конструкциями подобного рода в мире. Сперва их сделали в виде небольших деревянных моделей и проверяли на устойчивость к колебаниям, пуская маршировать вокруг них солдат.
Если материальные следы землетрясения можно было ликвидировать, то в социальном плане его последствия оказались необратимыми. Ведь это была сто-лица истинно католической страны, поддерживавшей церковь и ее миссионерскую деятельность в колониях. Мало того, что катастрофа разразилась в католический праздник, так она еще и уничтожила важнейшие соборы, причем вместе с большим количеством прихожан. Набожные умы позднего Средневековья пребывали в растерянности, поскольку случившееся свидетельствовало о гневе Божьем, что для истинно верующих было непостижимо. Поэтому активизировалась инквизиция, прочесывая город и пытаясь определить еретиков, которые навлекли кару Господню.
Многие писатели того времени в своих произведениях не могли обойти вниманием землетрясение. В частности, можно вспомнить Вольтера, которого оно излечило от оправдания идеи справедливого управления Вселенной (оправдания власти), несмотря на наличие зла в мире. В конце концов многие вообще засомневались в существовании Бога, который допустил трагедию.
Более того, катастрофа привела к пересмотру взглядов на жизнь видными философами эпохи Просвещения. Например, пытаясь осмыслить яростную жестокость землетрясения и цунами, И. Кант разработал концепцию божественного вмешательства, хотя идея в общем виде существовала уже давно. Канта так сильно заинтересовал катаклизм, что он написал об этом целых 3 текста, собрав всю доступную информацию для создания теории о причинах стихийного бедствия. Философ пришел к выводу, что землетрясения случаются из-за обрушения огромных подземных пустот. Несмотря на наивность и ошибочность, теорию можно считать одной из первых в своем роде, поскольку она объясняла природу явления вполне естественными факторами. Труды мыслителя положили начало сейсмологии и, возможно, научной географии.