Въпреки критиките на някои негови колеги, Уийлър с удоволствие предостави на инженерите всичките си познания по ядрена физика. Той стана любимец на проектантите и инженерите на „Дюпон“ се вслушваха във всички негови препоръки, особено що се отнася до възможностите за отравяне на верижната реакция. По тази причина, когато реакторът спря да действа, те потърсиха най-напред неговите съвети, макар че Уийлър се бе установил за постоянно в Ханфорд едва през юли 1944 г.
Уийлър не беше непосредствен свидетел на инцидента, затова най-напред поиска да види записа на положението на контролните пръчки и особено внимателно разгледа кривите на промените в мощността на реактора по време на мистериозния случай. За него нямаше никакво съмнение — кривите показваха, че спирането на реакцията се дължи на появата на някакъв много нетраен разпаден продукт. Отравянето, от което той толкова се страхуваше, наистина беше станало. Фактът, че верижната реакция бе спряла за няколко часа и след това отново спонтанно се беше възобновила, показваше, че при ядреното делене се получава неизвестен продукт, който поглъща много интензивно неутрони и затормозва реакцията. Самият продукт има кратък период на полуразпадане и след няколко часа изчезва, в резултат на което реакцията спонтанно отново тръгва. Неизвестната отрова можеше да бъде само радиоактивно вещество с кратка продължителност на съществуване.
На Енрико Ферми му трябваше само един поглед да се убеди в достоверността на оценката на Уийлър и двамата се заеха веднага да идентифицират отровата. Като проучиха графиките, те установиха колко часа и минути съществува неизвестната отрова и започнаха да търсят вещество, чийто период на полуразпадане съответства на този срок. Това приличаше на откриване на престъпник от полицията по неговия „словесен портрет“. Не след дълго причинителят на заболяването на реактора беше открит. Той се наричаше ксенон–135 — газ с период на полуразпадане 9,4 часа.
Подобно отравяне не било забелязано при работата на експерименталните реактори на Чикагския университет. Грийнуолт веднага телефонира на Алисън в Чикаго и като използваше кодиран език му обясни какво се е случило. Помоли да провери дали при Уолтър Зин в Аргон или при Ричард Доун в Оук Ридж са наблюдавали подобно явление. Те отговориха, че не са, но пък и не бяха пускали реакторите с пълна мощност. Когато направиха това с реактора СР–3 в Аргон, който работеше е тежка вода, само след 12 часа работа и при него се получи отравяне, а Уолтър Зин лесно идентифицира същата причина — ксенон–135.
Генерал Гроувс много се ядоса, когато Комптън му разказа всичко това при срещата им в Чикаго на 3 октомври. Той беше издал изрична заповед реакторът СР–3 в Аргон да се експлоатира непрекъснато при пълна мощност и тази заповед не беше изпълнена. Ако учените го бяха послушали, ксеноновото отравяне щеше да бъде открито навреме. Те отговориха, че реакторът СР–3 бил предназначен за изследователски цели, които не биха могли да се постигнат, ако той работи през цялото време с максималната си мощност. За Гроувс неизпълнението на заповедта му говореше за пълна наивност и липса на здрав разум. Комптън се съгласи с генерала, че колегите му са допуснали грешка, но според него все още имаше възможност тя да се поправи, и излетя незабавно за Ханфорд.
При пристигането му там Хилбъри и Грийнуолт му казаха какви стъпки вече са предприети за отстраняване на повредата. Без да губи време и да търси допълнителни доказателства за ксеноновата хипотеза, Ферми я прие за работна основа и започна да търси лечение за отравянето. Той изчисли, че най-простият начин да се компенсира загубата на неутрони, поглъщани от ксенона, е да се увеличи капацитетът на реактора. Единственият начин да се постигне това, е да се прибавят още уранови пръчки — Ферми сметна, че е нужно поне 25% увеличение на броя на наличните 1 500 уранови пръчки.
Ако реакторът беше построен точно по спецификациите, дадени от учените, това би било невъзможно, защото нямаше да има достатъчно дупки в графита за поместване на стотиците допълнителни уранови пръчки. Плутониевата програма беше толкова напреднала, че не можеше да се мисли за изоставяне на реакторите и строителство на нови.