Първите учени в САЩ, осъзнали тази възможност, бяха емигранти от Европа, избягали от новия ред на Хитлер. Те не се съмняваха, че нацистка Германия ще положи неимоверни усилия, за да се сдобие с подобно свръхоръжие. През лятото на 1939 г. трима унгарски учени емигранти — Лео Зилард, Юджийн Уигнър и Едуард Телър — успяха да убедят Алберт Айнщайн в необходимостта да бъде запознат президентът Рузвелт с възможността Германия да създаде атомна бомба. Учените бяха потърсили съдействието на Александър Сакс — високоерудиран нюйоркски финансист и личен приятел и съветник на Рузвелт.
По някаква случайност Сакс, чиито широки интереси се простираха от проектирането на радиошамандури до историята на наполеоновите войни, беше силно заинтригуван от атомната физика и бе чел някои статии по въпроса в научните списания. В продължение на месеци той се опитваше да убеди Рузвелт в необходимостта да се развива атомното оръжие, но цветистата реторика, с която финансистът беше известен, като че ли не сполучваше.
Когато писмото, подписано от Айнщайн, бе предадено лично на Рузвелт от Сакс, президентът, въпреки че нищо не разбираше от разпадането на атома, вече бе подготвен от дългите му пледоарии. Той беше стреснат от писмото на Айнщайн, което предупреждаваше за възможността Германия да се сдобие с атомно оръжие и да завоюва световно господство. Президентът реши веднага да се създаде комитет за оказване на държавна финансова подкрепа на американските университети, работещи върху разпадането на урана.
Въпреки спешността на проблема програмата стартира бавно. Една година по-късно 16 изследователски групи бяха получили скромната сума от 300 000 долара. Основният проблем — създаването на методи за пречистване на достатъчни количества разпадащ се материал, необходим за бомбата — все още се проучваше.
Около май 1942 г. работата по пет различни метода напредна достатъчно, за да се сметне за оправдано преминаването към мащабно производство. Три от методите — електромагнитен, центрофужен и газово-дифузионен — се отнасяха до отделянето на урановия изотоп U–235. Два други метода имаха за цел получаване на плутоний от реактори с графит или с тежка вода.
Нито един от съперничещите си методи не гарантираше сигурен успех. Всичките бяха изключително сложни и прекалено скъпи за икономиката на страна, която воюваше на два фронта. Но бомбата трябваше да бъде създадена, преди Хитлер да успее да стори същото в Германия. За да има шанс новото оръжие да се използва във войната, трябваше да се избере един от петте метода и да се развива с цената на общонационални усилия. Въпросът беше кой от петте?
Като върховен главнокомандващ президентът Рузвелт носеше пълната отговорност за това решение, но по подобни научни въпроси той разчиташе напълно на съветите на Ваневар Буш, който от своя страна очакваше препоръката на атомния комитет S–1 към OSRD. Главният сътрудник на Буш бе ръководителят на S–1 и ректор на Харвардския университет доктор Джеймс Конант.
Подобно на доктор Буш, и Джеймс Брайънт Конант беше също мършав янки от Ню Ингланд, с кичур коса, надвиснал над очилата с метални рамки, който му придаваше младежки вид за неговите четиридесет и девет години. При първа среща с него той изглеждаше хладен, дори надменен. Вероятно това се дължеше донякъде на пуританския му вид на строг учен. Под външната сдържаност обаче се криеше изключителен аналитичен ум и хапливо остроумие, за които той бе много ценен от тези, които го познаваха отблизо.
През Първата световна война Конант служи като майор в службата за химични бойни средства и отговаря за производството на отровния газ люисит. През 1919 г. става професор в Харвард, а през 1931 г., когато е избран за декан на факултета по химия, той вече е международно известен с изследванията си върху хлорофила и хемоглобина. Назначаването му през 1933 г. за ректор на Харвард е посрещнато с изненада и критики. По това време Конант е едва на четиридесет години и няма никакъв административен опит. Мнозина се питат дали притежава нужната компетентност, а „Ню Йорк Таймс“ нарича случая „Една образователна енигма“. Скоро се разбира обаче, че аскетичният педагог, който прилича повече на скромен провинциален учител, отколкото на шеф на университет с 25-милионен годишен бюджет, притежава изключителни административни дарби, съчетани с твърдост и решителност.