В Лос Аламос трескаво работеха върху урановата бомба и създаваха модел след модел, но все още не разполагаха с достатъчно разпадащ се уран. Най-големият проблем на проекта „Манхатън“ продължаваше да бъде пречистването на изотопа U–235, който единствено можеше да се използва за бомбата. Мнозина започнаха да се замислят дали не време да се изостави целият уранов проект и усилията да се съсредоточат върху създаването на плутониева бомба. Точно в този момент едно неочаквано предложение вдъхна нови надежди на урановата програма. Опенхаймер попита генерал Гроувс:
— Защо в Оук Ридж не опитат друг тип пречистване — термодифузионния метод?
Тази идея се възприе като откритие.
— Как не сме се сетили досега? — възкликна Гроувс. — Естествено, това трябва да се направи!
Защо проектът „Манхатън“ не използваше термодифузията — метод, разработван от флота от почти три години? Както Комитетът S–1, така и отдел „Манхатън“ знаеха много добре за съществуването на този метод. В случая генерал Гроувс нямаше право да крещи и да хвърля вината върху разсеяните учени и върху своите подчинени. Той не можеше да каже, че не е чувал за програмата на флота. Точно обратното, една от първите лаборатории, които генералът посети веднага след назначаването му през септември 1942 г., беше флотската изследователска лаборатория край река Потомак. Там, под ръководството на доктор Рос Гън, един млад физик на име Филип Абелсън се опитваше да раздели урановите изотопи по метод, съвсем различен от тези, предложени от Комитета S–1, и възприет по-късно от проекта „Манхатън“.
Флотската изследователска програма върху термодифузията беше съвсем самостоятелна и нямаше нищо общо със Службата за научни изследвания и развитие, ръководена от Ваневар Буш. Флотската изследователска лаборатория не се опитваше да създаде бомба, а търсеше по-добри начини за задвижване на подводниците. Когато през 1939 г. се разнесла новината за постигнатото разпадане на урана в Германия, доктор Рос Гън организирал изследователска група, която да работи върху създаването на ядрен двигател за подводници. Флотът разработваше термодифузионния метод за нуждите на ядрените подводници, а не за създаване на атомна бомба.
Първото впечатление на Гроувс от този метод не беше добро, въпреки че създателят на метода, Филип Абелсън, 29-годишен учен от щата Вашингтон, изглеждаше много компетентен и енергичен. Генералът беше силно впечатлен, когато разбра, че той, заедно с Едуин Макмилън, бяха откривателите на първия трансуранов елемент — нептуний41. Въпреки това Гроувс сметна, че термодифузионният метод е неизползваем за проекта „Манхатън“.
Методът беше изключително прост. Инсталацията представляваше две дълги, концентрично разположени тръби, затворени в общ цилиндър. Вътрешната тръба се нагрява отвън, а външната се охлажда отвътре. Втечненият уранов хексафлуорид циркулира в пространството между горещата и студената тръба и по-лекият изотоп се натрупва близо до горещата повърхност. За изненада на физиците този съвсем прост метод даваше добри резултати. Главният му недостатък беше, че се нуждае от огромно количество гореща пара и, респективно, фантастични количества въглища. Производствените разходи за получаването на достатъчно количество чист уран–235 биха били астрономични — 2 до 3 милиарда долара!
При своето кратко посещение във флотската изследователска лаборатория Гроувс усети също, че отношенията между нейния шеф Рос Гън и членовете на Комитета S–1 са изострени и добро сътрудничество е невъзможно. Генералът имаше чувството, че Рос Гън, бивш член на първоначалния Уранов комитет (предшественик на Комитета S–1), е обиден на Конант и Буш, задето при реорганизациите е оставен извън комитета, и предпочита да работи самостоятелно. От своя страна както Конант, така и Буш, бяха скептично настроени към флотския метод на пречистване.
След посещението си в лабораторията на Гън генерал Гроувс назначи една комисия от видни учени и те дадоха отрицателна оценка за проекта. Той прие тази оценка и препоръча термодифузионният метод да не се използва в проекта „Манхатън“. По-късно някои подхвърлиха, че отношението на генерала се диктувало от старото съперничество между армия и флот.
— Глупости — отговори сърдито той. — Съперничеството между армията и флота се изчерпва с годишния футболен мач между тях.
Така или иначе, членовете на Комитета S–1 бяха единодушни — термодифузионният метод е непрактичен, прекалено скъп и в крайна сметка — неприложим.
41
Трансуранови елементи: До 1940 г. бяха познати само 92 елемента, а най-тежкият и открит последен беше уранът. Елементите с атомен номер, по-голям от 92, си открити след това и се наричат трансуранови (след урана). Всички са радиоактивни, а само два от тях — нептуний и плутоний — се срещат в природата. Останалите са получени изкуствено при ядрени реакции, а някои носят имена на личности и лаборатории, свързани с проекта „Манхатън“ — лоренций, фермий, бърклий.