Точные границы утраченного Опричного двора были установлены. Ученых поразило, насколько, оказывается, он был на самом деле обширен. А следом последовало и еще одно важное открытие: в комплексе построек старого здания МГУ (XVIII в.) обнаружились вписанные в застройку белокаменные сводчатые помещения — чудом уцелевшие остатки царской резиденции.
Однако не следует думать, что столь кардинальная реконструкция исторических районов Москвы, которую предписывал «сталинский» план, стала для историков и археологов праздником. Да, многое было обнаружено, но эти находки совершались случайно, а их результаты становились достоянием науки лишь благодаря энтузиазму ученых, выхватывавших древности буквально из-под лезвий лопат. Реконструкторы безжалостно крушили все, что «мешало» их замыслам. Слишком многое было искалечено, утрачено безвозвратно — и по сравнению с этими, подчас невосполнимыми потерями польза от находок очень мала. Так погиб, например, находившийся на территории Кремля Чудов монастырь, основанный в 1365 г. святителем Алексием, митрополитом Московским. Бережно сохранявшиеся древние стены в последующее время подверглись некоторой переделке — так, в XIX в. архитектор М. Ф. Казаков оформил въезд в монастырь в виде пышного портала в стиле «русской готики», но все же архитектурный комплекс Чудова монастыря дошел до начала XX в. во всей прелести архитектурного замысла древних строителей. Во дворе монастыря возвышался построенный в 1501 г. храм Чуда Михаила Архангела — в его архитектуре удивительным образом сочетались древнерусские архитектурные традиции и новейшие для своего времени веяния, следы влияния на русскую архитектуру итальянских мастеров.
В 1929 г. собор был разобран, а через несколько лет настала очередь самого монастыря… Варварское разрушение было настолько поспешным, что обреченные здания даже не удосужились обмерить и описать. Сегодня нам на память остались лишь немногочисленные низкокачественные фотографии — в основном, запечатлевшие Чудов монастырь с внешней стороны его стен, и разглядеть на них какие-то подробности, мелкие архитектурные детали не представляется возможным. К тому же цветной съемки тогда не существовало…
Московская археология в те дни словно вернулась к отправной точке — невольных «изыскателей» интересовала лишь коммерческая ценность найденных во время земляных работ предметов. Планомерные раскопки под руководством ученых начались в Москве лишь в 1946 г. Изыскания в важнейших исторических районах города стали проводиться под эгидой таких авторитетных в научном мире учреждений, как Институт археологии АН СССР, музеи Московского Кремля, Исторический музей и ряда других. Результаты не замедлили последовать — уже в 1956 г. при раскопках в Александровском саду археологи нашли цокольную часть Кутафьей башни Московского Кремля, датируемую XV в., остатки подъемного моста и гидротехнических сооружений на месте русла реки Неглинной. В 1959 г. на территории Кремля были обнаружены древнейшие горизонты культурного слоя. Они поведали ученым о начале XI в. — времени, на полвека отстоящем раньше времени, которое, основываясь на первом упоминании в летописи, традиционно принято считать датой основания Москвы. Были найдены жилые и хозяйственные постройки XI–XV в. и даже царские палаты, датируемые XVII в.! Помимо этих архитектурных сооружений, в ходе исследований было обнаружено немалое количество холодного оружия и доспехов, ремесленных орудий, утвари — настоящее сокровище, пусть и не все составляющие этого клада оказались выполненными из золота. Их историческая ценность неизмерима.
Исследователей того времени волновал (как волнует и поныне) не только роскошный быт знати — картина повседневной жизни города неотделима от быта его рядовых обитателей, тех, чьими руками создавались и обслуживались царские и боярские терема. Важным шагом в изучении прошлого Москвы стало открытие в 1946 г. в устье р. Яузы целого района — Гончарной слободы, влияние сосредоточенных в которой ремесленных производств на экономику средневековой Москвы трудно переоценить. Были найдены жилища слободчан и мастерские с прекрасно сохранившимися оборудованием, образцами производившихся в Гончарной слободе товаров и даже полуфабрикатами — это прояснило многие вопросы, связанные с технологиями русских средневековых производств.