Завдяки значним організаторським і дипломатичним здібностям Перґену легко вдалося організувати складання вірнопідданської присяги всіма верствами галицького суспільства. Акт присяги було підписано у Львові 29 грудня 1773 р. під час влаштованого пишного фестину. Тоді ж шляхетські депутати вручили йому в дар 6 тис. дукатів разом з лояльним адресом. Одним із перших розпоряджень губернатора стало визначення адміністративного поділу краю: Львів став центром (столицею) новоутвореної на терені колишнього Галицького князівства (пізніших Руського, Белзького й частини Подільського воєводств Речі Посполитої) і приєднаної частини польських земель австрійської провінції — Королівства Галичини і Володимирії, а крім того центром львівського дистрикту, згодом округу. Завдяки цьому місто почало втрачати військово-торговельне функціональне призначення й перетворюватися на носія австрійської централістсько-бюрократичної урядової системи.
Губернаторство спочатку діяло в конфіскованій 1773 р. будівлі Єзуїтського монастиря і далі в 1775–1821 рр. у колишньому палаці Любомирських на Ринку, 10, згодом у новозбудованому палаці на Губернаторських валах (тепер вул. Винниченка). Створено інші крайові органи влади: фінансову колегію, державну бухгалтерію, кримінальний, апеляційний і шляхетський суди, будівельну дирекцію та дирекцію державних маєтків. Колишні владні посади — воєводи, каштеляна, старости скасовано. У місті дислоковано чисельну військову залогу (у 1827 р. — 4,4 тис., 1848 р. — 11,8 тис. вояків) й головне військове командування. Львів заповнила значна кількість чиновників (у 1787 р. — 580, 1800 р. — 790, 1830 р. — 1430), за походженням переважно німців, онімечених чехів, угорців, словаків.
1775 р. оголошено про створення крайового Станового сейму як дорадчого органу, який збирався на засідання періодично з 1782 до 1845 р. в Єзуїтському костелі (нині гарнізонний храм Св. Петра і Павла). За призначенням цісаря до його складу входили вищі сановники, представники церковної ієрархії, магнати і шляхта, ректор Львівського університету, бургомістр Львова і один представник львівського патриціату.
Патентом цісаря Йосифа II від 31 серпня 1786 р. у Львові скасовано магдебурзьке право. 1 листопада 1787 р. розпочав діяльність новоорганізований львівський магістрат, який складався з трьох сенатів — цивільного, кримінального і політичного. Два перших сенати під керівництвом міського синдика здійснювали судові функції, а третій завідував міським господарством.
Згідно з цісарським рескриптом від 18 жовтня 1786 р. магістрат очолювали президент і віце-президент. Крім них, у його складі було 12 радників у цивільно-карних і 4 у політичних справах, 4 секретарі і 4 протоколісти та 24 інші службовці, разом 50. Допоміжні служби виконували 20 осіб (судові слуги, сторожі, доглядачі в’язниць) і один кат. Бургомістра і радників обирав Міський виділ — виборний орган, що складався з десятків (спочатку 24, пізніше 60) членів, обраних міською верхівкою, й опосередковано контролював діяльність магістрату. Проте у 1805 р. уряд з метою обмеження міського самоврядування позбавив Міський виділ права обирати радників магістрату, і їх почала призначати влада. Членів цивільного і кримінального сенатів призначав апеляційний суд, а сенату політичного — губернаторство. Таким чином, магістрат остаточно перетворився нав державний орган — міське самоврядування зникло. 1820 р. у зв’язку зі створенням кримінального суду кримінальний сенат ліквідовано.
Згідно з розпорядженням цісаря від 1 грудня 1785 р. усе діловодство в магістратах міст переведено на німецьку мову. Пост бургомістра Львова займали винятково німці (наприклад, Франц-Антон Лоренц; Йоган Гоме, 1825–1842; Еміль Ґерард (Жерар) фон Фестенбурґ, 1842–1848), серед радників і допоміжних служб було чимало поляків. До апарату магістрату поміж іншими інколи потрапляли й міщани-українці, а декілька з них удостоїлися навіть посад радників, як от: Ігнатій Волос, Іван Зарицький, Петро Кадеркожка, Степан Керичинський, Іван Сітницький, Іван Стояловський, Модест Хомінський. Сесії магістрату відбувалися двічі на тиждень (у вівторок і п’ятницю) в дообідній час, де радники обговорювали проблеми, а писарчуки за окремим столиком протоколювали виступи.
Традиційне коло функцій магістратів міст краю розширилося за рахунок деяких нововведень. Законодавчими актами 1782 і 1786 рр. визначено систему заходів для гарантування протипожежної безпеки. У випадку пожежі в містах сторож на ратушній вежі мав повідомляти про це дзвоном. Коли міста не мали протипожежної охорони, їх гасили пожежні цехи. Коней для підвезення рятівників до місця пожежі у самому місті надавала пошта, на передмісті — передміщани або сусіди-міщани. До послуг рятівників у Львові було чотири помпи, драбини, гаки і т. п. Окремим розпорядженням 1788 р. передбачено перелік дозволів і заборон для забезпечення громадського порядку в місті: затримання і покарання добовим арештом волоцюг, які спали на вулицях, штрафи або побиття за стрільбу і куріння на вулицях, заборона пасти на міських валах худобу, у святкові дні торгувати після 9-ї години ранку городиною, регламентування годин праці в ці дні перукарів, кав’ярень, шинків і господ, закриття інших крамниць і ремісничих майстерень, окреслення годин і черговості танців під час публічних забав тощо. Від 1782 р. практикувалася реєстрація в поліції прибулих до міста сторонніх осіб.