Те же Джонсон и Гувер фигурировали в качестве обвиняемых в утверждениях сторонников теории всемирного масонского заговора, желающих связать его с убийством Кеннеди. «Доказательствами» было, что Джонсон в 1937 г. вступил в ложу в Техасе, хотя дальше первой ступени не продвинулся, а Гувер стал членом ложи в Вашингтоне еще в 1920 г. Председатель комиссии, расследовавшей убийство, Эрл Уоррен и члены комиссии Джеральд Форд и Ричард Рассел были масонами различных степеней. (Напомним, что в американских ложах числятся миллионы людей.) Целями убийства могла быть передача власти Джонсону, сохранение Гувера на посту главы ФБР, ликвидация попыток Кеннеди ослабить роль ЦРУ, отказ от наметившейся более мягкой позиции США в отношении СССР, замедление движения за гражданские права. Кроме того, масоны были особо враждебны Кеннеди как католику.
Тем временем число якобы убитых свидетелей стало снова возрастать. Например, нью-йоркский адвокат, друг семейства Кеннеди Э. Ловештейн, начавший собирать доказательства наличия на месте преступления второго стрелка, был убит в своей конторе. Некая Женив Байт, одно время работавшая на Руби, и ее сын Рикки Уайт заявили, что вторым стрелком был их покойный муж и отец, далласский полицейский Роско Уайт. Рикки уверял, что обнаружил дневник отца, где описана его роль в убийстве. Но этот дневник исчез. Другие же документы, якобы свидетельствовавшие, что Роско Уайт являлся одним их убийц, были разоблачены как подделки. Эту историю пытались, правда, без особого успеха, продать за крупную сумму различным журналам, а также и режиссеру Оливеру Стоуну, делавшему фильм об убийстве в Далласе, но тот, в конце концов, предпочел использовать материалы Гаррисона. Рассказы миссис Уайт, что в деле участвовали и прилетевшие на летающей тарелке инопланетяне, сильно поколебали доверие к ее показаниям. Но когда она умерла от рака горла, ее, конечно, включили в число «устраненных» опасных свидетелей.
Не пренебрегали выяснением роли инопланетян и другие «теоретики». М. У. Купер, проводя одновременно исследование сведений о «летающих тарелках» и событий в Далласе, считал, что водитель президентского лимузина Уильям Гиви повернулся и выстрелил Кеннеди в голову. Почему это не отразил фильм Запрудера, зафиксировавший сцену убийства, предоставлялось догадываться самим читателям и присутствовавшим на лекциях Купера. Сам же лектор уверял, что почерпнул свою теорию из просмотра этой ленты, на которой ничего подобного нельзя обнаружить. Говард Донахью из Балтимора доказывал, что Кеннеди был «случайно» застрелен агентами его охраны, которые находились в автомобиле, следующем за лимузином Президента. Почему фотографии не показывают винтовок или револьверов у пассажиров машины, отчего «случайно» стреляли несколько раз и кто при этом позаботился о подбрасывании винтовки на шестой этаж школьного коллектора, разумеется, не разъяснялось. Число вариантов истории убийства и стоявших за ним дельцов, желавших погреть руки на сенсации, все возрастало. Существовал, например, рассказ, что Кеннеди убили три киллера-корсиканца, потом было доказано: они 22 ноября 1963 г. сидели во французской тюрьме.
С конца 80-х и в первую половину 90-х годов наблюдался новый всплеск общественного интереса и новых работ, разрабатывавших версию «большого заговора». Главным подозреваемым оставалось ЦРУ в работах Э. Соммерса «Анатомия заговора» (Нью-Йорк, 1989); Р. Гродена, Г. Ливингстона «Государственная измена: убийство президента Д. Кеннеди и новые доказательства заговора» (Нью-Йорк, 1990); Г. Ливингстона «Государственная измена-2. Великое укрывательство. Убийство президента Джона Ф. Кеннеди и новые свидетельства о заговоре» (Нью-Йорк. 1992) и др. С ними соперничали опусы о заговоре мафии: Д. Девис «Мафиозный хвастун: Карлос Марчелло и убийство Джона Ф. Кеннеди» (Нью-Йорк, 1989); Д. Чейм «Контракт об Америке. Мафиозные убийцы Джона и Роберта Кеннеди» (Нью-Йорк, 1988) и пр.
Расширялся круг большей частью мнимых свидетелей. М. Лейн, выпустивший в 1967 г. первую обоснованную критику работы комиссии Уоррена, в 1991 г. издал «Правдоподобное отрицание: было ли ЦРУ замешано в убийстве Кеннеди» (Нью-Йорк, 1991). Новая книга Лейна написана во многом на основе показаний некоей Мариты Лоренц, уверявшей, будто она была любовницей Ф. Кастро, и рассказывающей фантастические истории о Джеке Руби и других подозреваемых в заговоре. Делец, занимавшийся «отмыванием» денег мафии, Мейр Лански уверял, что он, переодетый бродягой, был на месте убийства и предъявил полицейскому фальшивое удостоверение агента секретной службы. Техасский уголовник Чарльз Хэррелсон заявил, что он был одним из стрелков.