Коли влада П. Скоропадського захиталася, а під проводом Директорії почалося повстання, Українська демократично-хліборобська партія виступила з ідеєю примирення сторін і створення національно-демократичного кабінету при збереженні гетьманату. З такою пропозицією, написаною М. Міхновським, у Одесу, до представників командування антантського інтервенційного корпусу, що висадився в чорноморських портах України, виїхали С. Шемет і Любарський-Письменний. Передбачалося, що союзники вплинуть на ворогуючі сторони, примусять їх примиритися. Одночасно М. Міхновський виїхав до Харкова, де знаходився один з найкращих корпусів повстанців – Запорозький. Але обидві місії закінчилися провалом. М. Міхновський і С. Шемет повернулися до Києва ні з чим.
М. Міхновський ставився до Директорії вкрай негативно. У ній він вбачав втілення соціалістичних орієнтацій, яких він не поділяв. Його обурювали спроби голови Директорії В. Винниченка і голови уряду УНР В. Чехівського ввести в Україні якусь подобу радянської системи (трудових Рад) і на цій основі порозумітися з більшовиками, витіснити з політичного життя несоціалістичні партії і групи. Один з членів УДХП В. Андрієвський у своїх споминах згадує розмову з М. Міхновським, яка відбулася у перші дні після вступу військ Директорії до Києва:
«Там (в Директорії. – В. С), пане добродію, не дураки, а ідіоти! Повні і безпросвітні паралітики, котрим одна дорога – до дому божевільних!
Міхновський взагалі темпераментна людина і не любить перебирати у висловах…
– Але ж бо є різні стадії божевілля, деякі дається вилічити при відповідній курацїї. Треба тільки подбати про хворого.
– Скажіть, як можна виходити безпросвітного ідіота-маніяка, що сам лізе у прірву й усіх, хто має нещастя бути коло нього, туди ж тягне за собою, та ще у гарячковім бреді бурмоче, що він спасає людськість».
У кінці 1918 – на початку 1919 р. лідери УДХП розробили план усунення Директорії від влади. У цей час радянські війська опановували Україну, а армія УНР розвалювалася на очах. «Необхідно щось робити! Інакше – кінець Україні. Держава наша загине…» – заявив на партійній нараді М. Міхновський. Було вирішено зв'язатися з Є. Коновальцем – комендантом корпусу Січових стрільців, який перебував у Києві, і П. Балбочаном – командиром Запорозького корпусу, що дислокувався на Харківщині. Це були дисципліновані і боєздатні частини армії, командири яких співчували УДХП. З їх допомогою було ухвалено встановити режим диктатури в Україні, добитися нормалізації економічного і соціально-політичного життя, ліквідувати наслідки безладдя й анархії. «Необхідно їхати до Балбочана. Єдина надія на нього», – таким було рішення УДХП.
Сповнений рішучості і надій, М. Міхновський не міг знати, що місія до П. Балбочана – його остання політична акція. Запорозький корпус відступав до Дніпра, і М. Міхновський знайшов його вже у Кременчуці. До того ж М. Міхновський тяжко захворів на плямистий тиф і потрапив до лікарні. Там його було заарештовано радянськими властями й деякий час протримано у в'язниці. Лише завдяки клопотанням місцевої інтелігенції ув'язнення було замінене утриманням під наглядом у приватному помешканні.
Після захоплення Кременчука військами отамана М. Григор'єва він знову опинився на свободі. Однак з політичного життя М. Міхновський був виключений. Важка хвороба підірвала його здоров'я. Він переїхав до себе на батьківщину на Полтавщину.