В 1591–1592 гг. возводят Скородом — Земляной вал, и это полностью определяет вовлечение Заречья в городскую среду и его дальнейшее развитие. До этого момента оно представляло собой хаотичные поселения-слободы с пустыми пространствами на месте болот и озер и с дорогами, отходящими от бродов в разных направлениях. Слободы жили в основном обособленно, со своим начальством, церквями и праздниками, теперь же Заречье становится городом, с городским характером застройки. Улицы меняют свои направления, так как ведут теперь к воротам в Земляном городе — Калужским, Серпуховским, Фроловским (на месте современной Павелецкой площади), а также воротам, где город покидали древние дороги Ордынка и Кузнецкая улица. Неосвоенные и пустые территории исчезли. В начале XVII в. в Нижних Садовниках, застроенных плотнее, чем другие слободы, появилась Садовническая улица, проходящая параллельно реке.
До XVII в. Заречье, за исключением храмов Иоанна Предтечи «что под Бором» и Георгия в Ендове, было полностью деревянным. От застройки остальной Москвы дворы тут отличались наличием больших садов и огородов. Именно с этой стороны Лжедмитрий напал на Москву — миновав Серпуховские ворота, он прошел все Заречье до самого Кремля. В 1612 г. на территории этого района велись активные боевые действия, здесь находился центр сопротивления полякам, и неудивительно, что территория сильно пострадала от захватчиков. Сгорели деревянные стены Земляного вала, пострадало множество строений, Заречье было полностью опустошено. 24 августа 1612 г. в ожесточенном сражении, развернувшемся на месте современного Климентовского переулка, войска Минина и Пожарского нанесли сокрушительное поражение польскому отряду гетмана Ходкевича, который прорывался к осажденным в Кремле полякам, что предрешило изгнание поляков из Москвы.
После этого началось восстановление Заречья: починили земляные насыпи, углубили ров по периметру укреплений, устроили бастионы. Развернулось активное каменное строительство, были построены новые и перестроены старые палаты и церкви. Из кирпича построили Серпуховские и Фроловские (Лужнецкие, Зацепские) ворота, Козьмодемьянский (Гилдянский) и Всехсвятский мосты, установили «живой» — наплавной (сейчас Большой Москворецкий) мост на месте старого брода.
Население заречья в XVII в. делилось на три больших группы, и это оказывало сильное влияние на планировку района. В первую очередь это были жители слобод — ремесленники, обеспечивавшие продукцией царский двор. Садовническая, Овчинная, Кузнечная, Монетчиковая, Кожевенная и Коломенская ямская слобода, жители которой занимались ямским извозом в Коломну, полукругом охватывали район. Второй группой поселенцев были купцы, которые с развитием торговли в Москве все чаще переселялись в Заречье, оставляя свои лавки и управляющих в Китай-городе. Ну, и третьей, последней частью населения были стрельцы, выполнявшие не только военные, но и полицейские функции, несущие караулы, занимающиеся тушением пожаров и просто торговлей.
А теперь, когда мы узнали об истории Замоскворечья, самое время взглянуть и на памятники, что оставили нам прошедшие: времена. Мы уже говорили о храмах Михаила Архангела и Иоанна Предтечи «что под Бором», о церкви Параскевы Пятницы в центре Ленивого Торжка. Но ведь были и другие замечательные храмы, и теперь самое время с ними познакомиться.
Церковь Горгия Победоносца в Ендове известна нам в 1612 г, когда она была возведена архиепископом Арсением Елассонским. Именно рядом с этим храмом стоял первый царев кабак, устроенный Иваном Грозным для опричников. Собственно, ему храм и обязан своим названием — «ендовой», или «яндовой», назывался большой медный сосуд для пива или меда. По другой версии, это слою расшифровывается как «ложбина» и говорит о низинном положении храма. В 1653 г. храм был полностью перестроен, и главный престол освятили в честь Рождества Богородицы. Однако в память о старом храме южный придел посвятили Георгию Победоносцу.
Храм Михаила и Федора Черниговских Чудотворцев, упоминаемый в летописях с 1625 г, по сути, являлся приделом церкви Иоанна Предтечи. Деревянный храм был перестроен в 1675 г. на каменный. Согласно легенде, его возвели на месте сретения святых мощей Черниговских чудотворцев, позднее перенесенных в Архангельский собор в Кремле. Михаил Черниговский и его приближенный боярин Федор были преданы пыткам и убиты в 1246 г. в ставке Батыя за то, что отказались пройти языческий обряд. После смерти их тела были брошены собакам, но, по преданию, чудесно сохранились и были выкрадены соратниками для захоронения. Оба были причислены к лику святых как мученики за веру.