Тщательное археологическое обследование первой пещеры (с 15 февраля до 5 марта 1949 г.) было произведено экспедицией, возглавляемой Л. Хардингом и Р. де Во. Археологи обнаружили большое количество обломков керамики и обрывки льняных тканей, пропитанных смолой с целью лучшего сохранения завернутых в них свитков. В пещере нашли также около пятисот фрагментов различных рукописей. Некоторые из них являлись частями семи свитков, найденных ранее бедуинами. Кроме библейских рукописей, были обнаружены тексты апокрифов и комментариев на библейские книги. Среди найденных текстов многие являются совершенно новыми, ранее неизвестными. Это относится в первую очередь к фрагменту, примыкавшему к Уставу общины. Этот фрагмент был впоследствии условно назван текстом «Двух колонок».
Вторая пещер а. В марте 1952 г. экспедиция под руководством Л. Хардинга и Р. де Во производила раскопки в районе Кумрана. Во второй пещере, расположенной приблизительно в 150 метрах к югу от первой, археологи обнаружили обломки керамики и около ста фрагментов библейских и небиблейских рукописей. Среди текстов небиблейского содержания следует отметить фрагменты апокрифических книг Юбилеев и Бен-Сиры.
Третья пещера. Она расположена приблизительно на расстоянии 1,5 километра к северу от Хирбет Кумрана. Археологическое обследование этой пещеры произошло в марте 1952 г. В ней были обнаружены новые фрагменты рукописей. Кроме того, здесь найдены знаменитые два медных свитка.
Четвертая пещера. В начале сентября 1952 г. бедуины открыли искусственную пещеру, расположенную в нескольких метрах от развалин Хирбет Кумрана. В ней оказались тысячи фрагментов не менее 400 различных рукописей на еврейском и арамейском языках. В конце сентября приступила к работе археологическая экспедиция под руководством Р. де Во и Ж. Милика. Археологи обнаружили еще сотни фрагментов рукописей.
По содержанию найденные тексты отличаются большим разнообразием. Обнаружены рукописи всех канонических библейских произведений, за исключением книги Есфири, фрагменты комментариев на книги Исайи, Осии, Наума и Псалмов, а также отрывки из ряда апокрифических книг. Найдены новые экземпляры Устава и некоторых других произведений кумранской общины. К находкам четвертой пещеры относятся также мессианские и астрономические тексты, филактерии, генеалогические таблицы, сборники правового характера. Для прочтения, изучения и издания всего рукописного материала, найденного в четвертой пещере, была образована международная комиссия из семи специалистов, представителей разных национальностей и вероисповеданий.
Пятая пещера. Эта пещера, как и четвертая, была обнаружена осенью 1952 г. В ней найдены фрагменты библейских текстов, отрывки из апокрифической книги Товита, фрагменты Дамасского документа, филактерии. Однако по сравнению с находками в четвертой пещере результаты археологического обследования пятой пещеры были очень скромными.
Шестая пещера. Она была обнаружена бедуинами. В ней найдены фрагменты книг Царей и Даниила, а также отрывки из Дамасского документа.
Пещеры VII—X. Эти пещеры были обследованы археологами в 1955 г. В них обнаружены обломки керамики, футляры для филактериев, фрагменты некоторых текстов, остраконы с древними письменами. Эти четыре пещеры вследствие небольшого количества найденных в них рукописей названы «малыми пещерами».
Одиннадцатая пещера. Она расположена в 2 километрах к северу от развалин Хирбет Кумрана. В 1956 г. пещеру обнаружили бедуины, которые нашли в ней пять неплохо сохранившихся рукописей. В том же году в этой пещере производились раскопки под руководством Р. де Во. Были найдены ножи, ножницы, обломки керамики, обрывки белья и веревок. Однако поиски нового рукописного материала не привели к существенным результатам.
Раскопки производились не только в пещерах, но и в местности, называемой по-арабски «Хирбет Кумран» (развалины Кумрана). Она расположена в одном километре к югу от первой пещеры. Здесь обнаружены остатки большого прямоугольного здания, где жили члены кумранской общины.
Еще в конце XIX в. известный французский семитолог Ш. Клермон-Ганно проявил интерес к развалинам Кумрана. Ничего существенного в руинах здания он не обнаружил, хотя и дал их описание. В 1906 г. французский ученый вторично посетил район Кумрана. На этот раз его заинтересовало обширное кладбище, расположенное поблизости от развалин. Он раскопал несколько могил, после чего прекратил обследование кладбища.