При цьому Д. Дорошенко зовсім не однобічний, заангажований описувач подій, а глибокий аналітик, який ретельно, скрупульозно відтворює політичні, економічні, соціальні та культурні аспекти історії українства, тобто створює повнокровну картину життєдіяльності народу.
Паралельно з узагальнюючими, фундаментальними історичними працями з'явились і змістовні глибокі дослідження професора з історії церкви в Україні, української історіографії. Численні біографічні нариси присвячені видатним історичним діячам, митцям, науковцям від сивої давнини до найновгших часів. Значно поповнився в той час і список опублікованих спогадів Д. Дорошенка, особливо присвячених початку XX століття, хоч новими виданнями вийшли і ті, що побачили світ раніше.
На офіційне замовлення фашистських окупаційних властей Д. Дорошенко написав книгу «Україна і рейх», що вийшла німецькою мовою у Лейпцигу 1942 р.
Після завершення війни Український вільний університет перебазувався до Німеччини. Сюди ж переїжджає і Д. Дорошенко, працює професором УВУ і Православної богословської академії. В 1945 р. в Аугсбурзі було створено Українську вільну академію наук, а її першим президентом було обрано Д. Дорошенка.
З 1947 по 1951 рік професор викладав історію України у Вінніпезі, куди був запрошений колегією Святого Андрія.
У повоєнний час не припиняється і плідна науково-публікаторська діяльність вченого. Виходять «Історіографія України» (Записи лекцій. – Аугсбург, 1946), нове видання «В'ячеслав Липинський і його думки про українську націю і державу» (Аугсбург, 1946), чергове видання «Історії України» (Аугсбург, 1947). У співавторстві з О. Оглобліним було написано узагальнюючі статті про джерелознавство та історіографію історії України для «Енциклопедії українознавства» (1949. – Т. 1, ч. 2).
Побачили світ і «Мої спомини про давнє-минуле» (Вінніпег, 1949).
Тяжко хворий Д. Дорошенко повертається з Вінніпега до Мюнхена і буквально за кілька днів – 19 березня 1951 р. – помирає.
Нереалізованими залишились численні задуми, зокрема ґрунтовне дослідження про М. Драгоманова.
Уже після смерті автора перевидавалися його твори з історії України, історіографії, краєзнавства (бібліографія творів вченого нараховує близько 1000 позицій). Серед творів, які передруковуються знову і знову, викликаючи незмінний науковий і громадський інтерес «Історія України. 1917—1923 pp.». – Т. 1—2. (Нью-Йорк, 1954; Вінніпег, 1973); «Мої спомини про недавнє-минуле». (Мюнхен, 1969; «Український історичний журнал». – 1992. – № 6, 7—8, 9, 12; 1993. – № 1, 2—3, 4—6, 7—8; Київ, 2002).
Останнім часом потяг до історичної спадщини Д. І. Дорошенка надзвичайно зріс. І пояснення тому слід шукати, можливо, не стільки в тому, що його твори, передусім, присвячені Українській революції, а в тому, що вони є яскравим втіленням так званого державницького напрямку в українській історіографії. Оцшювати публікації видатного історика слід, мабуть, не лише за тривіальною логікою: нингшній етап розбудови Української Держави знову привернув увагу до його праць, зробив їх модними. Цшність доробку Д. І. Дорошенка в іншому – в його науковості, глибині, аргументованості, оригшальності – якостях, що шанувались і шануються в будь-який час.
Праці Д. І. Дорошенка
Звістки про український театр // Літературно-науковий вісник. – 1899. – Кн. IV. – С 55.
Відчит Д. Яворницького // Літературно-науковий вісник. – 1990. – Кн. VII. – С 207—208.
Указатель источников для ознакомления с Южной Русью. – Санкт-Петербург, 1904. – 60 с.
Народная украинская литература. Сборник отзывов на народные украинские издания. – Санкт-Петербург, 1904. – 72 с.
Я. П. Новицкий и его труд по истории и этнографии Екатеринославщины // Летопись Екатеринославской ученой архивной комиссии. – 1912. – Вып. VII. – С. 3—8.
Запорозький батько // Дніпрові хвилі. – 1913. – Ч. 10. – С. 163—166 та ін.
З минулого Катеринославщини. Коротка історія краю і його заселення. – Катеринослав, 1913. – 66 с.
Покажчик нової української літератури в Росії за 1798—1897 pp. Ч. І. – Чернівці, 1917. – 68 с.
П. О. Куліш. Його життя й літературно-громадська діяльність. – К., 1918. – 70 с.
На громадській роботі (про П. Куліша). – К., 1918. – 32 с.
Дещо про закордонну політику Української Держави в 1918 р. // Хліборобська Україна. – Кн. II. – 1920—1921. – Відень, 1925. – С 49—50.
Слов'янський світ в його минулому й сучасному. – Т. І– III. – Берлін, 1922.
Огляд української історіографії. Державна школа: Історія. Політологія. Право. – Прага, 1923 (перевидання – К., 1996).
Пантелеймон Куліш. Літературні характеристики українських письменників. – Кн. IV. – Лейпциг, 1923.