Отношенията между военните и персонала на „Дюпон“ бяха, общо взето, добри. Полковник Матайъс поддържаше контакти главно с ръководителя на строителството Гил Чърч и с неговия шеф Слим Рийд, а по-късно с отговорника по експлоатацията Уолтър Саймън и съответния му началник Роджър Уилямс. По принцип Фриц Матайъс беше подчинен на полковник Никълс, но последният все повече се ангажираше с операциите в Оук Ридж и не беше от хората, които държат строго на принципите на единоначалието, когато трябва да се свърши някаква работа. По тази причина с разрешението на Никълс Матайъс се обръщаше направо към Гроувс по въпросите, свързани с Ханфорд. Генералът му беше дал пълномощно да подписва самостоятелно договори за суми до 10 милиона долара, без предварително да ги съгласува с висшестоящите. Понякога Матайъс имаше пререкания със своя приятел Гил Чърч, но когато докладваха за това на Гроувс, единственият му отговор беше:
— Ако тия двамата не се скарват отвреме-навреме, значи и двамата са некадърници.
Генералът често идваше в Ханфорд да инспектира работата, докато един ден едрият и прям инженер на „Дюпон“ Слим Рийд не му обърна внимание върху отрицателния ефект от тези посещения.
— Вижте, генерале, ако наистина искате работата да върви бързо, спрете посещенията на вашите хора, докато не им кажем, че сме готови да пуснем реакторите.
— Защо? — попита Гроувс.
— Посещенията отнемат много време на най-добрите ни хора — всеки път трябва да се чертаят диаграми и да се събират данни, с които да ви убедим, че нещата вървят нормално. Това, естествено, ни откъсва от основната ни работа.
За момент Гроувс замълча, после погледна Рийд изпитателно в очите.
— Обещавате ли, че и вашите шефове от „Дюпон“ ще престанат да ви досаждат? Ще спра посещенията на моите хора, ако ми обещаете, че и представителите на „Дюпон“ ще стоят настрана от това място.
— Да — отговори, без да се замисли Рийд.
Тогава Гроувс се обърна към Норман Хилбъри:
— А вие ще държите учените в Чикаго?
След като Хилбъри кимна в знак на съгласие, Гроувс продължи:
— Добре тогава, мистър Рийд, разбрахме се. Ще чакам вие да ме повикате!
Повечето от спречкванията възникваха поради настояването на военните за спазване на изключително строги правила за сигурност. Това не притесняваше много персонала на „Дюпон“, защото в собствените им заводи бяха установени същите правила. Но някои учени намираха тези ограничения за прекалени и повечето от работещите в Ханфорд не ги разбираха. Всичко, което се отнасяше до завода, беше строго поверително. Забранено беше дори да се споменава какви количества и видове материали влизат или излизат от строежа — дори бирата и сладоледът. За влизането във всеки район и здание се изискваха пропуски и лични карти.
По-известните учени ползваха различни имена извън своите лаборатории. Например в Оук Ридж Комптън се наричаше мистър Холи, а в Ханфорд — мистър Комас. За Ханфорд Енрико Ферми беше доктор Фармър, а Юджийн Уигнър — доктор Вагнер. Веднъж Уигнър беше забравил личната си карта и стражата не го пускаше да влезе. Ферми, който беше с него, предложи да гарантира за колегата си.
— Можете ли да се закълнете, че името на този човек е Вагнер? — попита строго пазачът.
— Името му е Вагнер, точно както и моето е Фармър — отговори Ферми и показа пропуска си с най-високи препоръки.
— Благодаря, мистър Фармър — каза пазачът и ги пусна.
Гроувс не искаше да остави нищо на случая, затова назначи личен телохранител на Ферми и му нареди да не го изпуска от очи. Джон Баудино беше висок и много здрав итало-американец от Илинойс с добро образование и приятен характер. Свободомислещият Ферми в началото протестираше, че е поставен в смешно положение, но скоро се възползва от случая и започна да използва Джон като помощник при лабораторните си експерименти. Постепенно те станаха добри приятели, но Джон никога не можа да свикне с лекциите по ядрена физика, които Ферми му изнасяше по време на дългите пътувания до Ханфорд и Лос Аламос.
— Как може — учудваше се ученият, — такова интелигентно момче като тебе да не знае нищо за ядрената физика?
Почти всеки ден в строителството се появяваха нови проблеми и трудности. В началото на 1944 г. възникна остър недостиг от заварчици и майстори по тръбопроводите и всички усилия да се намерят подобни специалисти оставаха безрезултатни. Наложи се Гроувс да използва отново своите специални пълномощия — той бързо уреди всички работници от тези специалности да се освободят от редовна служба в армията и да бъдат изпратени в Ханфорд. Само след няколко дни в Ханфорд запристигаха около 60 униформени заварчици и водопроводчици от 60 различни военни части. Това не беше задължителна повинност — всеки професионалист имаше право да избира между работата в Ханфорд и служба в армията, а който не беше достатъчно квалифициран, също трябваше да се върне в строя. В резултат на тази бърза операция след една седмица в Ханфорд имаше вече 250 работници, от които само 25 нямаха достатъчна квалификация и бяха върнати.