Как раз во время визита Керенского возник инцидент вокруг помощника по хозяйственной части капитана над Севастопольским портом, генерал-майора Н. П. (А. Б.? в разных источниках фигурируют разные инициалы) Петрова, который якобы занимался спекуляцией с кожами поставляемого для флота скота. Центрисполком, вопреки решительному противодействию Колчака, вынес решение об аресте Петрова, что и было сделано (по мнению Керенского, арест был вызван отказом Петрова выполнять распоряжения ЦИК без подписи командующего флотом30). Это был прецедент – первый случай ареста офицера матросами. Колчак тут же послал телеграммы на имя главы правительства князя Г. Е. Львова и Верховного главнокомандующего генерала М. В. Алексеева, в которых заявил, что вследствие самочинных действий комитета, а также совета, не подчиняющихся его требованиям, он не может нести ответственность за Черноморский флот и просит отставки. Керенский первоначально занял сторону исполкома, выспренне провозглашая: «…В деле генерала Петрова ц. и. к. поднял свой престиж на новую, еще небывалую высоту. Я буду телеграфировать… Временному Правительству, что ц. и. к. достиг великого государственного понимания задач. Я приказал отстранить генерала Петрова от служебных обязанностей и назначить следствие над ним»31. Однако правительство предпочло занять нейтральную позицию, результаты работы двух комиссий по этому делу обнародованы не были, Петрова освободили (и он продолжал службу до февраля 1918 года, что, возможно, доказывает его невиновность), а Керенский мгновенно изменил свое мнение. В своих мемуарах он сообщал: глава правительства князь Львов попросил его уладить конфликт, и он лично убеждал командующего, «что этот инцидент не идет ни в какое сравнение с тем, что произошло с командующим Балтийским флотом, что у него нет основания для расстройства, что положение его намного прочнее, чем он предполагает»32. В конце концов Колчак остался на своем посту. А фигура Керенского не могла не оставить всем своим поведением впечатления эфемерности, сиюминутности происходящего.
В конце мая прошли перевыборы Севастопольского совета. Новый состав отличался широким представительством солдат. Совет вел политику автономной, независимой от командующего флотом деятельности. Офицеры, в свою очередь, ввели практику закрытых собраний. Разлад и взаимное озлобление нарастали.
В начале июня в Севастополь прибыла делегация от Центрального комитета Балтийского флота (до этого на север была отправлена умеренно-оборонческая «Черноморская делегация» во главе с подполковником А. И. Верховским и восторженным эсером, в неловко сидящей на нем матросской форме, очень популярным некоторое время Федором Баткиным). Балтийцы произносили радикальные речи, электризуя обстановку. Они выступали против т. н. займа свободы и за опубликование тайных договоров прежнего правительства.
5 июня командование фактически утратило свои функции. Начались аресты офицеров. 6 июня делегатское собрание армии, флота и рабочих вынесло резолюцию об отстранении от должности Колчака и Смирнова. Последняя попытка вицеадмирала Колчака, обвиненного в «возбуждении матросских масс» своими действиями, повлиять на команды провалилась: на делегатском собрании 7 июня ему просто не дали слова. Началось разоружение офицеров. Некоторые из них, не желая разоружаться, застрелились. Далее, повествует Смирнов, вице-адмирал призвал офицеров не сопротивляться. «Затем адмирал приказал поставить команду «Георгия Победоносца» во фронт и сказал ей вдохновенную, патриотическую речь, в которой указал гибельные для родины последствия поступков команд, разъяснил оскорбительность для офицеров отобрания от них оружия, сказал, что даже японцы не отобрали от него георгиевское оружие после сдачи Порт-Артура, а они, русские люди, с которыми он делил тягости и опасности войны, наносят ему такое оскорбление. Но он своего оружия им не отдаст»33. После этого адмирал выбросил свою Георгиевскую саблю в море. Однако ни речь Колчака, ни его поступок впечатления на матросов не произвели.
Тем временем правительство отбило Колчаку телеграмму, в которой ему предписывалось сдать командование контрадмиралу В. К. Лукину и выехать в Петроград.
Колчак сдал дела Лукину, а его начальник штаба М. И. Смирнов – капитану I ранга А. С. Зарину. Ночью 9 июня они покинули Севастополь.