Като по чудо съдбата на проекта отново бе спасена, но този път благодарение на упорството на инженерите от „Дюпон“. При проектирането те бяха предвидили достатъчно място и бяха оставили възможности за промени в конфигурацията на реактора, въпреки протестите на учените, че такива предпазни мерки са ненужни и само забавят изпълнението на строежа.
Най-упорит от всички представители на „Дюпон“ беше Джордж Грейвс, който обръщаше сериозно внимание на опасенията на Джон Уийлър за евентуално отравяне на реакторите. Близо година преди започването на строежа Уийлър беше написал доклад, в който препоръчваше редица промени, включително и място за допълнителни 504 уранови пръчки. Неговите предупреждения бяха накарали хората на „Дюпон“ да бъдат още по-предпазливи. Било късно за радикални промени, защото тежката броня на реактора, изработена от масивна стомана и многослойна дървесина, вече била готова, и предстояло тя да се изпрати в Ханфорд след броени дни. Уийлър предлагал отверстията за пръчките да се разширят и да се добавят нови. Грейвс и ръководителите на „Дюпон“ реагирали бързо и успели да наложат промените, въпреки съпротивата на учените.
Сега всички бяха много доволни, че консервативните инженери на „Дюпон“ бяха заложили на сигурността и бяха предвидили допълнително място в реактора. Джордж Грейвс стана герой на деня и в негова чест дори написаха една балада:
Реакторът беше зареден с допълнителен уран и Ферми преизчисли данните, така че контролната система да бъде съобразена с повишената мощност. Когато броят на урановите пръчки достигна 2 004, отрицателният ефект от ксеноновото отравяне бе напълно преодолян.
Навръх Коледа 1944 г. няколко тона облъчен уран излезе от реактор В в Ханфорд. Три дни по-късно той отново бе зареден и започна нов цикъл. Междувременно бе пуснат реактор D, а до края на месеца влезе в действие и реактор F.
Вземаха се изключителни мерки за предотвратяване на аварии в реакторите. Реакцията текущо се контролираше със специални пръчки от бор (елемент, който поглъща неутроните като гъба). При авария в реактора можеха отгоре да се пъхнат други борови пръчки, а в краен случай и целият реактор можеше да се залее автоматично с боров разтвор. Най-големи тревоги предизвикваше евентуалното прекъсване на охлаждането — според учените, ако то продължи дори само една секунда, ще се натрупа толкова много топлина, че реакторът може да избухне.
Това накара инженерите на „Дюпон“ да свържат всички осигуряващи системи с помпите за охлаждаща вода. При спиране на електрозахранването на помпите аварийните пръчки веднага се пускат в реактора и преустановяват верижната реакция. Ако тяхното действие се окаже недостатъчно, реакторът се залива с боров разтвор. Цялата система бе изпробвана преди активирането на реакторите, но след като те бяха задействани, инженерите не смееха да я изпробват отново и да спрат реакцията.
Един ден някакво мистериозно прекъсване на тока включи цялата система за сигурност. Само за части от секундата реакторите бяха спрени. Ханфордските заводи имаха осигуровка и при прекъсване на захранването дори в целия Северозапад се включваха към мрежите на Боунвил или на Гранд Кули. Напрежението се възстанови само след част от секундата, но прекъсването наложи тридневна работа, преди реакторите отново да тръгнат.
Какво се беше случило? Саботаж? Хората на полковник Матайъс плъзнаха из околностите и наложиха пълно мълчание за временното прекъсване на тока. Само най-високопоставените ръководители поверително бяха информирани за причината на аварията — японски балон.
Обществото не знаеше, че по време на войната японците се опитваха да атакуват със запалителни балони Западното крайбрежие на САЩ. Тези балони летяха на височина 12 000 метра, където стратосферните въздушни течения ги отнасяха към бреговете на САЩ. Те бяха направени от кафява оризова хартия и имаха диаметър около 10 метра. Носеха запалителна бомба и бяха снабдени с висотомери и система от баласт, която поддържаше автоматично височината на полета. Когато балонът достигнеше набелязания участък, бомбата автоматично се освобождаваше.
През цялата война бяха пуснати около 9 000 балона тип „Фуго“, но тъй като се подчиняваха на капризите на ветровете, не причиниха големи щети. Първите два балона паднаха в Монтана и Северна Дакота. За тях съобщили само местните вестници, но новината след седмица достигнала до японската преса — очевидно, агентите им следели старателно всяка информация. От този момент споменаването на балоните в американската преса беше подложено на цензура.