Тем не менее по-настоящему внимание ученых привлек характер изменчивости, точнее, существующие отклонения. Еще одна современная порода, волчья собака Сарлоса, отличалась от других и располагалась на отдельной ветви генеалогического древа собак. И это неудивительно, поскольку данная порода была создана в 1930-х годах путем скрещивания немецкой овчарки и волка, так что это настоящий гибрид. Однако в ДНК обнаружилось еще одно свидетельство глубокого раскола, приведшего к расхождению двух групп: собак из Восточной Азии и собак из Европы и с Ближнего Востока. Именно геном собаки из Ньюгрейнджа эпохи неолита наиболее полно совпадал с геномом собак с западной части Евразии. Но анализ митохондриальной ДНК позволил сделать еще одно открытие: «генетическая подпись» большинства древних европейских собак отличалась от современных. В связи с этим ученые-генетики высказали предположение, что древних собак Европы в основном заменила более поздняя волна пришельцев с востока.
Едва улеглись споры, вызванные последним исследованием, как появилось еще одно, на этот раз посвященное геному не одной, а целых двух древних собак эпохи неолита, останки которых были найдены в Германии. Возраст первой составлял 7000 лет (5000 год до н.э., начало эпохи неолита), а второй – около 4700 лет (2700 год до н.э., конец эпохи неолита). Геном более древней собаки был очень похож на геном ирландской особи из Ньюгрейнджа. Прослеживалась, однако, и совершенно определенная родственная связь с собакой неолита, жившей несколькими тысячелетиями позднее, и с современными собаками. Признаков значительного замещения популяции в данном случае замечено не было. Но у второй собаки из Германии обнаружился другой загадочный признак родства, указывавший на вероятное скрещивание с собаками, пришедшими в Европу с востока. Возможно, это отголоски миграции людей, направлявшихся из степей на запад, в Северное Причерноморье, в период распространения в Европе ямной культуры. Ямники были кочевниками-коневодами, хоронившими мертвецов в огромных земляных курганах с глиняными кубками и жертвенными животными. Вполне вероятно, что люди привели с собой собак, но этот новый вид, скорее всего, смешался с европейскими псовыми, а не вытеснил их полностью. Исчезновение линии митохондриальной ДНК (которая представляет лишь крошечную часть генетического профиля организма) собаки из Ньюгрейнджа еще не означает, что этот вид был замещен другим. Такие исчезновения, выпадение определенных линий, происходят постоянно.
Но вернемся в эпоху до существования собаки Ньюгрейнджа, к источнику одомашнивания: что означает это разделение на восточную и западную группы в родословной собак? Существуют два вероятных объяснения. Возможно, собаки появились в одном месте, затем распространились повсюду и популяции разделились, генетически отдаляясь, что привело к созданию глубокого раскола. Либо было два разных источника и современные собаки ведут свой род от двух генетически различающихся популяций волков, одна из которых обитала где-то в западной части Евразии, а вторая – где-то в восточной. Для ответа на этот вопрос необходимо установить, когда произошло разделение популяции, и, как следствие, когда началось одомашнивание. Определение нуклеотидной последовательности генома двух немецких собак эпохи неолита позволяет более точно установить время основных событий. Помимо уже известных данных, ученые обнаружили следующее: четкое расхождение (дивергенция) между собаками и волками оформилось 37 000-42 000 лет назад. В таком случае разделение популяций на западную и восточную имело место 18 000-24 000 лет назад, уже после одомашнивания. Получается, наиболее вероятна теория единого источника происхождения собак с последующим разделением на две популяции. Однако пока остается неясным, где именно был впервые приручен волк. Единственная возможность разрешить этот спорный вопрос – изучить ДНК более древних собак, тех, что жили непосредственно в ледниковый период. Тем не менее до сих пор вопрос остается открытым. Согласно результатам анализа древней митохондриальной ДНК и данным археологических находок, собаки, скорее всего, имеют европейское происхождение, но информация, полученная при изучении генома современных и ранних собак, указывает на очаг одомашнивания в Восточной Азии, где, по-видимому, собаки существовали дольше, чем в каком-либо другом месте.