В настоящее время еще не представляется возможным дать окончательный ответ на вопрос: идет ли в Военном трактате речь о реальной войне, или же мы имеем дело с эсхатологическим событием, напоминающим пророческие предсказания в книге Иезекииля или в книге Даниила. По мнению Клаузнера, в трактате идет речь о войне реальной, а не воображаемой. Произведение предназначалось для обучения войска боевому строю. Об этом свидетельствуют имеющиеся в нем данные относительно построения войска и различных видов оружия, подробности о военных значках и музыкальных трубах, рассказ о молитве первосвященника до начала сражения. Упоминаемые в Военном трактате отряды Эдома, Моава, Аммона и филистимлян не являются отрядами фантастических народов, потому что в некоторых библейских книгах так именуются народности, проживавшие в соседстве с иудеями.
Мнения о том, что в Военном трактате рассказывается о реальной войне, а не вымышленной, придерживаются и некоторые другие исследователи. Однако многие ученые считают, что в трактате речь идет об эсхатологическом материале, а не историческом. Они полагают, что в нем описывается фантастическая война добра против зла, которая произойдет в «конце времен». Срединную позицию по этому вопросу занимает Рот. По его мнению, с одной стороны, трактат предназначался для практических целей и включал в себя наставления и указания по вопросам военной тактики. С другой стороны, он носил апокалиптический характер и включал в себя религиозные предписания, символы и молитвы.
На наш взгляд, ближе к истине те ученые, которые полагают, что в Военном трактате рассказывается о войне фантастической, а не действительной. На самом деле, при чтении рукописи создается впечатление, что в ней речь идет не о прошедшей, а о будущей войне, которая к тому же будет иметь место не столько на земле, сколько на небесах, в мировом пространстве. Текст свитка не дает основания для утверждения, что в нем освещаются подлинные исторические события. Вымышленным представляется весь рассказ о сражении «сынов света» против «сынов тьмы». Не внушает доверия тот строгий порядок, который господствует во время войны. Все заранее предусмотрено и запланировано, начиная от твердо установленного числа «семь» при метании дротиков и кончая надписями на знаменах и музыкальных трубах. По меткому выражению Барроуса, «доведенный до крайности формализм, когда враг ничего не делает, кроме того, что бежит или падает мертвым, напоминает скорее балет, чем сражение». Таким образом, автором Военного трактата создана лишь какая-то искусственная схема, которую никак нельзя считать описанием войны, имевшей место в реальной действительности.
Имея в виду наставление и поучение читателей, автор Военного трактата стремится облечь эсхатологические видения в форму исторических фактов, но по существу дело сводится у него преимущественно к использованию и обработке библейских текстов. Как и в Библии, войне с врагами придается религиозный характер. Принадлежность к общине означает одновременно вступление в общение с «сынами неба». Воины выступают как часть «небесной армии». Времени спасения и исполнения предначертаний бога предшествует война, сопровождавшаяся великими страданиями и горестями. Кстати сказать, этой идеей проникнуты все апокалиптические произведения.
В одном месте Военного трактата говорится, что священники вступают в ряды сражающихся воинов в сопровождении семи левитов, в руках у которых семь юбилейных труб. Это, по-видимому, заимствовано из книги Иисуса Навина, в которой читаем: «И семь священников пусть несут семь труб юбилейных пред ковчегом; а в седьмой день обойдите вокруг города семь раз, и священники пусть трубят трубами». Религиозный характер войны, ожидание божеской помощи находит свое выражение в молитвах, произносимых до и после сражения. По существу, в Военном трактате в библейском духе описывается заключительный этап вечной борьбы добра против зла.
Хотя содержание Военного трактата является плодом фантазии, он сохраняет большую ценность как исторический источник. Дело в том, что для изображения даже вымышленной войны необходимо черпать сведения из окружающей реальной действительности. Несомненно, что автор трактата, приводя много данных относительно организации воинских сил, видов оружия и военных приемов, заимствовал их из современной ему эпохи.