Признав музыку как точную науку, Пифагор применил найденные им законы гармонических отношений ко всем феноменам природы, зайдя настолько далеко, что установил при этом гармонические отношения между Планетами, созвездиями и элементами. Интересным примером современного подтверждения древнего философского учения является прогрессия химических элементов согласно их гармоническим отношениям. Если упорядочить перечень химических элементов как ряд по восходящей в зависимости от атомных весов (что было сделано Д. И. Менделеевым, открывшим периодический закон химических элементов), то, по А. Ньюленду, каждый восьмой элемент заметно повторяет свойства. Это открытие в современной химии известно под именем «закона октавы».
Поскольку считалось, что гармония определяется не чувственным восприятием, но разумом и математикой, пифагорейцы себя называли Канониками, чтобы подчеркнуть свое отличие от гармонической школы, которая полагала истинными принципами гармонии вкус и интуицию. Осознавая, однако, глубочайшее воздействие музыки на чувства и эмоции, Пифагор не колебался относительно влияния музыки на ум и тело, называя это «музыкальной медициной».
Пифагор утверждал, что душа должна быть очищена от иррациональных влияний торжественным пением, которому следует аккомпанировать на лире. В своем исследовании терапевтического значения гармонии Пифагор открыл, что семь модусов, или ключей, греческой системы музыки имеют способность влиять на силу возбуждения различных эмоций.
Рассказывают о таком эпизоде: как-то наблюдая за звездами, Пифагор увидел молодого человека, который ломился в дом своей подруги и, будучи пьяным и сгорая от ревности, хотел поджечь дом. Ярость молодого человека подчеркивалась игрой флейтиста, который был неподалеку от этого места и играл возбуждающую фригийскую мелодию. Пифагор убедил музыканта изменить мелодию на медленную и ритмичную музыку, после чего опьяненный молодой человек собрал свой хворост и ретировался домой.
Известна также история о том, что Эмпедокл, ученик Пифагора, быстро изменив модус музыкальной композиции, спас жизнь своему хозяину Анхиту, когда тому угрожал мечом сын человека, приговоренного Анхитом к публичному наказанию. Известно также, что Эскулап, греческий врач, лечил радикулит и другие болезни нервов громкой игрой на трубе перед пациентом.
Пифагор лечил многие болезни духа, души и тела, играя составленные им специальные композиции или же читая в присутствии больного отрывки из Гомера и Гесиода. В своем университете в Кротоне Пифагор начинал и заканчивал день пением: утром для того, чтобы очистить ум ото сна и возбудить активность, подходящую дню, вечером пение должно было успокоить и настроить на отдых. В весеннее равноденствие Пифагор собирал своих учеников в круг, посреди которого стоял один из них, дирижируя хором и аккомпанируя на лире.
Терапевтическая музыка Пифагора описывалась Ямвлихом таким образом: «И некоторые мелодии были выдуманы для того, чтобы лечить пассивность души, чтобы не теряла она надежды и не оплакивала себя, и Пифагор показал в этом себя большим мастером. Другие же мелодии использовались им против ярости и гнева, против заблуждений души. А были еще и мелодии, которые умеряли желания».
Вероятно, пифагорейцы осознавали связь между семью греческими ладами и планетами. Так, например, Плиний говорил, что Сатурн движется в дорийском ладе, а Юпитер — во фригийском. Кажется, что и темпераменты тоже могут рассматриваться в свете различных модусов, то же относится и к страстям. Таким образом, гнев, который является огненной страстью, может быть усилен огненным модусом и нейтрализован водным модусом.
Далеко простирающимся воздействием музыки на греческую культуру интересовался Эмиль Науманн: «Платон ограничивал значение музыки, полагая ее предназначенной только лишь для того, чтобы создавать бодрые мелодии, внушать любовь ко всему благородному и ненавидеть все плохое. Он полагал, что на внутренние чувства людей больше всего влияют мелодия и ритм. Будучи твердо убежденным в этом, он соглашался с Дамоном из Афин, музыкальным учителем Сократа, что введение новой возбуждающей шкалы может представить угрозу для целой нации и что невозможно изменить ключ без потрясения основ государства. Платон считал, что музыка, которая облагораживает ум, гораздо более высокого порядка, нежели музыка, апеллирующая к чувствам, и он упорно настаивал на том, что долг государственных мужей — запретить всякую изнеженную и похотливую музыку и дозволять только чистую и благородную и что бодрые и живые мелодии подходят для мужчин, а мягкие и плавные — для женщин. Из этого видно, что музыка играла значительную роль в воспитании греческой молодежи. Величайшая осмотрительность должна была быть в выборе инструментальной музыки, потому что отсутствие слов делало ее смысл сомнительным, и заранее трудно было предвидеть, произведет ли она на людей благодетельное или губительное действие. Народный вкус, всегда замешан на чувственных и распутных мелодиях, должен рассматриваться с величайшим презрением».