Желая подкрепить новую хронологию, Фоменко и его соратники ставят под сомнение точность или даже вообще пригодность датировки исторических данных с помощью методов, до сих пор применявшихся в науке. Методы археологии, нумизматики, палеографии нередко, по его убеждению, чреваты грубейшими ошибками при определении возраста рукописных и других источников.
Отказ Фоменко от совершенно лишенной какого-либо правдоподобия идеи, будто все античные литературные и научные труды — подлоги эпохи Возрождения, не избавляла современных морозовианцев от необходимости ответить, как все же возникла эта система головокружительных хронологических сдвигов, о которых не сохранилось ни одного свидетельства в исторических источниках. Сдвиги в хронологии могли возникнуть, по мнению морозовианцев, в результате ошибочного истолкования средневековыми переписчиками при копировании рукописей встречавшихся в них сокращений. В записи «XIII» первоначально под «X» подразумевалась первая буква в имени «Христос» и подразумевалось, что описываемые события произошли через триста лет после него. Позднее, когда уже было утеряно правильное понимание сокращения, букву «X» стали читать как цифру «10» и датировать рассказываемые в хронике события не III, а XIII веком. Получался сдвиг в тысячу лет. Новый хронист или кто-то из его преемников мог спутать Рим и новый Рим — Константинополь, тем самым перенеся место действия из одного из этих городов в другой. Его дело продолжали более поздние хронисты, добавившие к прежним ошибкам новые и усугубившие старые. Так возникло несколько хроник, происходивших от первоначальной рукописи. При склеивании последовательно одной за другой в единый ряд они и образовали ту хронологическую сетку всемирной истории, которая нам знакома со школьных лет.
Произошло это уже в XVI–XVII веках в трудах Скалигера, Петавиуса и их учеников.
Сторонники новой хронологии не устают напоминать читателям, что большинство античных рукописей и других документов дошло до нас только в средневековых копиях. Когда же им приводят исключения из этого правила — античные копии, следуют ссылки на то, что даты, упоминавшиеся в этих источниках, приведены в старом летоисчислении, что при переводе их на новое летоисчисление оказывается, что на деле они относятся к эпохе Возрождения.
В качестве иллюстрации своей концепции А.Т. Фоменко более подробно разрабатывает сравнение между Троянской войной 1225 г. до н. э. и теми войнами, отражением которых она, по его мнению, является. Герои «Илиады» и «Одиссеи» Гомера — боги и герои, греки и троянцы. Афина Паллада, Ахиллес, Агамемнон, похищение прекрасной Елены Парисом, ставшее причиной войны, даже знаменитый троянский конь, с помощью которого греки одержали победу, странствия Одиссея — все с юных лет знакомые имена и события — это лишь дубликаты событий, происходивших в других местах, в другие исторические эпохи — с людьми, носившими другие имена! Оказывается, легенда о троянской войне — это сложное по своему составу повествование, рассказывающее о падении в середине VI века н. э. остготского королевства в Италии и завоевании большей ее части византийцами, которое само тоже является воображаемой историей, отражением завоевания Константинополя во время четвертого крестового похода в 1204 г. (хорошо еще, что не оккупации того же Константинополя войсками Антанты после первой мировой войны!) и отзвуком войны в XIII–XV веках между крестоносцами в Греции, где ими был создан целый ряд герцогств и графств. Падение Трои — это падение Нового Рима — Константинополя-Иерусалима в результате крестоносного нашествия. Иначе говоря, событий, происходивших через 2300–2800 лет по сравнению с традиционной хронологией. Сами же поэмы Гомера были созданы в начале эпохи Возрождения. Они венчали собой длинный ряд песен о троянской войне, автором которых были трубадуры и миннезингеры, которые вовсе не следовали «Илиаде» и «Одиссее», как и должно быть, поскольку менее совершенные произведения предваряют появление поэтических шедевров.
Морозовианцы приводят одну цитату, которая, как им кажется, прямо свидетельствует в пользу их истолкования поэм Гомера и Троянской войны. Средневековый историк, современник Данте, Роман Мунтанер писал: «На мысе Атраки в Малой Азии находилась одна из троянских застав, недалеко от острова Тенедоса, куда обыкновенно отправлялись знатные мужчины и женщины Романии… на поклонение божественному изваянию. И вот однажды Елена, супруга герцога Афинского, отправилась туда в сопровождении сотни рыцарей на поклонение, ее приметил сын троянского короля Парис, умертвил всю ее свиту, состоящую из 100 рыцарей, и похитил красавицу герцогиню». Для сторонника традиционной хронологии этот и многие другие подобные анахронизмы являются свидетельством того, что датировка исторических событий находилась в средневековье на примитивном уровне и поэтому не должна вызывать удивления. Точно так же как на картинах художников того времени исторические персонажи фигурируют в современных костюмах, военные — в рыцарских доспехах, на полотнах повсюду видны характерные приметы быта, нравов, менявшейся моды позднего средневековья. Морозовианцы считают, что писатели и художники делали это не из незнания хронологии, а потому что, изображая современные им или относящиеся к недавнему времени, отлично знали, когда происходили в действительности события, позднее отнесенные в седую древность.