Ми бачимо, що Запорожжя дуже довго має вплив на гетьманську політику. В кореспонденції запорозького коша, яка почасти заховалася до нас, ми знаходимо багато листів, де запорозькі братчики пишуть до гетьмана вимови, грозять йому помстою і загальною розплатою за ті чи інші його вчинки. До нас дійшли такі листи запорожців до Юрія Хмельницького, Виговського, Дорошенка. Цей тон запорожців свідчить про те, що народ дивився на Запорожжя як на свого проводиря.
Але ж і запорожці не були політичне розвинені, а через те й не встояли на тій високості, на якій стояли спочатку. Критичний момент для Запорожжя творить гетьманування Брюховецького, котрий, як ми вже вказували, ошукав запорожців. Поділяючи ніби демократичні народні думки, він добився через Запорожжя гетьманської булави, а добившися її, він повернув зовсім у другий бік. Тих запорожців, що були при ньому, він цитькав чинами та маєтностями. Після того, коли український народ побачив, що і Запорожжя може помилятися в своїх вчинках, воно тратить для нього своє значення: авторитет Запорожжя падає. Кожного із запорозьких кандидатів на булаву народ або викидає, або приймає зовсім індиферентне, не обстає за ним, і кандидатура запорожців перепадає. Так, наприклад, Суховій, чоловік дуже енергійний, не міг вийти на гетьмана через те, що був кандидатом Запорожжя; на його місце вибрали Дорошенка і Ханенка.
В Переяславському трактаті про Запорожжя не згадано, але що вся Україна входила під протекторат Московської держави, то можна було думати, що й Запорожжя підлягало тій самій долі. І справді, Запорожжя нібито признавало над собою московський протекторат. Зі звичайною тактикою, дуже практичною, московський уряд не посилав на Запорожжя своїх воєвод, але ж завжди стежив за тим, що там діялося. Користуючись тим, що уряд не втручається у внутрішні справи, Запорожжя живе вигідно і розвиває свою конституцію. Воно докладно усталяє свою територію, лічить усі землі, що належать до військових. Таких земель було дуже багато. Вони займали територію між Бугом та системою Дону, скільки її відвойовано від татар. Під той час Запорожжя має сталий осередок. Це була Стара Січ, де тепер село Капулівка. Територія Запорожжя була поділена на вісім ладанок; з військового ж і соціального погляду воно поділялося на курені, їх було 38. Тими куренями орудували виборні курінні отамани. Така конституція зорганізувалася в другій половині XVII ст.
Найбільш славетним запорозьким кошовим був Іван Сірко. Не було на Січі чоловіка більш популярного, але вкупі з тим не було й більш короткозорого, як він. Він відживив старі запорозькі традиції й ідеали: майже ввесь час веде він. боротьбу з татарами та турками, і в цьому добачає найважніше завдання Запорожжя.
На початку XVIII ст. був ще видатний отаман - це Кость Гордієнко, сучасник гетьмана Мазепи. Він один серед усієї старшини найближче узяв собі до серця і зрозумів автономні забаги Мазепи. Він бачив, що гетьман бажає дати Україні самостійність, пригорнувся до нього і до самого кінця підтримував його із усім Запорозьким військом. Тоді як українські козаки і посполиті покинули Мазепу, одне Запорожжя лишилося йому вірним.
Така демонстрація не обійшлася без репресій від російського уряду. Ще не скінчилася полтавська кампанія, як Петро І послав військо зруйнувати Січ. Сильний відділ під проводом Яковлєва пішов, зруйнував Стару Січ і оголосив, що Запорожжя касується. Запорожцям, що були під той час у шведському війську, не можна було тепер вернутись додому, їм доводилось дбати самим про себе. Гордієнко зробив умову із кримським ханом, і той дав запорожцям землю у своїй державі.