9 серпня після прийняття Центральною Радою Інструкції Тимчасового уряду голова Генерального Секретаріату В. Винниченко заявив, що виконавчий орган у повному складі подає у відставку, залишаючись виконувати функції до сформування Малою Радою нового Секретаріату.
Паралельно Тимчасовий уряд продовжував тиск на голову Центральної Ради, домагаючись будь-що відсторонити «яскравого соціаліста» В. Винниченка від урядових справ і надати перевагу Д. Дорошенку, що досить лояльно ставився до офіційного Петрограда і добре зарекомендував себе на посаді урядового комісара Галичини й Буковини, а на той момент висувався на посаду губернського комісара Чернігівщини.
Виходячи з усіх згаданих обставин, В. Винниченко на засіданні Малої Ради 13 серпня 1917 р. категорично заявив про свій відхід від урядових справ. Того ж дня на засіданні президій фракцій Центральної Ради було доручено сформувати новий склад уряду Д. Дорошенку. Погодився на такий варіант і голова Центральної Ради М. Грушевський, хоча всім були відомі ревні стосунки між двома українськими діячами-істориками. Не виключено, що М. Грушевський просто змушений був підкоритись масонській дисципліні (на зв'язки по масонській лінії з Петроградом – і свої, і Дорошенкові – через барона Ф. Штейнгеля він кілька разів обережно посилається в своїх спогадах). Як би там не було, Д. Дорошенко взявся за формування Генерального Секретаріату і вироблення його платформи. Однак сформувати високоавторитетний, кваліфікований Генеральний Секретаріат з досвідчених політиків і добрих фахівців виявилося справою дуже нелегкою. Більшість тих, кому були запропоновані посади генеральних секретарів, відмовлялись. Цікаво при тому відзначити, що барону Ф. Штейнгелю було запропоновано портфель генерального секретаря торгу і промисловості.
Та найбільші ускладнення виявились в іншій площині. Коли Д. Дорошенко виголосив у Малій Раді коротку декларацію з приводу платформи Секретаріату, вибухнув конфлікт. За словами М. Грушевського, «се була присяга на вірність чиновника, пошанованого довір'ям начальства, а не парламентарського прем'єра, яким ми всі уявляли собі голову Ген[ерального] Секретаріату: Дорошенко заявив, що приймаючи уряд голови Ге[нерального] Секретаріату, відповідального перед Тимчас[овим] урядом, він, як досі на своїх комісарських урядах, буде точно виконувати всі доручення уряду і т. д.
Се був чистий скандал, особливо в тодішнім моменті, коли ми збирались вести організовану боротьбу з інструкцією, Тимчас[овим] урядом, московською нарадою, конвенцією, буржуазією і т. д.». Хоч і дещо м'якше, та по суті так само розцінив епізод і В. Винниченко. «…Перший же виступ Д. Дорошенка перед Центральною Радою, – писав він, – показав, що він не відповідав тим завданням, які складалися на голову українського революційного Уряду.
Д. Дорошенко, стоявши весь час поза життям і діяльністю Ц. Ради, не бравши безпосередньої участи в революційному ходові всіх подій, не розумів і не відчував духу й змісту нашого напряму.
Він дуже точно, совісно підійшов до Інструкції, принявши її, як справжню Конституцію, якої треба строго додержуватись. З його невеличкого експозе Ц. Рада побачила, що в його особі був би не революціонер, не борець за дальший розвиток здобутків, а акуратний і совісний урядовець Тимчасового Правительства.
Розуміється, це не могло задовольнити Ц. Раду».
Під впливом М. Грушевського Д. Дорошенко згодився змінити декларацію, наблизивши її до платформи II Універсалу, і оперативно це здійснив. Однак, незважаючи на прохання голови Центральної Ради до репортерів не вміщувати завчасно розповсюджений серед них текст попередньої декларації, «Киевская мысль» оприлюднила заяву Д. Дорошенка. Це, природно, додало масла у вогонь, а у Д. Дорошенка викликало сумніви щодо вірності прийнятого політичного рішення.
«До того ж, – повідомляє М. Грушевський, – як він (Д. Дорошенко. – В. С.) мені розповів – приїхав з московської наради Штейнгель – його протектор в городськім союзі, – поділився з ним враженнями, що кадетський противукраїнський курс зміцнюється, перспективи української автономії і «краевого органу» дуже слабі, отже з того виходило, що Ген[еральний] Секретаріат – установа ілюзорна, і Дорошенкові ніяк не треба зв'язуватись з нею й рискувати постом чернігівського губернатора, з котрого він був таким щасливим… Отже, Дорошенко заявив мені, що він не хоче бути в Генеральнім Секретаріаті.