По распоряжению преемника Кеннеди, Линдона Джонсона, была создана специальная комиссия по расследованию обстоятельств убийства Президента во главе с председателем Верховного суда Уорреном. В нее вошли члены обеих палат Конгресса, директор Центрального разведывательного управления и другие авторитетные лица. Комиссия, работавшая всю первую половину 1964 г., опросила 489 свидетелей. Результаты ее деятельности были отражены в 800-страничном отчете и опубликованных тогда же 26 томах протоколов допросов свидетелей.
Тем не менее эти результаты были встречены в штыки массой критиков, указавших на многочисленные промахи, на явное стремление комиссии не обращать внимание на важные показания очевидцев, даже тех, которые отражены в собственных ее материалах, если они не согласовывались с предвзятым выводом об убийце-одиночке. В работах комиссии явно прослеживалось стремление закончить работу к лету 1964 г., когда начала набирать обороты кампания по выборам Президента. (Кандидатом от демократической партии стал Линдон Джонсон.) Но критики шли дальше, задавая вопрос, не скрывалось ли за ошибками и упущениями следователей, за игнорированием важных улик и односторонними выводами в итоговом отчете комиссии желание вывести из-под удара действительных организаторов покушения. Не эту ли цель сознательно или неосознанно преследовала комиссия, выдвинувшая версию об убийце-одиночке, что Освальд выстрелил из купленной незадолго до 22 ноября винтовки с оптическим прицелом три раза (на перезарядку винтовки у него уже не могло хватить времени для продолжения стрельбы по быстро удалявшейся машине). Ради обоснования этого утверждения были отвергнуты свидетельства очевидцев, слышавших выстрелы не только сзади — со склада, но и впереди президентского лимузина. Чтобы отстоять свою версию, комиссия Уоррена выдвинула теорию «чудо-пули». Было решено, что свидетели ошибочно посчитали эхо от первых трех выстрелов за продолжение обстрела машины Кеннеди. Первая пуля пролетела мимо президентского лимузина, вторая поразила Президента, третья попала снова в уже смертельно раненого Кеннеди, потом ударила в спину сидевшего спереди Коннели и через грудь пробила ему запястье правой руки, повредило бедро, и именно ее нашли на носилках в госпитале, куда доставили жертвы покушения. Отказаться от теории «чуда-пули» — значило признать наличие более чем трех выстрелов и, следовательно, более чем одного стрелявшего.
В 1966 г. нью-йоркский адвокат Марк Лейн выпустил большую работу «Поспешное осуждение» с критикой выводов комиссии Уоррена. Ее общий тираж в разных изданиях превысил миллион экземпляров. Е. Д. Эпштейн в книге «Дознание. Комиссия Уоррена и установление истины» (Нью-Йорк, 1966) приводил высказывания проинтервьюированных им членов комиссии Уоррена, доказывающие, что и они сомневались в правильности своих заключений. Вывод гласил, что комиссия искала «политическую», удобную для власть имущих, а не фактическую истину. Возможные ошибки свидетелей, узнававших подозреваемого убийцу одновременно в разных городах, были превращены в теорию существования двойника в книге профессора Ричарда Попкина «Второй Освальд» (Нью-Йорк, 1967). Большинство из первой волны критиков пыталось опровергнуть выводы комиссии Уоррена, не выдвигая собственных версий убийства. Хотя раздавались голоса, объявлявшие, что за спиной убийц стоял сам Президент Линдон Джонсон (ведь он более всех выиграл от смерти Кеннеди, которая позволила ему стать хозяином Белого дома) или названные буквально наугад «магнаты Уолл-Стрита». «Критическая» литература быстро превратилась в доходную отрасль книжной и журнальной индустрии. А последующие события, случившиеся во время президентства Линдона Джонсона и Ричарда Никсона, усилили недоверие к официальным версиям события как скрывавшим важные секреты и ставившим целью спасти от заслуженной кары высокопоставленных лиц.
Первые версии образовывались на основании ответа на вопрос, кто являлся убийцей. Критики утверждали, что Освальд, против которого имелись лишь косвенные улики, стал козлом отпущения, потому что он очень подходил к роли подставной фигуры, призванной скрыть действительных убийц и их вдохновителей (как он сам твердил после ареста). Морской пехотинец Освальд, по свидетельству почти всех опрошенных знавших его военных, был никудышным стрелком. Его сослуживец солдат морской пехоты Шерман Кули заявил в 1977 г.: «Если бы я должен был избрать человека, который бы стрелял в меня, я выбрал бы Освальда. Я видел, как он стреляет, и никаким образом он не мог выучиться стрелять настолько хорошо, чтобы проделать то, в чем его обвиняют». Даже комиссия Уоррена констатировала, что три попадания за 5,5 секунд требовали интенсивной подготовки. Где успел Освальд так натренироваться незаметно для окружающих?