Что касается сферы сакральной (в нашем случае — Церкви), то в этот период тоже происходит очень опасный процесс. Во времена первой Смуты люди еще не утратили веру в Бога, но сплошь и рядом нарушали прекрасно им известные заповеди Божии. Кроме того, подвергалась ударам церковная иерархия — в то время это выражалось в одновременном существовании двух патриархов, каждый из которых ставил своих людей на епархии, в монастыри и на приходы. В итоге событий, начавшихся в 1917 году, дело обстояло еще хуже: под вопрос было поставлено само существование Церкви, хотя и без раскола тоже не обошлось — я имею в виду обновленцев.
То есть в основе Смуты — частичная или полная утрата веры, и одновременно — полная утрата доверия к власти, утрата веры в ее легитимность, в ее право управлять. Это момент, когда люди начинают кричать: «А царь-то ненастоящий!», как в фильме «Иван Васильевич меняет профессию». Но в отличие от фильма ситуация эта не комическая, а трагическая, чреватая колоссальными бедами, реками крови.
Лжедмитрий Первый свел с престола первого русского патриарха, Иова, которого отправили на обычной телеге в ссылку на его родину, в город Старицу, в Свято-Успенский монастырь. Лжедмитрий быстро нашел ему замену — архиепископа Игнатия, рязанского владыку, согласившегося принять участие в авантюре (грека по происхождению, приехавшего некогда в Москву в качестве представителя Александрийского патриарха при восшествии на престол царя Феодора). Разумеется, все это было с канонической точки зрения незаконно. Патриарх Иов не был низложен и лишен сана — такое решение мог принять только церковный Собор, но такого Собора не было. Зато был утвердивший Игнатия архиерейский собор, созванный Лжедмитрием. Но по тогдашним законам избранного Собором патриарха должна была утвердить Боярская дума, чего не произошло. Дважды ездивший в Старицу за благословением к опальному Предстоятелю Игнатий получил от патриарха Иова ответ: «По ватаге и атаман, а по овцам и пастырь».
Затем, после низвержения Лжедмитрия Первого, царь Василий Шуйский (который тоже пришел к власти не совсем легитимным образом) свел с патриаршего престола Игнатия и вызвал из Казани митрополита Гермогена, которого в Москве архиерейский Собор избрал патриархом. Игнатий оказался в монастырской темнице в Чудовом монастыре, где провел все царствование Василия Шуйского, пока в 1611 году ему не пришлось вновь на краткий срок быть возведенным на патриаршество после присяги королевичу Владиславу.
Когда в Тушине водворился и стал осаждать Москву Лжедмитрий Второй, он поставил патриархом Филарета (Романова), отца будущего русского царя Михаила, основателя династии Романовых. Боярин Федор Никитич Романов был пострижен в монахи насильно, во время правления Бориса Годунова, в результате конфликта в верхах между Годуновым и кланом бояр Романовых. Кстати, тогда в Москве тоже произошла малая гражданская война, был самый настоящий бой под стенами Кремля, когда в Зарядье штурмом брали палаты бояр Романовых. Естественно, стрельцы одолели их дворню, после чего Федора постригли в монахи с именем Филарет, а его малолетнего сына Мишу отправили в ссылку. После многих перипетий Филарет оказался в Ростове Великом на митрополичьей кафедре, там его взяли в плен войска Лжедмитрия Второго, доставили в тушинский лагерь. А вот что случилось дальше — непонятно. У историков здесь нет единства. Одни считают, что Филарет добровольно согласился стать альтернативным патриархом, другие полагают, что его заставили силой.
Кстати, стоит привести и обратные примеры. Тверской владыка, архиепископ Феоктист, тоже привезенный в тушинский лагерь, отказался сотрудничать с самозванцем, пытался бежать и был зарублен воровскими казаками. При взятии Коломны «тушинцы» пленили епископа Иосифа, в насмешку над саном привязали к пушке и возили с собой в обозе до тех пор, пока случайно пленников этого отряда не удалось отбить.
Дальше начинается совсем грустная история. И патриарх Гермоген, и Филарет назначают своих игуменов по монастырям, и, соответственно, идет не лежащая явно на поверхности, но очень жесткая внутрицерковная борьба. То есть можно сказать, что гражданская война шла и внутри Русской Церкви. В этом ряду находится и мученическая смерть патриарха Гермогена. В итоге все это привело к периоду, называемому в церковной истории «междупатриаршеством». Венчание на царство Михаила Федоровича Романова было совершено 11 июля 1613 г. митрополитом Ефремом Казанским. Ему и принадлежала в это время вся полнота предстоятельской власти. Но в конце этого года митрополит Ефрем скончался, и возглавление Освященного собора перешло в руки недавно поставленного митрополита Крутицкого Ионы. Это продолжалось до возвращения в 1619 году из польского плена родителя царя Михаила.