Під час підписання Брестського мирного договору Центральна Рада на чолі з Грушевським була вимушена покинути Київ, декілька годин опісля про це дізналася українська делегація на переговорах. Здавалося, надій відновити владу вже не було і прийшов час визнати своє безсилля. Але Михайло Сергійович в нескінченній боротьбі за українську незалежність став, як здавалося його оточенню, зовсім залізним. Згнітивши серце і подавивши всі свої сумніви щодо успіху і доцільності операції, він пішов на великий ризик: 3 (16) лютого було підписано відозву делегації Центральної Ради до німецького народу з проханням військової допомоги.
Додому члени Центральної Ради поверталися під прикриттям німецьких військ, які відтепер окуповували Україну, що стало для українців справжнім потрясінням…
Грушевський пояснював своєму народу, що це на користь Німеччині допомогати Україні стати самостійною і сильною. Він запевняв, що німецькі війська залишаться ненадовго, лише очистять Україну від більшовиків і повернуться додому, бо Німеччині самій потрібні ці частини.
УНР переживала кризу. По суті, головною проблемою України в той момент була відсутність централізованої влади. Рада не змогла оволодіти ситуацією, скрізь були хаос і анархія, що не влаштовувало і німецькі окупаційні власті. Тому німці почали готувати державний переворот, який і відбувся в ніч на 30 квітня 1918 року.
На засідання 29 квітня, де вирішувалися важливі питання, увірвалися німецькі військові. Прозвучала команда: «Руки вгору!» Всі члени Центральної Ради, не розуміючи, в чому справа, підняли руки. Всі, крім Михайла Грушевського. Після цього мужнього вчинку Михайло Сергійович високо виріс в очах як своїх прихильників, так і ворогів.
Багато істориків дивував той факт, що після гетьманського перевороту Грушевський заради власної безпеки не виїхав за кордон, а залишався в Києві інкогніто. Якийсь час він ховався в передмісті Києва, потім в самому місті у знайомих.
Хоча Михайлу Сергійовичу доводилося часто міняти місцеперебування, він не припиняв літературної і наукової роботи, знаходячи в ній заспокоєння від всіх важких переживань, що навалилися на нього впродовж останніх років. За цей період він написав 4, 5 і 6 частини «Всесвітньої історії», а також книги «Стародавня історія. Античний світ і «Середні віки Європи».
З 1919 року Грушевський вирішив «перевести свою роботу за кордон», щоб далі служити Україні. Почалися роки еміграції. Родина Грушевських кочувала до Швейцарії, а звідти – до Австрії. Катерині, дочці Михайла Сергійовича, довелося покинути Київський університет, в який вона поступила і де вже почала свою наукову діяльність, опублікувавши свої перші статті з літературної критики. Навчання вона продовжила в Женевському університеті.
У 1924 році Грушевський повернувся в Україну, куди його тягнуло весь цей час. Він нарешті отримав дозвіл на створення кафедри історії України і секції методології і соціології при ній. У Радянській Україні повним ходом йшла українізація, українська мова була визнана державною мовою республіки.
При безпосередній участі ученого в 1926—1927 роках починає свою діяльність Асоціація культурно-історичних досліджень при Київському інституті народної освіти. Грушевський читає тут курси «Сучасна соціологія. Примітивне мислення і його еволюція» і «Соціальна і культурна течії в Україні». Проте в недалекому майбутньому соціологія в СРСР надовго потрапила під заборону.
Незабаром наступив період жорстокого переслідування українства тоталітарним режимом, в гуманітарній сфері вводилася марксистсько-ленінська методологія. Радянська влада почала фабрикувати справи проти діячів української науки. Першою в цьому списку була справа «Союзу визволення України». Почалося цькування і переслідування українських діячів, людей науки і мистецтва. Грушевського намагалися змусити свідчити проти деяких обвинувачених, але він не погодився, після чого Михайлу Сергійовичу наказали покинути Україну.
Так Грушевський знову опинився в Москві, де прагнув продовжувати справу свого життя – історичні дослідження української історії. Він працював в московських архівах, писав історію української літератури. У цьому йому дуже допомагала дочка Катерина, яка була для батька «другими очима», – здоров’я ученого вже було слабким, він втрачав зір.
Тотальний контроль більшовицьких спецслужб нарешті досяг свого логічного фіналу: 23 березня 1931 року в Москві Михайла Сергійовича Грушевського заарештували у справі міфічного «Українського національного центру».