Той беше много доволен, че е успял да открие нещо познато в потока от неразбираемия научен жаргон, с който го заливаше Гроувс.
Хенри Стимсън не разбираше нищо от атоми и това не го притесняваше. Главната му грижа беше проектът „Манхатън“ да завърши с успех и атомната бомба да бъде създадена навреме, за да допринесе за спечелването на войната. Той осигури на проекта всичките възможни ресурси на страната, а президентът Рузвелт бе натоварил своя военен министър с пълната отговорност и власт за това. През последната година гигантското начинание отнемаше все повече от времето и вниманието на Стимсън. Застаряващият министър не беше много добре със здравето и сериозно мислеше да се оттегли — единственото, което го задържаше на поста му, беше проектът „Манхатън“.
— Знаете ли, генерале — призна той на Гроувс. — Искам да вложа всичките си сили в този проект и само заради него все още стоя във Военния департамент.
Гроувс се възхищаваше много от този изискан стар джентълмен, който така вдъхновено и целенасочено ръководеше Военния департамент. Започна да се среща по-редовно с най-висшия си началник едва през 1944 г., но отношенията им много бързо станаха близки. В първите две години от съществуването на проекта Гроувс виждаше доста рядко министъра, главно когато му носеше докладите, предназначени за президента.
Обикновено контактите на Гроувс с военния министър се осъществяваха чрез посредничеството на неговия частен секретар Харви Бънди, който беше образец на умен, доверен и дискретен държавен служител. Бънди чудесно познаваше навиците на своя шеф и беше станал негов личен приятел. Той се грижеше за здравето на Стимсън и умееше да успокоява редките му гневни изблици. Понякога казваше на Гроувс: „Генерале, не стойте много дълго при министъра — дори и той да ви задържа. Днес е много уморен.“ Или: „Генерале, докато пътувате в колата с мистър Стимсън, не го заговаряйте. Той обмисля нещо и трябва да бъде оставен на спокойствие. Когато е готов да говори с вас, сам ще ви даде знак.“
Постепенно Стимсън започна да изпитва удоволствие от срещите си с Гроувс. Той остана много изненадан и доста се развесели, когато веднъж, през първата година на проекта, нареди на един свой чиновник да звънне на генерала и да го повика да дойде незабавно, а Гроувс отговорил: „Предайте на министъра, че много съжалявам, но в момента не мога да го посетя. Обяснете му, моля, че имам много спешна работа и съм повикал в кабинета си хора, дошли от голямо разстояние да се срещнат с мен.“ Чиновникът звъннал отново след няколко минути. „Министърът ви разбира много добре. Ще ви бъде ли удобно да го посетите следобед?“ — „Да, разбира се!“ — отговорил Гроувс.
След като се установиха правилата на техните взаимоотношения, Стимсън ги спазваше много строго и с основание. Той добре знаеше, че генерал Лесли Гроувс прави точно това, което се очаква от него — посвещава всичките си сили на свръхспешния проект „Манхатън“. От този момент всяко повикване от кабинета на Стимсън винаги започваше с: „Генерале, кога ще ви бъде удобно да посетите министъра?“
Само дни преди посещението на Стимсън в Оук Ридж обаче Гроувс спешно бе повикан от неговия кабинет. „Министърът иска да ви види веднага, независимо колко сте зает в момента. Става дума за нещо много важно и е желателно да тръгнете незабавно.“
В Конгреса бяха започнали да ферментират много сериозни недоволства. Депутатът от Мичиган Албърт Енджъл получил информация, че в Тенеси край Ноксвил се издигат гигантски секретни строежи и отправи запитване към правителството. Сенаторът Хари Труман от Мисури, който по това време бе председател на специалната сенатска комисия, разследваща военните разходи, също научил за огромните разходи, направени за някакъв мистериозен проект „Манхатън“. Но когато Стимсън дал честната си дума, че едно разследване би застрашило националната сигурност, Труман се съгласил да го отложи за края на войната и дотогава да не повдига въпроса. Стимсън, Ваневар Буш и началник-щаба на армията генерал Джордж Маршал трябвало да се явят в Капитолия и на секретно съвещание с лидерите на Парламента — спикера Сам Рейбърн, лидера на мнозинството Джон Маккормак и лидера на малцинството Джоузеф Мартин — да дадат разяснения за целите на проекта „Манхатън“. Като разбрали колко важен е този проект, и тримата депутати обещали да сътрудничат при отпускането на средства, без да се вдига много шум. След това подобна среща се състояла и с лидерите на Сената. Депутатът Енджъл не се успокоил и настоявал за анкета. Подозирайки разхищаване на средствата на данъкоплатците, той се противопоставил на новия огромен превод на пари за Военния департамент, който възлизал на милиони долари, и бил съвсем неопределено мотивиран като „експедиране на продукция“. Под това кодово име се скривал един от източниците за финансиране на проекта „Манхатън“.